MCP Simple PubMed

MCP Simple PubMed

Um servidor MCP que fornece acesso a artigos do PubMed por meio da API Entrez.

Recursos

Ferramentas

• Pesquisar no PubMed - Pesquise no banco de dados usando palavras-chave, termos MeSH, nomes de autores, intervalos de datas e operadores booleanos
• Obter Texto Completo - Baixe o texto completo quando disponível (para artigos de acesso aberto no PubMed Central)
• Acessar Resumos - Recupere resumos de artigos e metadados por meio de URIs de recursos

Prompts (Novo na v0.1.14)

Os Prompts do MCP ajudam você a construir pesquisas eficazes no PubMed:

• Pesquisa de Revisão Sistemática - Gere estratégias de pesquisa abrangentes com termos MeSH, sinônimos e filtros de data para revisões sistemáticas
• Pesquisa PICO - Construa pesquisas de questões clínicas usando a estrutura PICO (População, Intervenção, Comparação, Desfecho)
• Pesquisa por Autor - Encontre todas as publicações de um autor específico com formatação adequada de nomes

Esses prompts orientam a IA a construir consultas otimizadas no PubMed, facilitando a realização de buscas bibliográficas completas.

Notas

Observe que a ferramenta retorna uma versão em XML do texto completo. No entanto, isso é mais útil para IAs do que um texto "legível por humanos", pois fornece informações adicionais sobre a estrutura do documento. Pelo menos, é isso que o Claude 3.5 Sonnet disse que prefere.

Observe também que a incapacidade desta ferramenta e possivelmente de outras ferramentas de entregar o texto completo de um artigo pode não se dever ao fato de ele não estar disponível. Ao testar esta ferramenta, encontrei um artigo que não tinha texto completo no PubMed e, quando o Claude acessou a URL da publicação (que obtivemos por meio do DOI) usando fetch, ele recebeu um erro "forbidden". No entanto, consegui acessar a mesma página usando um navegador comum.

Em outras palavras, se o seu assistente de IA não conseguir obter o texto completo de um artigo usando esta ferramenta, vale a pena tentar manualmente com um navegador comum.

Por fim, esta ferramenta, é claro, não pode dar acesso a artigos pagos/atrás de paywall. Você pode conseguir lê-los por meio do acesso da sua biblioteca ou – como último recurso – por meio de um determinado site que se esforça para disponibilizar gratuitamente pesquisas financiadas com recursos públicos.

Instalação

Instalação via Smithery

Para instalar o Simple PubMed para Claude Desktop automaticamente via Smithery:

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

Instalação Manual

pip install mcp-simple-pubmed

Configuração

O servidor requer as seguintes variáveis de ambiente:

• PUBMED_EMAIL: Seu endereço de e-mail (exigido pelo NCBI)
• PUBMED_API_KEY: Chave de API opcional para limites de taxa mais altos

O limite de taxa padrão é de 3 solicitações por segundo. Nenhuma limitação de taxa foi implementada, pois é altamente improvável no cenário de uso típico que sua IA gere mais tráfego. Se precisar, você pode se registrar para obter uma chave de API, que lhe dará 10 solicitações por segundo. Leia sobre isso nas páginas do NCBI.

Uso com Claude Desktop

Adicione à sua configuração do Claude Desktop (claude_desktop_config.json):

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

(Windows)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "mcp_simple_pubmed"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

Correção de Certificado SSL no macOS

Se você encontrar erros de verificação de certificado SSL no macOS (como [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: self-signed certificate in certificate chain), você precisa instalar o pacote de certificados adequado:

/Applications/Python\ 3.13/Install\ Certificates.command

Substitua 3.13 pelo número da sua versão do Python. Este script acompanha as instalações do Python de python.org.

Você também pode executá-lo pelo Finder:

Se você fizer essa alteração enquanto o Claude Desktop estiver aberto, será necessário fechá-lo e abri-lo novamente para que a alteração tenha efeito.

Licença

Licença MIT