Alliance of Genome Resources (JS)

Um servidor JavaScript de alto desempenho para o MCP da Alliance of Genome Resources (AGR).

Documentação

AGR MCP Server

Servidor MCP para consultar Alliance of Genome Resources - dados genômicos em organismos modelo.

Instalação

Opção 1: npx (Recomendado)

Nenhuma instalação necessária. Adicione à configuração do seu cliente MCP:

{
  "mcpServers": {
    "agr-genomics": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "agr-mcp-server"]
    }
  }
}

Opção 2: Instalação global

npm install -g agr-mcp-server

Depois use na sua configuração:

{
  "mcpServers": {
    "agr-genomics": {
      "command": "agr-mcp-server"
    }
  }
}

Locais de arquivos de configuração

Cliente	Caminho de configuração
Claude Desktop (macOS)	`~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json`
Claude Desktop (Windows)	`%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json`
Claude Code	`~/.claude/settings.json`
Cursor	Settings > MCP Servers
Windsurf	`~/.codeium/windsurf/mcp_config.json`

Uso

Faça perguntas naturalmente:

"Pesquise por genes BRCA1 em humanos"
"Quais genes estão envolvidos no reparo de DNA?"
"Obtenha informações sobre HGNC:1100"
"Encontre ortólogos do gene da insulina"
"Quais doenças estão associadas ao TP53?"
"Mostre-me dados de expressão para daf-2 em verme"
"Encontre todos os genes humanos com atividade de quinase"
"Consulte AllianceMine para genes de camundongo no cromossomo 11"

Espécies suportadas

Humano, camundongo, rato, peixe-zebra, mosca, verme, levedura, xenopus

Ferramentas

Ferramentas da API AGR

Ferramenta	Descrição
`search_genes`	Pesquise genes com filtro opcional de espécie
`get_gene_info`	Informações detalhadas do gene (símbolo, localização, sinônimos)
`get_gene_diseases`	Associações de doenças para um gene
`search_diseases`	Pesquise doenças por nome
`get_gene_expression`	Dados de expressão em tecidos/estágios
`find_orthologs`	Homólogos entre espécies
`get_gene_phenotypes`	Anotações de fenótipos
`get_gene_interactions`	Interações moleculares e genéticas
`get_gene_alleles`	Alelos/variantes para um gene
`search_alleles`	Pesquise alelos por nome
`get_species_list`	Liste organismos modelo suportados

Ferramentas AllianceMine

Ferramenta	Descrição
`mine_search`	Pesquise no AllianceMine por genes, proteínas, doenças
`mine_query`	Execute consultas PathQuery XML brutas
`mine_query_builder`	Construa consultas usando JSON DSL
`mine_natural_query`	Consulta em linguagem natural (retorna esquema para LLM)
`mine_list_templates`	Liste modelos de consulta disponíveis
`mine_run_template`	Execute um modelo de consulta pré-construído
`mine_get_lists`	Obtenha listas de genes/proteínas disponíveis
`mine_get_list`	Obtenha o conteúdo de uma lista específica
`mine_create_list`	Crie uma nova lista (requer autenticação)
`mine_add_to_list`	Adicione itens a uma lista (requer autenticação)
`mine_delete_list`	Exclua uma lista (requer autenticação)

Exemplos de consulta AllianceMine

Usando o construtor de consultas:

Find human genes with BRCA in symbol:
- from: Gene
- select: primaryIdentifier, symbol, name
- where: organism.shortName = "H. sapiens", symbol CONTAINS "BRCA"

Usando modelos:

Gene_Alleles - Find alleles for a gene
Gene_DOTerm - Disease annotations for a gene
Gene_GOTerms - GO annotations for a gene
GOTerm_Genes - Find genes by GO term

Autenticação

As operações de gerenciamento de listas (mine_create_list, mine_add_to_list, mine_delete_list) exigem um token da API AllianceMine:

{
  "mcpServers": {
    "agr-genomics": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "agr-mcp-server"],
      "env": {
        "ALLIANCEMINE_TOKEN": "your-token-here"
      }
    }
  }
}

Formatos de ID de gene

Espécie	Formato	Exemplo
Humano	`HGNC:*`	`HGNC:1100`
Camundongo	`MGI:*`	`MGI:95892`
Rato	`RGD:*`	`RGD:3889`
Peixe-zebra	`ZFIN:ZDB-GENE-*`	`ZFIN:ZDB-GENE-990415-72`
Mosca	`FB:FBgn*`	`FB:FBgn0000017`
Verme	`WB:WBGene*`	`WB:WBGene00000898`
Levedura	`SGD:S*`	`SGD:S000002536`
Xenopus	`Xenbase:XB-GENE-*`	`Xenbase:XB-GENE-485905`

Fontes de dados

Licença

MIT