AIND Metadata

Acesse e interaja com os metadados do Allen Institute for Neural Dynamics (AIND) diretamente no seu IDE.

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AIND Metadata MCP Server

License Code Style semantic-release: angular Interrogate Coverage Python

Um servidor MCP (Model Context Protocol) que fornece acesso aos metadados e ativos de dados da AIND (Allen Institute for Neural Dynamics) por meio de um conjunto abrangente de ferramentas e recursos.

[!WARNING] Este servidor MCP está obsoleto. Você pode continuar a usá-lo para acessar metadados V1.
Para metadados V2, consulte aind-data-mcp.

Recursos

Este servidor MCP fornece ferramentas para:

  • Recuperação de Dados: Consultar coleções MongoDB com filtros e projeções
  • Agregação: Executar pipelines de agregação complexos do MongoDB
  • Exploração de Esquema: Acessar exemplos detalhados de esquema e documentação
  • Acesso a Arquivos NWB: Carregar e explorar arquivos NWB (Neurodata Without Borders)
  • Resumos de Dados: Gerar resumos de ativos de dados com IA

Instalação

Instale o uv, caso ainda não tenha - seguindo esta documentação

Instale o servidor MCP usando uv:

uv tool install aind-metadata-mcp

Ou usando pip:

pip install aind-metadata-mcp

Configuração

Para Cline (Extensão do VSCode)

Para garantir que o servidor MCP seja executado no seu cliente preferido, você precisará baixar o pacote aind-metadata-mcp para o seu console. Se o espaço for um problema, defina UV_CACHE_DIR e UV_TOOL_DIR para locais com capacidade antes de prosseguir com a próxima etapa.

  1. Versão mais simples da instalação Execute uv tool install aind-metadata-mcp no seu terminal e prossiga abaixo para configurar seus clientes MCP.

  2. Se a etapa acima não funcionar:

Crie um ambiente virtual com Python 3.11 na IDE

# Instructions for Conda
conda create -n <my_env> python=3.11
conda activate <my_env>

# Instructions for virtual environment
py -3.11 -m venv .venv
# Windows startup
.venv\Scripts\Activate.ps1 
# Mac/ Linux startup
source .venv/bin/activate

Execute os seguintes comandos no terminal da sua IDE.

pip install uv
uvx aind-metadata-mcp

Se tudo correr bem e você vir o seguinte aviso - Starting MCP server 'aind_data_access' with transport 'stdio'-, você estará pronto para a configuração no seu cliente de escolha!

Cursor IDE

  1. Instale o servidor MCP:

    uv tool install aind-metadata-mcp

  2. Crie o arquivo de configuração do MCP:

    mkdir -p ~/.cursor

  3. Crie ~/.cursor/mcp.json com o seguinte conteúdo:

    {
  "mcpServers": {
    "aind-data-access": {
      "command": "aind-metadata-mcp",
      "args": [],
      "env": {}
    }
  }
}

  4. Importante: Substitua aind-metadata-mcp pelo caminho completo, se necessário:

    which aind-metadata-mcp

    Use o caminho completo (por exemplo, /Users/username/.local/bin/aind-metadata-mcp) no campo command.

  5. Reinicie o Cursor completamente (Cmd+Q e reabra)

Nota: O Cursor usa um sistema de configuração MCP diferente do VSCode. A configuração deve estar em ~/.cursor/mcp.json, não no arquivo settings.json principal.

Instruções para uso em clientes MCP

Os arquivos de configuração JSON para adicionar servidores MCP nos clientes devem ser estruturados assim

{
    "mcpServers": {

    }
}

Insira as seguintes linhas no dicionário mcpServers


"aind_data_access": {
      "disabled": false,
      "timeout": 300,
      "type": "stdio",
      "command": "aind-metadata-mcp"
}

Observe que, após configurar os arquivos JSON, levará alguns minutos para o servidor ser exibido no cliente.

Claude Desktop App

  • Clique nas três linhas no canto superior esquerdo da tela.
  • Arquivo > Configurações > Desenvolvedor > Editar configuração

Cline no VSCode

  • Certifique-se de que o Cline esteja baixado no VSCode
  • Clique nos três retângulos empilhados no canto superior direito da janela do Cline
  • Instalado > Configurar servidores MCP
  • Feche e reabra o VSCode

Github Copilot no VSCode

  • Paleta de comandos (Ctrl+Shift+P)
  • Pesquise por "MCP: Adicionar servidor"
  • Selecione Manual Install / stdio
  • Quando solicitado um comando, insira uvx aind-data-access
  • Nomeie seu servidor
  • Feche e reabra o VSCode
  • No chat do Copilot -> Selecione o modo agente -> Clique nos três retângulos empilhados para configurar ferramentas
  • Para permitir que o agente responda com contexto da API da AIND, você precisará adicionar manualmente os arquivos .txt (sob recursos) neste repositório

Para uso no Code Ocean