Unofficial Gene Ontology MCP Server

Servidor MCP Não Oficial de Ontologia Genética

Um servidor abrangente de Protocolo de Contexto de Modelo (MCP) para acessar dados da Ontologia Genética (GO), permitindo que sistemas de IA realizem análises baseadas em ontologias, pesquisas de anotações genéticas e estudos de enriquecimento funcional.

Recursos

• Pesquisa e Consulta de Termos: Pesquise termos GO por palavra-chave, nome ou definição
• Navegação na Ontologia: Explore relações hierárquicas entre termos
• Anotações Genéticas: Acesse anotações GO para genes e proteínas
• Validação: Valide identificadores GO e verifique a existência de termos
• Estatísticas: Obtenha estatísticas abrangentes da ontologia e metadados

Instalação

npm install
npm run build

Uso

Como um Servidor MCP

Adicione à configuração do seu cliente MCP:

{
  "mcpServers": {
    "go-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/go-server/build/index.js"]
    }
  }
}

Ferramentas Disponíveis

search_go_terms

Pesquise termos da Ontologia Genética por palavra-chave, nome ou definição.

{
  "query": "apoptosis",
  "ontology": "biological_process",
  "size": 10
}

get_go_term

Obtenha informações detalhadas para um termo GO específico.

{
  "id": "GO:0006915"
}

validate_go_id

Valide o formato do identificador GO e verifique se o termo existe.

{
  "id": "GO:0008150"
}

get_ontology_stats

Obtenha estatísticas sobre ontologias GO (contagens de termos, atualizações recentes).

{
  "ontology": "all"
}

Modelos de Recursos

• go://term/{id} - Informações completas do termo GO
• go://annotations/{gene} - Anotações genéticas
• go://search/{query} - Resultados de pesquisa
• go://hierarchy/{id} - Relações hierárquicas de termos

Exemplos

Pesquisar termos relacionados à apoptose

# Using the search_go_terms tool
{
  "query": "apoptosis",
  "ontology": "biological_process",
  "size": 5,
  "include_obsolete": false
}

Obter informações detalhadas sobre um termo GO

# Using the get_go_term tool
{
  "id": "GO:0006915"
}

Validar um identificador GO

# Using the validate_go_id tool
{
  "id": "GO:0008150"
}

Fontes de Dados

Este servidor integra-se com:

• API QuickGO (https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/) - Fonte de dados primária
• Consórcio GO (https://geneontology.org/) - Ontologia Genética oficial
• AmiGO (http://amigo.geneontology.org/) - Interface de navegação adicional

Tratamento de Erros

O servidor inclui tratamento abrangente de erros para:

• Identificadores GO inválidos
• Termos ausentes
• Tempos limite de API
• Erros de rede
• Solicitações malformadas

Contribuição

1. Faça um fork do repositório
2. Crie um branch de recurso
3. Faça suas alterações
4. Adicione testes, se aplicável
5. Envie um pull request

Citação

Se você usar este projeto em sua pesquisa ou publicações, cite-o da seguinte forma:

author = {Moudather Chelbi},
title = {GeneOntology MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/GeneOntology-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}