Unofficial Reactome MCP Server

Acesse dados de biologia de sistemas e vias do Reactome por meio de sua API ao vivo.

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Servidor MCP não oficial do Reactome 🧬

Servidor do Model Context Protocol para acessar dados de vias e biologia de sistemas do Reactome.

API

Desenvolvido por Augmented Nature - Avançando a IA para a Descoberta Científica

✅ Recursos Verificados

Todas as 8 ferramentas funcionando com dados ao vivo da API do Reactome:

  • 🔍 Busca de Vias - Busque vias biológicas por nome, processo, palavras-chave
  • 📊 Detalhes da Via - Informações abrangentes sobre vias e seus componentes
  • 🧬 Gene para Vias - Encontre vias que contêm genes/proteínas específicos
  • 🦠 Vias de Doenças - Mecanismos biológicos associados a doenças
  • 🌲 Hierarquia de Vias - Relações pai/filho e estrutura das vias
  • 🧪 Participantes da Via - Todas as moléculas que participam das vias
  • ⚗️ Reações Bioquímicas - Informações detalhadas sobre reações
  • 🔗 Interações de Proteínas - Interações moleculares dentro das vias

🚀 Início Rápido

# Install and build
npm install
npm run build

# Run the server
node build/index.js

📋 Configuração do Cliente MCP

Claude Desktop

{
  "mcpServers": {
    "reactome-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/reactome-server/build/index.js"]
    }
  }
}

Outros Clientes MCP

node /path/to/reactome-server/build/index.js

🛠️ Ferramentas Disponíveis

🔍 search_pathways

Busque vias biológicas por nome, descrição ou palavras-chave

{
  "name": "search_pathways",
  "arguments": {
    "query": "cell cycle", // Pathway name, process, or keywords
    "type": "pathway", // Optional: pathway, reaction, protein, complex, disease
    "size": 20 // Optional: 1-100 results (default: 20)
  }
}

Exemplos de Resultados:

  • Ciclo Celular (R-HSA-1640170) - Progressão e regulação do ciclo celular
  • Pontos de Checagem do Ciclo Celular (R-HSA-69620) - Mecanismos de controle de qualidade
  • Fases mitóticas G1-G1/S (R-HSA-453279) - Progressão da fase G1

📊 get_pathway_details

Obtenha informações abrangentes sobre uma via específica

{
  "name": "get_pathway_details",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

🧬 find_pathways_by_gene

Encontre todas as vias que contêm um gene ou proteína específico

{
  "name": "find_pathways_by_gene",
  "arguments": {
    "gene": "BRCA1", // Gene symbol or UniProt ID
    "species": "Homo sapiens" // Optional: species (default: Homo sapiens)
  }
}

🦠 find_pathways_by_disease

Encontre vias e mecanismos associados a doenças

{
  "name": "find_pathways_by_disease",
  "arguments": {
    "disease": "cancer", // Disease name or DOID identifier
    "size": 25 // Optional: 1-100 pathways (default: 25)
  }
}

🌲 get_pathway_hierarchy

Obtenha a estrutura hierárquica e as relações pai/filho

{
  "name": "get_pathway_hierarchy",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

🧪 get_pathway_participants

Obtenha todas as moléculas (proteínas, genes, compostos) em uma via

{
  "name": "get_pathway_participants",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

⚗️ get_pathway_reactions

Obtenha todas as reações bioquímicas dentro de uma via

{
  "name": "get_pathway_reactions",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

🔗 get_protein_interactions

Obtenha interações proteína-proteína dentro das vias

{
  "name": "get_protein_interactions",
  "arguments": {
    "pathwayId": "R-HSA-1640170", // Reactome pathway stable identifier
    "interactionType": "all" // Optional: protein-protein, regulatory, catalysis, all
  }
}

📚 Modelos de Recursos

Acesse dados do Reactome por meio de URIs padronizados:

  • reactome://pathway/{id} - Informações completas da via
  • reactome://reaction/{id} - Informações detalhadas sobre reações
  • reactome://protein/{id} - Detalhes de proteínas e associações
  • reactome://disease/{id} - Vias associadas a doenças
  • reactome://search/{query} - Resultados de busca

🧪 Exemplos do Mundo Real

Fluxo de Trabalho em Biologia de Sistemas

# 1. Search for DNA repair pathways
{"name": "search_pathways", "arguments": {"query": "DNA repair", "size": 10}}

# 2. Get detailed pathway information
{"name": "get_pathway_details", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

# 3. Find all pathways containing BRCA1
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "BRCA1"}}

# 4. Get pathway participants
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

Pesquisa de Mecanismos de Doenças

# 1. Search for cancer-related pathways
{"name": "find_pathways_by_disease", "arguments": {"disease": "cancer", "size": 15}}

# 2. Get pathway hierarchy for oncogenic signaling
{"name": "get_pathway_hierarchy", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

# 3. Analyze biochemical reactions
{"name": "get_pathway_reactions", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

Pipeline de Descoberta de Fármacos

# 1. Find pathways for drug target
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "EGFR"}}

# 2. Get protein interactions in pathway
{"name": "get_protein_interactions", "arguments": {"pathwayId": "R-HSA-177929"}}

# 3. Analyze pathway participants
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-177929"}}

🔬 Cobertura de Dados

O Reactome fornece dados curados para:

  • Mais de 25.000 reações em todos os principais processos biológicos
  • Mais de 14.000 proteínas com anotações funcionais detalhadas
  • Mais de 2.500 vias cobrindo processos celulares e moleculares
  • Mais de 20 espécies, incluindo humano, camundongo, rato e organismos modelo
  • Referências cruzadas para UniProt, ChEMBL, Ensembl e outros bancos de dados

Principais Áreas Biológicas:

  • Vias de transdução de sinal
  • Processos e redes metabólicas
  • Regulação e expressão gênica
  • Ciclo celular e reparo de DNA
  • Respostas do sistema imunológico
  • Mecanismos de doenças e ação de fármacos
  • Processos de biologia do desenvolvimento

🏗️ Arquitetura

  • TypeScript com segurança de tipos robusta
  • API do Reactome Content Service para recuperação eficiente de dados
  • Protocolo MCP com comunicação JSON-RPC compatível
  • Tratamento de Erros com validação abrangente
  • Pronto para Produção com timeouts de 30s e registro adequado

📊 Informações da API

  • URL Base: https://reactome.org/ContentService
  • Versão: Reactome v79 (mais recente)
  • Limites de Taxa: Generosos para uso em pesquisa
  • Autenticação: Nenhuma necessária
  • Formato: API REST com respostas JSON

🤝 Contribuindo

  1. Faça um fork do repositório
  2. Faça suas alterações
  3. Envie um pull request

Citação

Se você usar este projeto em sua pesquisa ou publicações, cite-o da seguinte forma:

author = {Moudather Chelbi},
title = {Reactome MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/Reactome-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}