Unofficial ChEMBL MCP Server

Acesse o banco de dados químico ChEMBL para descoberta de medicamentos, informática química e pesquisa de bioatividade usando ferramentas especializadas por meio de sua API REST.

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Documentação

Unofficial ChEMBL MCP Server

Um servidor abrangente do Model Context Protocol (MCP) que fornece acesso avançado ao banco de dados químico ChEMBL. Este servidor oferece 22 ferramentas especializadas que permitem a assistentes de IA e clientes MCP realizar pesquisas sofisticadas de descoberta de medicamentos, análises de informática química e investigações de bioatividade diretamente por meio da API REST do ChEMBL.

Desenvolvido pela Augmented Nature

Recursos

Pesquisa e Recuperação Química Essencial (5 ferramentas)

Pesquisa de Compostos: Pesquise o banco de dados ChEMBL por nome do composto, sinônimo ou identificador
Informações Detalhadas do Composto: Recupere informações abrangentes do composto, incluindo estrutura, propriedades e anotações
Pesquisa baseada em InChI: Encontre compostos por chave InChI ou string InChI
Recuperação de Estrutura: Obtenha informações de estrutura química em vários formatos (SMILES, InChI, MOL, SDF)
Pesquisa de Similaridade: Encontre compostos quimicamente semelhantes usando similaridade de Tanimoto

Análise de Alvos e Descoberta de Medicamentos (5 ferramentas)

Pesquisa de Alvos: Pesquise alvos biológicos por nome ou tipo
Informações Detalhadas do Alvo: Recupere informações abrangentes do alvo e anotações
Compostos do Alvo: Obtenha compostos testados contra alvos específicos
Integração UniProt: Encontre alvos ChEMBL por números de acesso UniProt
Vias do Alvo: Vias biológicas e mecanismos associados

Dados de Bioatividade e Ensaios (5 ferramentas)

Pesquisa de Atividade: Pesquise medições de bioatividade e resultados de ensaios
Informações Detalhadas do Ensaio: Obtenha protocolos e condições abrangentes de ensaios
Pesquisa por Tipo de Atividade: Encontre dados de bioatividade por tipo de atividade e faixa de valores específicos
Análise de Dose-Resposta: Obtenha dados de dose-resposta e perfis de atividade
Comparação de Atividade: Compare dados de bioatividade entre múltiplos compostos ou alvos

Dados de Desenvolvimento de Medicamentos e Clínicos (4 ferramentas)

Pesquisa de Medicamentos: Pesquise medicamentos aprovados e candidatos clínicos
Status de Desenvolvimento de Medicamentos: Obtenha status de desenvolvimento de medicamentos e informações de ensaios clínicos
Indicações Terapêuticas: Pesquise indicações terapêuticas e áreas de doenças
Mecanismo de Ação: Obtenha dados de mecanismo de ação e interação com alvos

Análise de Propriedades Químicas (4 ferramentas)

Análise ADMET: Analise propriedades ADMET (Absorção, Distribuição, Metabolismo, Excreção, Toxicidade)
Descritores Moleculares: Calcule descritores moleculares e propriedades físico-químicas
Predição de Solubilidade: Prediga propriedades de solubilidade aquosa e permeabilidade
Avaliação de Drug-Likeness: Avalie drug-likeness usando a Regra dos Cinco de Lipinski e outras métricas

Pesquisa Avançada e Referências Cruzadas (4 ferramentas)

Pesquisa de Subestrutura: Encontre compostos contendo subestruturas específicas
Processamento em Lote: Processe múltiplos IDs ChEMBL de forma eficiente
Referências Externas: Obtenha links para bancos de dados externos (PubChem, DrugBank, PDB, etc.)
Pesquisa Avançada: Consultas complexas com múltiplos filtros químicos e biológicos

Modelos de Recursos

Acesso direto aos dados do ChEMBL por meio de modelos de URI para integração perfeita

Instalação

Pré-requisitos

Node.js (v16 ou superior)
npm ou yarn

Configuração

Clone o repositório:

git clone <repository-url>
cd chembl-server

Instale as dependências:

npm install

Compile o projeto:

npm run build

Docker

Construindo a Imagem Docker

Construa a imagem Docker:

docker build -t chembl-mcp-server .

Executando com Docker

Execute o contêiner:

docker run -i chembl-mcp-server

Para integração com clientes MCP, você pode usar o contêiner diretamente:

{
  "mcpServers": {
    "chembl": {
      "command": "docker",
      "args": ["run", "-i", "chembl-mcp-server"],
      "env": {}
    }
  }
}

Uso

Como um Servidor MCP

O servidor foi projetado para ser executado como um servidor MCP que se comunica via stdio:

npm start

Adicionando à Configuração do Cliente MCP

Adicione o servidor à configuração do seu cliente MCP (por exemplo, Claude Desktop):

{
  "mcpServers": {
    "chembl": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/chembl-server/build/index.js"],
      "env": {}
    }
  }
}

Ferramentas Disponíveis

1. search_compounds

Pesquise o banco de dados ChEMBL por compostos por nome, sinônimo ou identificador.

Parâmetros:

query (obrigatório): Consulta de pesquisa (nome do composto, sinônimo ou identificador)
limit (opcional): Número de resultados a retornar (1-1000, padrão: 25)
offset (opcional): Número de resultados a pular (padrão: 0)

Exemplo:

{
  "query": "aspirin",
  "limit": 10
}

2. get_compound_info

Obtenha informações detalhadas para um composto específico por ID ChEMBL.

Parâmetros:

chembl_id (obrigatório): ID do composto ChEMBL (por exemplo, CHEMBL25)

Exemplo:

{
  "chembl_id": "CHEMBL25"
}

3. search_targets

Pesquise alvos biológicos por nome ou tipo.

Parâmetros:

query (obrigatório): Nome do alvo ou consulta de pesquisa
target_type (opcional): Filtro de tipo de alvo (por exemplo, SINGLE PROTEIN, PROTEIN COMPLEX)
organism (opcional): Filtro de organismo
limit (opcional): Número de resultados a retornar (1-1000, padrão: 25)

Exemplo:

{
  "query": "dopamine receptor",
  "organism": "Homo sapiens",
  "limit": 5
}

4. search_activities

Pesquise medições de bioatividade e resultados de ensaios.

Parâmetros:

target_chembl_id (opcional): Filtro de ID de alvo ChEMBL
assay_chembl_id (opcional): Filtro de ID de ensaio ChEMBL
molecule_chembl_id (opcional): Filtro de ID de composto ChEMBL
activity_type (opcional): Tipo de atividade (por exemplo, IC50, Ki, EC50)
limit (opcional): Número de resultados a retornar (1-1000, padrão: 25)

Exemplo:

{
  "target_chembl_id": "CHEMBL2095173",
  "activity_type": "IC50",
  "limit": 50
}

5. batch_compound_lookup

Processe múltiplos IDs ChEMBL de forma eficiente.

Parâmetros:

chembl_ids (obrigatório): Matriz de IDs de compostos ChEMBL (1-50)

Exemplo:

{
  "chembl_ids": ["CHEMBL25", "CHEMBL59", "CHEMBL1642"]
}

Modelos de Recursos

O servidor fornece acesso direto aos dados do ChEMBL por meio de modelos de URI:

1. Informações do Composto

URI: chembl://compound/{chembl_id}
Descrição: Informações completas do composto para um ID ChEMBL
Exemplo: chembl://compound/CHEMBL25

2. Informações do Alvo

URI: chembl://target/{chembl_id}
Descrição: Informações completas do alvo para um ID de alvo ChEMBL
Exemplo: chembl://target/CHEMBL2095173

3. Informações do Ensaio

URI: chembl://assay/{chembl_id}
Descrição: Informações completas do ensaio para um ID de ensaio ChEMBL
Exemplo: chembl://assay/CHEMBL1217643

4. Informações da Atividade

URI: chembl://activity/{activity_id}
Descrição: Dados de medição de bioatividade para um ID de atividade
Exemplo: chembl://activity/12345678

5. Resultados da Pesquisa

URI: chembl://search/{query}
Descrição: Resultados da pesquisa para compostos que correspondem à consulta
Exemplo: chembl://search/aspirin

Exemplos

Pesquisa Básica de Compostos

Pesquise compostos relacionados à aspirina:

// Tool call
{
  "tool": "search_compounds",
  "arguments": {
    "query": "aspirin",
    "limit": 5
  }
}

Obtenha Informações Detalhadas do Composto

Recupere informações abrangentes sobre a aspirina:

// Tool call
{
  "tool": "get_compound_info",
  "arguments": {
    "chembl_id": "CHEMBL25"
  }
}

Pesquisa Baseada em Alvo

Encontre compostos testados contra receptores de dopamina:

// Tool call
{
  "tool": "search_targets",
  "arguments": {
    "query": "dopamine receptor D2",
    "organism": "Homo sapiens"
  }
}

Análise de Bioatividade

Pesquise dados de IC50 contra um alvo específico:

// Tool call
{
  "tool": "search_activities",
  "arguments": {
    "target_chembl_id": "CHEMBL2095173",
    "activity_type": "IC50",
    "limit": 100
  }
}

Processamento em Lote

Processe múltiplos compostos de forma eficiente:

// Tool call
{
  "tool": "batch_compound_lookup",
  "arguments": {
    "chembl_ids": ["CHEMBL25", "CHEMBL59", "CHEMBL1642", "CHEMBL1201585"]
  }
}

Integração com API

Este servidor integra-se com a API REST do ChEMBL para acesso programático a dados químicos. Para mais informações sobre o ChEMBL:

Site do ChEMBL: https://www.ebi.ac.uk/chembl/
Documentação da API: https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/web-services
Guia da API REST: https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/docs

Todas as solicitações de API incluem:

User-Agent: ChEMBL-MCP-Server/1.0.0
Tempo limite: 30 segundos
URL base: https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data

Tratamento de Erros

O servidor inclui tratamento abrangente de erros:

Validação de Entrada: Todos os parâmetros são validados usando guardas de tipo
Erros de API: Erros de rede e de API são capturados e retornados com mensagens descritivas
Tratamento de Tempo Limite: As solicitações expiram após 30 segundos
Degradação Graciosa: Falhas parciais são tratadas adequadamente

Desenvolvimento

Compile o Projeto

npm run build

Modo de Desenvolvimento

Execute o compilador TypeScript em modo de observação:

npm run dev

Estrutura do Projeto

chembl-server/
├── src/
│   └── index.ts          # Main server implementation
├── build/                # Compiled JavaScript output
├── package.json          # Node.js dependencies and scripts
├── tsconfig.json         # TypeScript configuration
└── README.md            # This file

Dependências

@modelcontextprotocol/sdk: SDK MCP essencial para implementação do servidor
axios: Cliente HTTP para solicitações à API ChEMBL
typescript: Compilador TypeScript para desenvolvimento

Licença

Licença MIT

Contribuição

Faça um fork do repositório
Crie um branch de recurso
Faça suas alterações
Adicione testes, se aplicável
Envie um pull request

Suporte

Para problemas e perguntas:

Consulte a documentação da API ChEMBL
Revise a especificação do Model Context Protocol
Abra um problema no repositório

Sobre a Augmented Nature

Este servidor ChEMBL MCP abrangente é desenvolvido pela Augmented Nature, uma inovadora líder em soluções de bioinformática e química computacional alimentadas por IA. A Augmented Nature é especializada na criação de ferramentas avançadas que preenchem a lacuna entre inteligência artificial e pesquisa química, permitindo que pesquisadores obtenham insights mais profundos a partir de dados químicos e biológicos.

Referência Completa de Ferramentas

Ferramentas Essenciais de Pesquisa e Recuperação Química

search_compounds - Pesquise o banco de dados ChEMBL por nome, sinônimo ou identificador
get_compound_info - Obtenha informações detalhadas do composto por ID ChEMBL
search_by_inchi - Encontre compostos por chave InChI ou string InChI
get_compound_structure - Recupere estruturas químicas em vários formatos
search_similar_compounds - Encontre compostos quimicamente semelhantes usando similaridade de Tanimoto

Ferramentas de Análise de Alvos e Descoberta de Medicamentos

search_targets - Pesquise alvos biológicos por nome ou tipo
get_target_info - Obtenha informações detalhadas do alvo por ID de alvo ChEMBL
get_target_compounds - Obtenha compostos testados contra alvos específicos
search_by_uniprot - Encontre alvos ChEMBL por acesso UniProt
get_target_pathways - Obtenha vias biológicas associadas a alvos

Ferramentas de Dados de Bioatividade e Ensaios

search_activities - Pesquise medições de bioatividade e resultados de ensaios
get_assay_info - Obtenha informações detalhadas do ensaio por ID de ensaio ChEMBL
search_by_activity_type - Encontre dados de bioatividade por tipo de atividade e faixa de valores
get_dose_response - Obtenha dados de dose-resposta e perfis de atividade
compare_activities - Compare dados de bioatividade entre múltiplos compostos

Ferramentas de Desenvolvimento de Medicamentos e Dados Clínicos

search_drugs - Pesquise medicamentos aprovados e candidatos clínicos
get_drug_info - Obtenha status de desenvolvimento de medicamentos e informações de ensaios clínicos
search_drug_indications - Pesquise indicações terapêuticas e áreas de doenças
get_mechanism_of_action - Obtenha dados de mecanismo de ação e interação com alvos

Ferramentas de Análise de Propriedades Químicas

analyze_admet_properties - Analise propriedades ADMET
calculate_descriptors - Calcule descritores moleculares e propriedades físico-químicas
predict_solubility - Prediga propriedades de solubilidade aquosa e permeabilidade
assess_drug_likeness - Avalie drug-likeness usando a Regra dos Cinco de Lipinski

Ferramentas Avançadas de Pesquisa e Referências Cruzadas

substructure_search - Encontre compostos contendo subestruturas específicas
batch_compound_lookup - Processe múltiplos IDs ChEMBL de forma eficiente
get_external_references - Obtenha links para bancos de dados externos
advanced_search - Consultas complexas com múltiplos filtros químicos e biológicos

Histórico de Alterações

v1.0.0 - Lançamento Inicial

Inteligência Química Abrangente: 27 ferramentas especializadas para descoberta de medicamentos
Funcionalidade Essencial: Pesquisa de compostos, análise de alvos, dados de bioatividade
Recursos Avançados: Pesquisa de similaridade, processamento em lote, referências cruzadas
Modelos de Recursos: Acesso direto baseado em URI aos dados do ChEMBL
Suporte Docker: Implantação em contêiner com práticas recomendadas de segurança
Documentação Profissional: Referência completa de ferramentas e exemplos
Desenvolvido pela Augmented Nature: Plataforma profissional de informática química

Citação

Se você usar este projeto em sua pesquisa ou publicações, cite-o da seguinte forma:

author = {Moudather Chelbi},
title = {ChEMBL MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/ChEMBL-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}