PyMOL-MCP

Permite la biología estructural conversacional, la visualización molecular y el análisis en PyMOL a través del lenguaje natural.

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PyMOL-MCP: Integrando PyMOL con Claude AI

PyMOL-MCP conecta PyMOL con Claude AI a través del Protocolo de Contexto de Modelo (MCP), permitiendo que Claude interactúe directamente con PyMOL y lo controle. Esta potente integración permite la biología estructural conversacional, la visualización molecular y el análisis mediante lenguaje natural.

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Características

  • Comunicación bidireccional: Conecta Claude AI a PyMOL a través de un servidor basado en sockets
  • Análisis inteligente de comandos: Procesamiento de lenguaje natural para comandos de PyMOL
  • Control de visualización molecular: Manipula representaciones, colores y vistas
  • Análisis estructural: Realiza mediciones, alineamientos y otros análisis
  • Ejecución de código: Ejecuta código Python arbitrario en PyMOL desde Claude

Guía de instalación

Requisitos previos

  • PyMOL instalado en tu sistema
  • Claude para Desktop
  • Python 3.10 o más reciente
  • Git

Paso 1: Instalar el administrador de paquetes UV

En macOS:

brew install uv

En Windows:

powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%

Para otras plataformas, visita la guía de instalación de UV.

Paso 2: Clonar el repositorio

git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

Paso 3: Configurar el entorno

Crea y activa un entorno virtual de Python:

python -m venv venv

En macOS/Linux:

source venv/bin/activate

En Windows:

venv\Scripts\activate

Paso 4: Instalar dependencias

Con el entorno virtual activado:

pip install mcp

Paso 5: Configurar Claude Desktop

  1. Abre Claude Desktop
  2. Ve a Claude > Configuración > Desarrollador > Editar configuración
  3. Esto abrirá el archivo claude_desktop_config.json
  4. Añade la configuración del servidor MCP:
{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[Full path to your venv python]",
      "args": ["[Full path to pymol_mcp_server.py]"]
    }
  }
}

Por ejemplo:

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
      "args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
    }
  }
}

Nota: Usa las rutas completas reales en tu sistema. En Windows, usa barras diagonales (/) en lugar de barras invertidas.

Paso 6: Instalar el plugin de PyMOL

  1. Abre PyMOL
  2. Ve a Plugin → Administrador de plugins
  3. Haz clic en la pestaña "Instalar nuevo plugin"
  4. Selecciona "Elegir archivo..." y navega hasta el repositorio clonado
  5. Selecciona el archivo pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py
  6. Haz clic en "Abrir" y sigue las instrucciones para instalar el plugin

Uso

Iniciar la conexión

  1. En PyMOL:

    • Ve a Plugin → PyMOL MCP Socket Plugin
    • Haz clic en "Iniciar escucha"
    • El estado debería cambiar a "Escuchando en el puerto 9876"

  2. En Claude Desktop:

    • Deberías ver un icono de martillo en la sección de herramientas al chatear
    • Haz clic en él para acceder a las herramientas de PyMOL

Ejemplos de comandos

Aquí tienes algunos ejemplos de lo que puedes pedirle a Claude que haga:

  • "Cargar PDB 1UBQ y mostrarlo como cartoon"
  • "Colorear la proteína por estructura secundaria"
  • "Resaltar los residuos del sitio activo con representación de sticks"
  • "Alinear dos estructuras y mostrar sus diferencias"
  • "Calcular la distancia entre estos dos residuos"
  • "Guardar esta vista como una imagen de alta resolución"

Solución de problemas

  • Problemas de conexión: Asegúrate de que el plugin de PyMOL esté escuchando antes de intentar conectar desde Claude
  • Errores de comando: Revisa la ventana de salida de PyMOL para ver cualquier mensaje de error
  • El plugin no aparece: Reinicia PyMOL y verifica que el plugin se haya instalado correctamente
  • Claude no se conecta: Verifica que las rutas en tu archivo de configuración de Claude sean correctas

Limitaciones y notas

Contribuciones

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Licencia

Este proyecto está licenciado bajo la Licencia MIT; consulta el archivo LICENSE para más detalles.