Liana-MCP

Una interfaz de lenguaje natural para el análisis de comunicación célula-célula utilizando el framework Liana.

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Documentación

Liana-MCP

Interfaz de lenguaje natural para análisis de scRNA-Seq con Liana a través de MCP.

🪩 ¿Qué puede hacer?

  • Módulo de E/S como leer y escribir datos de scRNA-Seq
  • Método de comunicación célula-célula
  • Módulo de trazado, gráfico circular, dotplot

❓ ¿Para quién es?

  • ¡Cualquier persona que quiera hacer análisis de scRNA-Seq en lenguaje natural!
  • Desarrolladores de agentes que quieran llamar a las funciones de Liana para sus aplicaciones

🌐 ¿Dónde usarlo?

Puedes usar Liana-mcp en la mayoría de clientes de IA, complementos o marcos de agentes que admitan MCP:

  • Clientes de IA, como Cherry Studio
  • Complementos, como Cline
  • Marcos de agentes, como Agno

🎬 Demo

Una demostración que muestra el análisis de clústeres de células scRNA-Seq en un cliente de IA Cherry Studio usando lenguaje natural basado en Liana-mcp

https://github.com/user-attachments/assets/40fb5bd8-a166-4993-9979-3258ef6646a0

📚 Documentación

La documentación completa de scmcphub está disponible en https://docs.scmcphub.org

🏎️ Inicio rápido

Instalación

Instalar desde PyPI

pip install liana-mcp

puedes probarlo ejecutando

liana-mcp run

ejecutar liana-mcp localmente

Consulta la siguiente configuración en tu cliente MCP:

verificar ruta

$ which liana 
/home/test/bin/liana-mcp

"mcpServers": {
  "liana-mcp": {
    "command": "/home/test/bin/liana-mcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

ejecutar liana-server de forma remota

Consulta la siguiente configuración en tu cliente MCP:

ejecútalo en tu servidor

liana-mcp run --transport shttp --port 8000

Luego configura tu cliente MCP en el cliente de IA local, así:


"mcpServers": {
  "liana-mcp": {
    "url": "http://localhost:8000/mcp"
  }
}

🤝 Contribuciones

Si tienes alguna pregunta, eres bienvenido a enviar un issue, o contactarme (hsh-me@outlook.com). ¡También son bienvenidas las contribuciones al código!

Cita

Si usas liana-mcp en tu investigación, considera citar el siguiente trabajo:

Dimitrov D., Schäfer P.S.L, Farr E., Rodriguez Mier P., Lobentanzer S., Badia-i-Mompel P., Dugourd A., Tanevski J., Ramirez Flores R.O. y Saez-Rodriguez J. LIANA+ proporciona un marco integral para la inferencia de comunicación célula-célula. Nat Cell Biol (2024). https://doi.org/10.1038/s41556-024-01469-w