Holy Bio MCP

Holy Bio MCP: Un marco MCP unificado para la investigación en bioinformática

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Desarrollado durante Bio x AI Hackathon 2025

🎯 Nuestra misión

Holy Bio MCP es un marco unificado nacido durante el Bio x AI Hackathon-2025 a partir de nuestra experiencia práctica construyendo agentes impulsados por LLM en el proyecto Longevity Genie, IBIMA (Instituto de Bioestadística e Informática en Medicina e Investigación del Envejecimiento) y el Grupo de Biología de Sistemas del Envejecimiento. Nuestro objetivo es facilitar la vida a los investigadores proporcionando un conjunto de herramientas especializadas e interoperables que se integren sin problemas en IDEs impulsados por IA (como Cursor, Windsurf), clientes de chat (como Claude Desktop de Anthropic) y que sirvan como bloques fundamentales para flujos de trabajo agénticos complejos (usando ElizaOS, Just-Agents, AutoGen, etc.).

Este proyecto agrega varios servidores MCP independientes y potentes en un único ecosistema cohesivo para la bioinformática avanzada y la investigación sobre longevidad, incluyendo un plugin nativo de ElizaOS para construir agentes de investigación autónomos.

¿Qué es el Protocolo de Contexto de Modelo (MCP)?

MCP es un protocolo diseñado para cerrar la brecha entre los Modelos de Lenguaje Grande (LLM) y las herramientas y bases de datos especializadas y específicas de dominio. Proporciona una forma estandarizada para que los asistentes y agentes de IA accedan a funcionalidades complejas a través de interfaces estructuradas y con seguridad de tipos.

Si deseas entender MCP con más detalle y aprender a usarlo de manera efectiva, te recomendamos estos recursos:

• Curso de DeepLearning.AI: MCP: Construye aplicaciones de IA con contexto rico
• Documentación oficial: Sitio web del Protocolo de Contexto de Modelo
• Comunidad: Busca "Model Context Protocol" en YouTube y otras plataformas para tutoriales y discusiones.

🔬 Ejemplo real en acción

Aquí hay una conversación real (que puedes reproducir fácilmente tú mismo, ya que todos los MCP funcionan y están cubiertos por pruebas) que muestra cómo los servidores de Holy Bio MCP trabajan juntos para responder preguntas de investigación complejas, demostrando el poder de este enfoque integrado:

🎬 Demo en video

Aquí hay una demo en video de Holy-Bio-MCP, esta vez incluyendo intervenciones genéticas sinérgicas y pequeñas moléculas:

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También hicimos un video sobre cómo configurar los servidores de Holy-Bio-MCP en tu editor de código. Usamos Cursor como ejemplo, pero será muy similar en los clientes MCP (Anthropic Desktop, Windsurf, etc.) también.

🛠️ Servidores MCP incluidos y herramientas de integración

Este marco une los siguientes servidores MCP especializados y herramientas de integración. Cada uno es una herramienta poderosa por sí mismo, pero juntos forman una plataforma de investigación integral.

Servidores MCP

• gget-mcp: Un potente kit de herramientas de bioinformática para consultas y análisis genómicos, que envuelve la popular biblioteca gget.
• opengenes-mcp: Una base de datos consultable para la investigación sobre envejecimiento y longevidad del proyecto OpenGenes.
• synergy-age-mcp: Una base de datos de interacciones genéticas sinérgicas y antagónicas en longevidad de SynergyAge.
• biothings-mcp: Acceso a las API de BioThings.io para datos completos de genes, variantes, compuestos químicos y taxonómicos.
• pharmacology-mcp: Acceso a la base de datos Guide to PHARMACOLOGY para información sobre fármacos, dianas y ligandos.

Después del hackathon ampliamos la lista de servidores MCP con:

• futurehouse-mcp para usar modelos de predicción de future-house
• addgene-mcp para buscar plásmidos (nota: etapa alfa)
• boltz-mcp para ejecutar predicciones de estructura de Boltz (nota: etapa alfa)
• benchling-mcp para interactuar con la API de Benchling (nota: etapa alfa)
• y algunos otros

Herramientas de integración

• biostratum-eliza: Un plugin de ElizaOS que permite a los agentes de IA autónomos conectarse sin problemas y utilizar todos los servidores MCP mencionados, proporcionando una interfaz unificada para construir flujos de trabajo agénticos complejos en la investigación bioinformática.

Capacidades de los servidores y preguntas de ejemplo

En lugar de solo enumerar funciones, aquí tienes una muestra del tipo de preguntas de investigación que puedes responder con cada servidor.

1. 🔬 gget-mcp: Kit de herramientas de genómica y análisis de secuencias

Proporciona un rico conjunto de herramientas para el análisis de secuencias, genómica funcional y biología estructural.

Preguntas de investigación de ejemplo:

• "Encuentra información sobre el gen humano TP53 y obtén su secuencia de proteína."
• "Realiza un análisis de enriquecimiento para un conjunto de genes relacionados con el cáncer: TP53, BRCA1, BRCA2, ATM, CHEK2."
• "Obtén la información de estructura 3D de la proteína codificada por el gen EGFR de AlphaFold."
• "Encuentra mutaciones en la base de datos COSMIC para el gen PIK3CA."
• "Realiza una búsqueda BLAST con la secuencia de ADN 'ATGGCGCCCGAACAGGGAC' para identificar su origen."
• "Alinea múltiples secuencias de proteínas para encontrar regiones conservadas."

2. 🕰️ opengenes-mcp: Genética del envejecimiento y la longevidad

Una base de datos SQL consultable centrada en la genética del envejecimiento y la longevidad.

Preguntas de investigación de ejemplo:

• "¿Qué intervenciones genéticas extendieron más la vida útil de los ratones?"
• "¿Qué polimorfismos en FOXO3 están asociados con la longevidad humana?"
• "¿Qué sellos distintivos del envejecimiento están asociados con el gen KL (Klotho)?"
• "¿Hay alguna intervención específica del hígado que aumente la vida útil en ratones?"
• "Encuentra genes que estén asociados tanto con la longevidad en estudios humanos como con efectos de extensión de la vida en organismos modelo."

3. 🔄 synergy-age-mcp: Interacciones genéticas sinérgicas y antagónicas en longevidad

Una base de datos curada que contiene datos validados experimentalmente sobre intervenciones genéticas que afectan la vida útil en múltiples organismos modelo, centrándose en interacciones sinérgicas, antagónicas y epistáticas entre intervenciones genéticas.

Preguntas de investigación de ejemplo:

• "¿Qué intervenciones genéticas muestran los efectos sinérgicos más fuertes en C. elegans?"
• "¿Cuál es la relación entre las mutaciones daf-2 y daf-16 en la longevidad de C. elegans?"
• "¿Cómo se comparan las intervenciones de la vía de señalización de la insulina entre gusanos, moscas y ratones?"
• "¿Qué combinaciones genéticas muestran interacciones antagónicas que reducen los beneficios de la vida útil?"
• "¿Cómo interactúan los miméticos de la restricción calórica con otras intervenciones de longevidad?"

4. 🧬 biothings-mcp: Datos biológicos fundamentales

Envuelve las API de BioThings.io para proporcionar datos biológicos fundamentales.

Preguntas de investigación de ejemplo:

• "¿Cuáles son las funciones y vías asociadas con el gen humano BRAF?"
• "Encuentra todas las variantes en el gen EGFR y proporciona su significado clínico de ClinVar."
• "¿Cuál es la fórmula molecular y la estructura del compuesto 'aspirina'?"
• "Descarga la secuencia FASTA de la proteína para el ID de UniProt P04637."
• "¿Cuál es el linaje taxonómico de Mus musculus?"

5. 💊 pharmacology-mcp: Datos de fármacos, dianas y ligandos

Un recurso completo y consultable para datos farmacológicos.

Preguntas de investigación de ejemplo:

• "Encuentra todos los fármacos aprobados que se dirigen a los receptores acoplados a proteínas G (GPCR)."
• "¿Cuáles son los ligandos conocidos para la diana 'receptor del factor de crecimiento epidérmico' (EGFR)?"
• "Enumera todas las interacciones para el ligando 'Imatinib' con sus datos de afinidad."
• "¿Qué enfermedades están asociadas con la diana 'factor de necrosis tumoral' (TNF)?"
• "Busca todas las dianas en la familia de 'canales iónicos dependientes de voltaje'."

🚀 Primeros pasos: Configuración unificada

Este repositorio proporciona archivos de configuración unificados que habilitan todos los servidores incluidos a la vez. Así es como puedes comenzar:

Opción 1: Configuración de copiar y pegar (inicio más rápido)

Para uso inmediato sin clonar este repositorio, copia y pega esta configuración directamente en tu cliente MCP:

{
  "mcpServers": {
    "biothings-mcp": {
      "command": "uvx",
      "args": ["--from", "biothings-mcp", "stdio"]
    },
    "gget-mcp": {
      "command": "uvx",
      "args": ["gget-mcp", "stdio"]
    },
    "synergy-age-mcp": {
      "command": "uvx",
      "args": ["synergy-age-mcp"],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT": "stdio"
      }
    },
    "opengenes-mcp": {
      "command": "uvx",
      "args": ["opengenes-mcp"],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT": "stdio"
      }
    },
    "pharmacology-mcp": {
      "command": "uvx",
      "args": ["--from", "pharmacology-mcp", "stdio"]
    }
  }
} 

Opción 2: Configuración automática con STDIO (usando archivos del repositorio)

Este método utiliza los archivos de configuración de este repositorio.

1. Requisito previo: Asegúrate de tener uv instalado. Si no, es un comando de una línea:

   curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh
   

2. Configura tu cliente: Apunta tu cliente compatible con MCP (por ejemplo, Cursor, Claude Desktop) para usar el archivo mcp-config-stdio.json de este repositorio.

¡Eso es todo! No necesitas ejecutar ningún comando uvx manualmente. Tu cliente MCP usará automáticamente uvx para lanzar los servidores necesarios en segundo plano cuando se llame a una herramienta y los gestionará por ti.

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Tutorial en video de configuración

Para una guía visual sobre cómo configurar clientes como Cursor con estos archivos de configuración, mira nuestro Video tutorial de configuración.

🤖 Escenarios de integración

• Investigación interactiva (basada en chat): Úsalo con asistentes de IA como Claude para investigación exploratoria.
• Desarrollo mejorado con IA (integración en IDE): Integra con Cursor o Windsurf para acceder a datos biomédicos y generar scripts de análisis mientras programas.
• Flujos de trabajo agénticos (investigación automatizada): Construye agentes de investigación autónomos usando marcos como AutoGen o - ElizaOS con nuestro plugin biostratum para una integración fluida de múltiples servidores.

Integración de ElizaOS con el plugin Biostratum

Nuestro plugin biostratum-eliza proporciona integración nativa con ElizaOS, permitiéndote crear agentes de IA sofisticados que pueden:

• Conectarse automáticamente a todos los servidores de Holy Bio MCP simultáneamente
• Enrutar inteligentemente las consultas de investigación a las fuentes de datos más apropiadas
• Combinar conocimientos de múltiples bases de datos biológicas en una sola conversación
• Ejecutar flujos de trabajo complejos como encontrar genes de longevidad, analizar sus variantes e identificar dianas de fármacos

Inicio rápido con ElizaOS:

# Install the plugin
elizaos plugins add @longevity-genie/biostratum-mcp-plugin

# Start your bio-research agent
elizaos agent start --path bio-gagarin.json

El plugin admite configuración simplificada para todos los servidores biostratum:

{
  "name": "Bio Research Agent",
  "plugins": ["@longevity-genie/biostratum-mcp-plugin"],
  "settings": {
    "biostratum": {
      "biothings": {},
      "opengenes": {},
      "gget": {},
      "pharmacology": {},
      "synergy-age": {}
    }
  }
}

Total de herramientas disponibles: Más de 51 funciones bioinformáticas especializadas en todos los servidores, disponibles automáticamente para tu agente.

🏗️ Desarrollo y contribuciones

Este proyecto es de código abierto y damos la bienvenida a contribuciones. Ya sea informes de errores, solicitudes de funciones, documentación o nuevas pruebas, tu aporte es valioso. Consulta los repositorios individuales para conocer las pautas de contribución específicas.

📄 Licencia

Este proyecto está licenciado bajo la Licencia MIT. Las fuentes de datos individuales pueden tener sus propios términos de licencia.

🙏 Agradecimientos

Este trabajo no sería posible sin el trabajo fundamental de los equipos detrás de las bases de datos y herramientas que hemos integrado. También estamos agradecidos por el apoyo de nuestros colaboradores y patrocinadores.

Con el apoyo de

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