gget-mcp

👤 Usuario: "Analiza el gen TP53 - encuentra sus detalles y secuencia de proteína, luego verifica mutaciones de cáncer"

🤖 Asistente de IA: Te ayudaré a analizar TP53 paso a paso:

[Usa gget_search] → Encontró TP53 (ENSG00000141510) en el cromosoma 17
[Usa gget_info] → TP53 es un gen supresor de tumores que codifica proteínas
[Usa gget_seq con translate=True] → Obtuvo la secuencia de proteína de 393 aminoácidos
[Usa gget_cosmic] → Encontró mutaciones hotspot R175H, R248Q, R273H en múltiples cánceres

👤 Usuario: "Ahora predice la estructura 3D de esta secuencia de proteína: MSKGEELFTGVVPILVEL..."

🤖 Asistente de IA: Déjame analizar esta secuencia:

[Usa gget_blast] → Identificada como Proteína Fluorescente Verde (GFP)
[Usa gget_alphafold] → Predijo estructura clásica de barril beta con confianza del 90%+

👤 Usuario: "Realiza enriquecimiento de rutas para genes de reparación de ADN: TP53, BRCA1, BRCA2, ATM"

🤖 Asistente de IA: [Usa gget_enrichr] → Rutas principales: Respuesta al Daño del ADN, Recombinación Homóloga, Puntos de Control del Ciclo Celular, Señalización p53

¿Ves lo poderoso que es esto? Ahora puedes hacer preguntas en lenguaje natural sobre genes, secuencias, mutaciones y rutas: ¡la IA hace el trabajo bioinformático complejo por ti!

MCP es un protocolo que une la brecha entre los sistemas de IA y las herramientas especializadas de dominio. Permite:

• Acceso Estructurado: Conexión directa a potentes herramientas y bases de datos bioinformáticas
• Consultas en Lenguaje Natural: Interacción simplificada con flujos de trabajo genómicos complejos
• Seguridad de Tipos: Tipado fuerte y validación a través de FastMCP
• Integración con IA: Integración perfecta con asistentes y agentes de IA

Si quieres entender más sobre qué es el Protocolo de Contexto de Modelo y cómo usarlo de manera más eficiente, puedes tomar el Curso de DeepLearning AI o buscar videos de MCP en YouTube.

Información de Genes y Búsqueda

• gget_search: Encuentra IDs de Ensembl asociados con términos de búsqueda
• gget_info: Obtén información detallada para IDs de Ensembl
• gget_seq: Recupera secuencias de nucleótidos o aminoácidos
• gget_ref: Obtén información del genoma de referencia de Ensembl

Análisis de Secuencias

• gget_blast: BLAST de secuencias de nucleótidos o aminoácidos
• gget_blat: Encuentra ubicaciones genómicas de secuencias
• gget_muscle: Alinea múltiples secuencias

Análisis de Expresión y Funcional

• gget_archs4: Obtén datos de expresión génica de ARCHS4
• gget_enrichr: Realiza análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes

Estructura y Función de Proteínas

• gget_pdb: Obtén datos de estructura de proteínas de PDB
• gget_alphafold: Predice la estructura de proteínas usando AlphaFold

Análisis de Cáncer y Mutaciones

• gget_cosmic: Busca en la base de datos COSMIC mutaciones de cáncer

Análisis de Célula Única

• gget_cellxgene: Consulta datos de RNA-seq de célula única de CellxGene

# Download and install uv
curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh

# Verify installation
uv --version
uvx --version

uvx es una herramienta muy útil que puede ejecutar un paquete de Python instalándolo si es necesario.

Modo STDIO (para clientes MCP que requieren stdio)

# Run the server in stdio mode
uvx gget-mcp stdio

Modo HTTP (Servidor Web)

# Run the server in streamable HTTP mode on default (3002) port
uvx gget-mcp http

# Run on a specific port
uvx gget-mcp http --port 8000

Modo SSE (Eventos enviados por el servidor)

# Run the server in SSE mode
uvx gget-mcp sse

Si quieres inspeccionar los métodos proporcionados por el servidor MCP, usa npx (puede que necesites instalar nodejs y npm):

Para el modo STDIO con uvx:

npx @modelcontextprotocol/inspector --config mcp-config.json --server gget-mcp

También puedes ejecutar el inspector manualmente y configurarlo a través de la interfaz:

npx @modelcontextprotocol/inspector

Después de eso puedes explorar las herramientas y recursos con el Inspector MCP, que generalmente está en el puerto 6274 (nota: si ejecutas el inspector varias veces, puede cambiar el puerto)

Resumen

Esta guía te llevará a través de la configuración de Claude Desktop con la extensión gget_mcp y la integración de Google Drive en Windows. Al final, podrás usar Claude para obtener datos biológicos (como secuencias de genes) y guardarlos directamente en tu carpeta de Google Drive con acceso sin conexión.

Requisitos previos

• PC con Windows y acceso de administrador
• Cuenta de Google
• Conexión a internet estable

Paso 1: Configurar Google Drive para Escritorio con Acceso sin Conexión

1. Descarga e instala Google Drive para Escritorio

2. Inicia la aplicación e inicia sesión con tu cuenta de usuario

3. Conecta la cuenta de Google compartida de tu proyecto (si aplica)

4. Configura el acceso sin conexión para tu carpeta de trabajo:

   • Navega a la carpeta con la que quieres trabajar en Google Drive
   • Haz clic derecho en la carpeta (por ejemplo, "work" o la carpeta de tu proyecto)
   • Selecciona "Disponible sin conexión" en el menú contextual
   • Esto hace que la carpeta sea accesible en una ruta como C:\GDrive\holy-bio-mcp\My Disk\work

   Importante: Esto es diferente de solo sincronizar: el acceso sin conexión asegura que los archivos estén disponibles localmente mientras siguen siendo parte de tu estructura de Google Drive.

Paso 2: Instalar Claude Desktop

1. Descarga Claude Desktop para Windows
2. Ejecuta el instalador y sigue el asistente de configuración
3. Inicia sesión con tu cuenta de Anthropic/Claude
4. Completa la configuración inicial

Paso 3: Instalar el Administrador de Paquetes uv

1. Instala uv usando uno de estos métodos:

   Opción A: Usando winstall

   • Visita https://winstall.app/apps/astral-sh.uv
   • Sigue las instrucciones de instalación

   Opción B: Usando PowerShell

   powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
   

2. Reinicia tu terminal después de la instalación

Paso 4: Instalar Node.js

Puedes instalar Node.js usando cualquiera de los métodos:

Opción A: Instalador nativo

1. Visita https://nodejs.org/en/download
2. Descarga el instalador de Windows (se recomienda la versión LTS)
3. Ejecuta el instalador con la configuración predeterminada

Opción B: Usando Chocolatey

choco install nodejs

Ambos métodos funcionan igual de bien: elige el que prefieras.

Paso 5: Verificar la Instalación y Almacenar en Caché los Paquetes

Abre el Símbolo del sistema o PowerShell y ejecuta:

uvx --from gget-mcp@latest stdio

Comportamiento esperado:

• El comando debería iniciarse sin errores
• Los paquetes se descargarán y almacenarán en caché
• Si se ejecuta correctamente, todo está configurado correctamente
• Puedes presionar Ctrl+C para detenerlo

Paso 6: Configurar Claude Desktop

6.1: Habilitar la Extensión de Sistema de Archivos

1. Abre Claude Desktop
2. Ve a Configuración (icono de engranaje)
3. Navega a la pestaña "Extensiones" en la barra lateral izquierda
4. Habilita la extensión Sistema de Archivos
5. Agrega tu carpeta sin conexión de Google Drive a los directorios permitidos (por ejemplo, C:\GDrive\holy-bio-mcp\My Disk\work)

Nota: La extensión de Sistema de Archivos está integrada en Claude Desktop y usa MCP internamente, pero se gestiona directamente desde la aplicación. No necesitas configurarla en el archivo JSON.

6.2: Agregar el Servidor gget_mcp

1. De la misma manera, ve a Configuración, navega a la pestaña "Desarrollador" en la barra lateral izquierda
2. En la pestaña de configuración Desarrollador, haz clic en el botón "Editar Configuración"
3. Esto abrirá el archivo claude_desktop_config.json
4. Edítalo y agrega la configuración del servidor gget_mcp:

{
  "mcpServers": {
    "gget": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "gget-mcp@latest",
        "stdio"
      ]
    }
  }
}

5. Guarda el archivo de configuración

Paso 7: Reiniciar Claude Desktop

1. Cierra completamente Claude Desktop (revisa la bandeja del sistema)
2. Reinicia la aplicación
3. Nota: En el primer inicio, podrías experimentar un tiempo de espera agotado; esto es normal
4. Si es necesario, reinicia Claude Desktop una segunda vez

Paso 8: Verificar que las Extensiones Estén Activas

1. Abre la Configuración de Claude Desktop
2. Ve a la pestaña Desarrollador
3. Confirma que ambos componentes estén habilitados:
   • ✅ Extensión de Sistema de Archivos - debería mostrar tu ruta configurada de Google Drive y mostrar el estado "Ejecutándose"
   • ✅ Servidor MCP de gget - debería mostrar el estado "Ejecutándose"

Paso 9: Probar la Configuración

Ahora verifiquemos que todo funcione. En Claude Desktop, crea un nuevo chat. Haz clic en el icono "Buscar y herramientas", selecciona y habilita tanto gget_mcp como filesystem

Prueba este prompt:

Please search for the COL1A1 gene, retrieve its protein sequence, 
and save it to C:\GDrive\holy-bio-mcp\My Disk\work\test_sequences\ as a FASTA file.

Resultado esperado:

• Claude usará gget_mcp para buscar el gen
• Obtendrá los datos de la secuencia
• Guardará el archivo en tu carpeta especificada
• El archivo se sincronizará con Google Drive automáticamente
• Claude podrá leerlo usando la Extensión de Sistema de Archivos.

Solución de Problemas

El Servidor MCP No se Conecta

• Asegúrate de que uv y node estén en tu PATH del sistema
• Intenta ejecutar el comando de verificación nuevamente desde el Paso 5
• Reinicia Claude Desktop por completo

Errores de Permisos del Sistema de Archivos

• Verifica que la extensión de Filesystem tenga acceso a tu carpeta de Google Drive
• Verifica que la carpeta tenga habilitado el acceso sin conexión en Google Drive
• Intenta ejecutar Claude Desktop como administrador
• Asegúrate de que la ruta sea correcta (usa la ruta exacta que se muestra en el Explorador de archivos)

Tiempo de espera en el primer lanzamiento

• Esto es normal: simplemente reinicia Claude Desktop
• Espera de 10 a 15 segundos antes de hacer solicitudes

Los comandos de gget no funcionan

• Asegúrate de que la conexión a internet sea estable (gget obtiene datos de bases de datos en línea)
• Verifica que el servidor gget_mcp aparezca como "Activo" en la configuración
• Intenta nuevamente el comando de verificación del Paso 5

Problemas de acceso sin conexión en Google Drive

• Confirma que la carpeta muestre una marca de verificación verde en Google Drive para escritorio
• Si los archivos no se sincronizan, haz clic derecho en la carpeta y vuelve a habilitar "Disponible sin conexión"
• Verifica que tengas suficiente espacio en disco local para los archivos sin conexión

¡Éxito! 🎉

Si todo funciona correctamente, ahora tienes:

• ✅ Claude Desktop con capacidades MCP
• ✅ Acceso a bases de datos biológicas a través de gget_mcp
• ✅ Operaciones de archivos directas en tu carpeta sin conexión de Google Drive
• ✅ Sincronización automática en la nube de todos los resultados

Ahora puedes pedirle a Claude que obtenga secuencias de genes, datos de proteínas, realice búsquedas BLAST y guarde todo directamente en tu carpeta de Google Drive con acceso sin conexión.

Casos de uso de ejemplo

• Obtener secuencias de genes: "Obtén la secuencia de ADN de BRCA1 y guárdala en mi Drive"
• Análisis de proteínas: "Encuentra la secuencia de proteína de TP53 y crea un informe en markdown"
• Operaciones masivas: "Busca todos los genes relacionados con la apoptosis y crea una tabla resumen"
• Referencias cruzadas: "Obtén información sobre COL1A1 de Ensembl y UniProt"

Recursos adicionales

• documentación de gget
• documentación del Model Context Protocol
• soporte de Claude Desktop

Guía actualizada: 13 de octubre de 2025

# Clone the repository
git clone https://github.com/longevity-genie/gget-mcp.git
cd gget-mcp
uv sync

Ejecutar el servidor MCP

Si ya clonaste el repositorio, puedes ejecutar el servidor con uv:

# Start the MCP server locally (HTTP mode)
uv run server

# Or start in STDIO mode  
uv run stdio

# Or start in SSE mode
uv run sse

El servidor MCP se proporciona con pruebas exhaustivas que incluyen tanto pruebas unitarias como pruebas de integración para operaciones que dependen de la red.

Ejecutar pruebas

Ejecuta las pruebas para el servidor MCP:

# Run all tests (excluding expensive judge tests)
uv run pytest -vvv -m "not judge"

# Run only fast tests (skip slow, integration, and judge tests)
uv run pytest -vvv -m "not slow and not integration and not judge"

# Run only integration tests
uv run pytest -vvv -m integration

# Run judge tests (expensive LLM tests - requires API keys and may cost money)
uv run pytest test/test_judge.py -vvv

# Run tests with coverage (excluding judge tests)
uv run pytest -vvv --cov=src/gget_mcp --cov-report=term-missing -m "not judge"

Nota sobre las pruebas de evaluación: Las pruebas de evaluación (test_judge.py) utilizan modelos de lenguaje grandes para evaluar el rendimiento del agente de IA con las herramientas de gget. Estas pruebas:

• Se excluyen automáticamente de CI/CD para evitar costos
• Requieren claves de API (GEMINI_API_KEY o similares)
• Pueden generar cargos de los proveedores de API de LLM
• Están diseñadas para el desarrollo local y la evaluación manual
• Proporcionan información valiosa sobre cómo funcionan las herramientas con agentes de IA

Flujos de trabajo de GitHub Actions

Este proyecto incluye varios flujos de trabajo de GitHub Actions:

• CI (.github/workflows/ci.yml): Se ejecuta en cada push/PR con linting básico y pruebas rápidas
• Pruebas (.github/workflows/test.yml): Pruebas exhaustivas en múltiples sistemas operativos y versiones de Python
  • Pruebas rápidas en todas las plataformas
  • Pruebas de integración (pueden requerir acceso a la red)
  • Pruebas lentas (como operaciones BLAST): se ejecutan solo en Ubuntu con Python 3.11
  • Informe de cobertura de código
  • Comprobaciones de seguridad con bandit y safety
• Publicar (.github/workflows/publish.yml): Publica en PyPI cuando se empujan etiquetas

Puedes usar el inspector MCP con el servidor MCP construido localmente de la misma manera que con uvx.

Dependencias externas

Algunas funciones de gget dependen de servicios web y bases de datos externos que pueden estar ocasionalmente no disponibles o limitados en velocidad. El servidor implementa un manejo de errores adecuado y reintentos cuando corresponde.

Cobertura de pruebas

Aunque proporcionamos pruebas exhaustivas, incluidas pruebas de integración para operaciones que dependen de la red, algunos casos de prueba pueden ser sensibles a la disponibilidad de servicios externos. Algunos resultados de pruebas automatizadas pueden necesitar validación manual.