MCP Simple PubMed

MCP Simple PubMed

Un servidor MCP que proporciona acceso a artículos de PubMed a través de la API de Entrez.

Características

Herramientas

• Buscar en PubMed - Busca en la base de datos usando palabras clave, términos MeSH, nombres de autores, rangos de fechas y operadores booleanos
• Obtener texto completo - Descarga el texto completo cuando esté disponible (para artículos de acceso abierto en PubMed Central)
• Acceder a resúmenes - Recupera resúmenes de artículos y metadatos mediante URI de recursos

Prompts (Nuevo en v0.1.14)

Los Prompts de MCP te ayudan a construir búsquedas efectivas en PubMed:

• Búsqueda de revisión sistemática - Genera estrategias de búsqueda exhaustivas con términos MeSH, sinónimos y filtros de fecha para revisiones sistemáticas
• Búsqueda PICO - Construye búsquedas de preguntas clínicas usando el marco PICO (Población, Intervención, Comparación, Resultado)
• Búsqueda por autor - Encuentra todas las publicaciones de un autor específico con el formato de nombre adecuado

Estos prompts guían a la IA para construir consultas optimizadas de PubMed, facilitando la realización de búsquedas bibliográficas exhaustivas.

Notas

Ten en cuenta que la herramienta devuelve una versión XML del texto completo. Sin embargo, es más útil para las IA que un texto "legible para humanos", ya que les proporciona información adicional sobre la estructura del documento. Al menos, eso es lo que Claude 3.5 Sonnet dijo que prefiere.

Ten en cuenta también que la incapacidad de esta herramienta y posiblemente de otras para entregar el texto completo de un artículo puede no deberse a que no esté disponible. Al probar esta herramienta, me encontré con un artículo que no tenía texto completo en PubMed y cuando Claude accedió a la URL de la publicación (que obtuvimos a través del DOI) usando fetch, recibió un error de "prohibido". Sin embargo, pude acceder a la misma página usando un navegador normal.

En otras palabras, si tu asistente de IA no puede obtener el texto completo de un artículo usando esta herramienta, vale la pena intentarlo manualmente con un navegador web normal.

Finalmente, esta herramienta, por supuesto, no puede darte acceso a artículos de pago. Puede que puedas leerlos a través del acceso de tu biblioteca o, como último recurso, a través de un cierto sitio que se esfuerza por hacer que la investigación financiada con fondos públicos esté disponible gratuitamente.

Instalación

Instalación mediante Smithery

Para instalar Simple PubMed para Claude Desktop automáticamente a través de Smithery:

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

Instalación manual

pip install mcp-simple-pubmed

Configuración

El servidor requiere las siguientes variables de entorno:

• PUBMED_EMAIL: Tu dirección de correo electrónico (requerida por NCBI)
• PUBMED_API_KEY: Clave API opcional para límites de velocidad más altos

El límite de velocidad estándar es de 3 solicitudes por segundo. No se implementó limitación de velocidad, ya que es muy poco probable en el escenario de uso típico que tu IA genere más tráfico. Si lo necesitas, puedes registrarte para obtener una clave API que te dará 10 solicitudes por segundo. Lee sobre esto en las páginas de NCBI.

Uso con Claude Desktop

Añade a tu configuración de Claude Desktop (claude_desktop_config.json):

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

(Windows)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "mcp_simple_pubmed"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

Corrección de certificado SSL en macOS

Si encuentras errores de verificación de certificado SSL en macOS (como [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: self-signed certificate in certificate chain), necesitas instalar el paquete de certificados adecuado:

/Applications/Python\ 3.13/Install\ Certificates.command

Reemplaza 3.13 con tu número de versión de Python. Este script viene con las instalaciones de Python de python.org.

También puedes ejecutarlo desde el Finder:

Si realizas este cambio mientras Claude Desktop está abierto, deberás cerrarlo y volver a abrirlo para que surta efecto.

Licencia

Licencia MIT