Alliance of Genome Resources (JS)

Servidor MCP de AGR

Servidor MCP para consultar Alliance of Genome Resources - datos genómicos en organismos modelo.

Instalación

Opción 1: npx (Recomendado)

No se requiere instalación. Añade a la configuración de tu cliente MCP:

{
  "mcpServers": {
    "agr-genomics": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "agr-mcp-server"]
    }
  }
}

Opción 2: Instalación global

npm install -g agr-mcp-server

Luego usa en tu configuración:

{
  "mcpServers": {
    "agr-genomics": {
      "command": "agr-mcp-server"
    }
  }
}

Ubicaciones de archivos de configuración

Cliente	Ruta de configuración
Claude Desktop (macOS)	~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
Claude Desktop (Windows)	%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
Claude Code	~/.claude/settings.json
Cursor	Configuración > Servidores MCP
Windsurf	~/.codeium/windsurf/mcp_config.json

Uso

Haz preguntas de forma natural:

• "Buscar genes BRCA1 en humanos"
• "¿Qué genes están involucrados en la reparación del ADN?"
• "Obtener información sobre HGNC:1100"
• "Encontrar ortólogos del gen de la insulina"
• "¿Qué enfermedades están asociadas con TP53?"
• "Mostrar datos de expresión para daf-2 en gusano"
• "Encontrar todos los genes humanos con actividad quinasa"
• "Consultar AllianceMine para genes de ratón en el cromosoma 11"

Especies compatibles

Humano, ratón, rata, pez cebra, mosca, gusano, levadura, xenopus

Herramientas

Herramientas de la API de AGR

Herramienta	Descripción
search_genes	Buscar genes con filtro opcional de especie
get_gene_info	Información detallada del gen (símbolo, ubicación, sinónimos)
get_gene_diseases	Asociaciones de enfermedades para un gen
search_diseases	Buscar enfermedades por nombre
get_gene_expression	Datos de expresión en tejidos/etapas
find_orthologs	Homólogos entre especies
get_gene_phenotypes	Anotaciones de fenotipo
get_gene_interactions	Interacciones moleculares y genéticas
get_gene_alleles	Alelos/variantes para un gen
search_alleles	Buscar alelos por nombre
get_species_list	Listar organismos modelo compatibles

Herramientas de AllianceMine

Herramienta	Descripción
mine_search	Buscar en AllianceMine genes, proteínas, enfermedades
mine_query	Ejecutar consultas XML PathQuery sin procesar
mine_query_builder	Construir consultas usando JSON DSL
mine_natural_query	Consulta en lenguaje natural (devuelve esquema para LLM)
mine_list_templates	Listar plantillas de consulta disponibles
mine_run_template	Ejecutar una plantilla de consulta predefinida
mine_get_lists	Obtener listas de genes/proteínas disponibles
mine_get_list	Obtener el contenido de una lista específica
mine_create_list	Crear una nueva lista (requiere autenticación)
mine_add_to_list	Añadir elementos a una lista (requiere autenticación)
mine_delete_list	Eliminar una lista (requiere autenticación)

Ejemplos de consultas en AllianceMine

Usando el constructor de consultas:

Find human genes with BRCA in symbol:
- from: Gene
- select: primaryIdentifier, symbol, name
- where: organism.shortName = "H. sapiens", symbol CONTAINS "BRCA"

Usando plantillas:

Gene_Alleles - Find alleles for a gene
Gene_DOTerm - Disease annotations for a gene
Gene_GOTerms - GO annotations for a gene
GOTerm_Genes - Find genes by GO term

Autenticación

Las operaciones de gestión de listas (mine_create_list, mine_add_to_list, mine_delete_list) requieren un token de API de AllianceMine:

{
  "mcpServers": {
    "agr-genomics": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "agr-mcp-server"],
      "env": {
        "ALLIANCEMINE_TOKEN": "your-token-here"
      }
    }
  }
}

Formatos de ID de genes

Especie	Formato	Ejemplo
Humano	HGNC:*	HGNC:1100
Ratón	MGI:*	MGI:95892
Rata	RGD:*	RGD:3889
Pez cebra	ZFIN:ZDB-GENE-*	ZFIN:ZDB-GENE-990415-72
Mosca	FB:FBgn*	FB:FBgn0000017
Gusano	WB:WBGene*	WB:WBGene00000898
Levadura	SGD:S*	SGD:S000002536
Xenopus	Xenbase:XB-GENE-*	Xenbase:XB-GENE-485905

Fuentes de datos

• API de Alliance of Genome Resources
• AllianceMine

Licencia

MIT