Unofficial Gene Ontology MCP Server

Servidor MCP no oficial de Gene Ontology

Un servidor integral de Model Context Protocol para acceder a datos de Gene Ontology (GO), que permite a los sistemas de IA realizar análisis basados en ontologías, investigación de anotaciones génicas y estudios de enriquecimiento funcional.

Características

• Búsqueda y consulta de términos: Busca términos GO por palabra clave, nombre o definición
• Navegación de ontología: Explora relaciones jerárquicas entre términos
• Anotaciones génicas: Accede a anotaciones GO para genes y proteínas
• Validación: Valida identificadores GO y verifica la existencia de términos
• Estadísticas: Obtén estadísticas completas de ontología y metadatos

Instalación

npm install
npm run build

Uso

Como servidor MCP

Añade a la configuración de tu cliente MCP:

{
  "mcpServers": {
    "go-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/go-server/build/index.js"]
    }
  }
}

Herramientas disponibles

search_go_terms

Busca en los términos de Gene Ontology por palabra clave, nombre o definición.

{
  "query": "apoptosis",
  "ontology": "biological_process",
  "size": 10
}

get_go_term

Obtén información detallada de un término GO específico.

{
  "id": "GO:0006915"
}

validate_go_id

Valida el formato del identificador GO y verifica si el término existe.

{
  "id": "GO:0008150"
}

get_ontology_stats

Obtén estadísticas sobre ontologías GO (conteo de términos, actualizaciones recientes).

{
  "ontology": "all"
}

Plantillas de recursos

• go://term/{id} - Información completa del término GO
• go://annotations/{gene} - Anotaciones génicas
• go://search/{query} - Resultados de búsqueda
• go://hierarchy/{id} - Relaciones jerárquicas de términos

Ejemplos

Buscar términos relacionados con apoptosis

# Using the search_go_terms tool
{
  "query": "apoptosis",
  "ontology": "biological_process",
  "size": 5,
  "include_obsolete": false
}

Obtener información detallada de un término GO

# Using the get_go_term tool
{
  "id": "GO:0006915"
}

Validar un identificador GO

# Using the validate_go_id tool
{
  "id": "GO:0008150"
}

Fuentes de datos

Este servidor se integra con:

• API de QuickGO (https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/) - Fuente de datos principal
• Consorcio GO (https://geneontology.org/) - Gene Ontology oficial
• AmiGO (http://amigo.geneontology.org/) - Interfaz de navegación adicional

Manejo de errores

El servidor incluye manejo integral de errores para:

• Identificadores GO no válidos
• Términos faltantes
• Tiempos de espera de API
• Errores de red
• Solicitudes mal formadas

Contribuciones

1. Haz un fork del repositorio
2. Crea una rama de funcionalidad
3. Realiza tus cambios
4. Añade pruebas si corresponde
5. Envía una solicitud de extracción

Cita

Si usas este proyecto en tu investigación o publicaciones, cítalo de la siguiente manera:

author = {Moudather Chelbi},
title = {GeneOntology MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/GeneOntology-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}