AIND Metadata

Accede e interactúa con los metadatos del Allen Institute for Neural Dynamics (AIND) directamente dentro de tu IDE.

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Documentación

Aviso de Archivo

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Servidor MCP de Metadatos AIND

License Code Style semantic-release: angular Interrogate Coverage Python

Un servidor MCP (Protocolo de Contexto de Modelo) que proporciona acceso a los metadatos y activos de datos de AIND (Instituto Allen para la Dinámica Neural) a través de un conjunto completo de herramientas y recursos.

[!ADVERTENCIA] Este servidor MCP está obsoleto. Puede continuar usándolo para acceder a los metadatos V1.
Para metadatos V2, consulte aind-data-mcp.

Características

Este servidor MCP proporciona herramientas para:

  • Recuperación de Datos: Consultar colecciones de MongoDB con filtros y proyecciones
  • Agregación: Ejecutar canalizaciones complejas de agregación de MongoDB
  • Exploración de Esquemas: Acceder a ejemplos detallados de esquemas y documentación
  • Acceso a Archivos NWB: Cargar y explorar archivos NWB (Neurodata Sin Fronteras)
  • Resúmenes de Datos: Generar resúmenes impulsados por IA de los activos de datos

Instalación

Instale uv si aún no lo ha hecho, siguiendo esta documentación

Instale el servidor MCP usando uv:

uv tool install aind-metadata-mcp

O usando pip:

pip install aind-metadata-mcp

Configuración

Para Cline (Extensión de VSCode)

Para asegurarse de que el servidor MCP se ejecute en su cliente preferido, deberá descargar el paquete aind-metadata-mcp a su consola. Si el espacio es un problema, configure UV_CACHE_DIR y UV_TOOL_DIR en ubicaciones que tengan capacidad antes de continuar con el siguiente paso.

  1. Versión más simple de instalación Ejecute uv tool install aind-metadata-mcp en su terminal y continúe a continuación para configurar sus clientes MCP.

  2. Si el paso anterior no funcionó:

Cree un entorno virtual con python 3.11 en el IDE

# Instructions for Conda
conda create -n <my_env> python=3.11
conda activate <my_env>

# Instructions for virtual environment
py -3.11 -m venv .venv
# Windows startup
.venv\Scripts\Activate.ps1 
# Mac/ Linux startup
source .venv/bin/activate

Ejecute los siguientes comandos en la terminal de su IDE.

pip install uv
uvx aind-metadata-mcp

Si todo sale bien y ve el siguiente aviso - Starting MCP server 'aind_data_access' with transport 'stdio'-, debería estar listo para la configuración en el cliente de su elección.

IDE Cursor

  1. Instale el servidor MCP:

    uv tool install aind-metadata-mcp

  2. Cree el archivo de configuración MCP:

    mkdir -p ~/.cursor

  3. Cree ~/.cursor/mcp.json con el siguiente contenido:

    {
  "mcpServers": {
    "aind-data-access": {
      "command": "aind-metadata-mcp",
      "args": [],
      "env": {}
    }
  }
}

  4. Importante: Reemplace aind-metadata-mcp con la ruta completa si es necesario:

    which aind-metadata-mcp

    Use la ruta completa (por ejemplo, /Users/username/.local/bin/aind-metadata-mcp) en el campo command.

  5. Reinicie Cursor por completo (Cmd+Q y luego vuelva a abrir)

Nota: Cursor utiliza un sistema de configuración MCP diferente al de VSCode. La configuración debe estar en ~/.cursor/mcp.json, no en el archivo settings.json principal.

Instrucciones para su uso en clientes MCP

Los archivos de configuración JSON para agregar servidores MCP en los clientes deben estructurarse de la siguiente manera

{
    "mcpServers": {

    }
}

Inserte las siguientes líneas en el diccionario mcpServers


"aind_data_access": {
      "disabled": false,
      "timeout": 300,
      "type": "stdio",
      "command": "aind-metadata-mcp"
}

Tenga en cuenta que después de configurar los archivos JSON, tomará unos minutos para que el servidor se cargue en el cliente.

Aplicación de Escritorio Claude

  • Haga clic en las tres líneas en la parte superior izquierda de la pantalla.
  • Archivo > Configuración > Desarrollador > Editar configuración

Cline en VSCode

  • Asegúrese de que Cline esté descargado en VSCode
  • Haga clic en los tres rectángulos apilados en la parte superior derecha de la ventana de Cline
  • Instalado > Configurar servidores MCP
  • Cierre y vuelva a abrir VSCode

Github Copilot en VSCode

  • Paleta de comandos (ctrl shift p)
  • Busque MCP: Agregar servidor
  • Seleccione Manual Install / stdio
  • Cuando se le solicite un comando, ingrese uvx aind-data-access
  • Nombre su servidor
  • Cierre y vuelva a abrir VSCode
  • En el chat de Copilot -> Seleccione el modo agente -> Haga clic en los tres rectángulos apilados para configurar las herramientas
  • Para habilitar que el agente responda con contexto de la API de AIND, deberá agregar manualmente los archivos .txt (bajo recursos) en este repositorio

Para uso en Code Ocean