Jean by Melad Labs

npx add-mcp 'https://jeanslabs.vercel.app/mcp'

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Seu assistente é brilhante em raciocínio e pouco confiável em ciência que precisa ser calculada. Peça a ele uma temperatura de melting, uma sobreposição de Gibson, um ΔΔCq, uma filogenia ou uma massa de peptídeo, e ele responde de memória: com fluência, com confiança e, às vezes, errado. Um primer errado custa uma semana. Uma conclusão errada custa um artigo.

Jean é um conjunto de ferramentas de bioinformática e biotecnologia (computação científica para as ciências da vida), e esta é a sua porta para a IA. Um único motor, validado contra as implementações de referência de cada área, servido por meio do Model Context Protocol. Conecte uma vez, e Claude, ChatGPT, Cursor, VS Code ou qualquer cliente MCP pode calcular a resposta em vez de adivinhá-la, ao longo de todo o arco de um experimento:

🧬 Projetar	Construções e montagens, cada primer e oligo, guias de CRISPR, genes otimizados por códon, sítios de RBS e operons, sondas in situ, códigos de barras, circuitos genéticos, bibliotecas de variantes
🧪 Simular	Digestões e géis, produtos de PCR, triagens multiplex, reações de Gibson, Golden Gate e Gateway, executadas no papel antes de serem executadas na bancada
📊 Analisar	Traços de Sanger e leituras de NGS, corridas de qPCR e ddPCR, variantes e número de cópias, expressão e enriquecimento, filogenias, proteômica por espectrometria de massa, anticorpos, estruturas e pequenas moléculas
✅ Verificar	Provar que o clone obtido é a construção projetada, triar contaminação por vetor, recuperar como uma construção foi feita

🎯 Calculado, não recordado Termodinâmica, especificidade enzimática, pontuações de alinhamento e estatísticas são calculadas a cada chamada, por motores verificados contra as ferramentas de referência nas quais a área já confia.

🔍 Explicado, não afirmado Cada resposta traz sua derivação: o método, os parâmetros, as entradas e o que poderia enfraquecê-la. Um revisor pode reproduzir cada número.

🔒 Privado, não armazenado O servidor é sem estado: nada do que você envia é mantido ou transportado entre chamadas. Sem conta, sem chave, sem rastreamento.

⚡ Conecte em trinta segundos

Configuração	Valor
URL do servidor	https://jeanslabs.vercel.app/mcp
Transporte	Streamable HTTP
Autenticação	Nenhuma
Custo	Gratuito

Claude (claude.ai, Desktop): ➕ Adicionar Jean como conector. A caixa de diálogo abre preenchida.

Claude Code:

claude mcp add --transport http jean https://jeanslabs.vercel.app/mcp

Cursor, em ~/.cursor/mcp.json:

{ "mcpServers": { "jean": { "url": "https://jeanslabs.vercel.app/mcp" } } }

VS Code, em .vscode/mcp.json:

{ "servers": { "jean": { "type": "http", "url": "https://jeanslabs.vercel.app/mcp" } } }

Qualquer outro cliente MCP: adicione um servidor remoto com a URL acima. Ajuda campo a campo para cada caixa de diálogo de conector está em jeanslabs.vercel.app/docs/api/mcp.

🔁 Como funciona

sequenceDiagram
    participant You
    participant Assistant as Your AI assistant
    participant Jean
    participant DB as Public databases (NCBI, EMBL-EBI, UCSC, UniProt)
    You->>Assistant: Clone GFP into pET-28a with NdeI and XhoI
    Assistant->>Jean: fetch the vector record
    Jean->>DB: query by accession
    DB-->>Jean: GenBank record
    Assistant->>Jean: design primers, simulate PCR and digest
    Jean-->>Assistant: primers, Tm values, product map, method and parameters
    Assistant-->>You: a plan you can check, number by number

O assistente decide o que fazer; cada número vem do Jean. Os resultados são dados estruturados que correspondem a um esquema declarado, e qualquer coisa visual (um mapa de plasmídeo, um gel, um traço, uma árvore, um gráfico) retorna tanto em SVG quanto em PNG. As ferramentas de fluxo de trabalho encadeiam etapas em um pipeline reproduzível que roda em uma única chamada.

💬 O que você pode perguntar

Área	Experimente perguntar
Clonagem	"Coloque o GFP no pET-28a entre NdeI e XhoI. Projete os primers, verifique se ambas as enzimas cortam o vetor uma vez e me mostre o mapa final."
Montagem	"Planeje uma montagem de Gibson de quatro partes com estes fragmentos e me dê as sobreposições e suas Tm." · "Estes overhangs de Golden Gate vão ligar fielmente?"
Sequenciamento	"Aqui estão três leituras de Sanger do meu clone. O inserto está correto, base por base?"
Edição de genoma	"Projete guias contra o éxon 2 deste gene e classifique-os por eficiência prevista e risco de off-target." · "Quantifique os indels neste traço editado em relação ao controle."
qPCR e dPCR	"Ajuste estas curvas de amplificação e me dê o ΔΔCq em relação ao GAPDH, com incerteza."
Genômica	"Leia este VCF e me dê as frequências alélicas e o Fst por população." · "Rode enriquecimento de conjuntos gênicos nos meus genes diferencialmente expressos."
Proteínas	"Quais proteínas estas correspondências peptídeo-espectro sustentam?" · "Numere este anticorpo, tipifique a cadeia e liste suas liabilities de sequência."
Química	"Agrupe estes compostos, mostre os scaffolds e sinalize activity cliffs."
Evolução	"Alinhe estas sequências, escolha o melhor modelo de substituição, construa uma árvore de máxima verossimilhança com suporte e desenhe-a."

Um teste de honestidade de trinta segundos. Peça os sítios de EcoRI na sequência circular AATTCTTAGGATCCG. O único sítio atravessa o ponto em que o círculo se fecha, então uma resposta que trata a sequência como uma linha reta não encontra nada. O Jean encontra. Peça uma enzima que não existe, e o Jean diz isso pelo nome em vez de retornar uma lista vazia que se lê como "nenhum sítio".

👩‍🔬 Feito para

Você é	O Jean dá ao seu assistente
Um biólogo de bancada	Primers, digestões, montagens e verificação que você pode encomendar com confiança
Um biólogo sintético	Gramáticas de Golden Gate e MoClo, fidelidade de overhangs, design de RBS e operons, circuitos genéticos
Uma facility central	QC de traços, verificação de construções e análise de qPCR e ddPCR que se explica sozinha
Um biólogo computacional	Alinhamento, filogenética, variantes, número de cópias, expressão e enriquecimento em uma única chamada
Um cientista de proteômica ou anticorpos	Inferência de peptídeos e proteínas, envelopes isotópicos, numeração de anticorpos, tipificação de cadeia e liabilities
Um químico medicinal	Conformeros, tautômeros, scaffolds, grupos R, pares correspondentes, espaço químico e triagem de bibliotecas
Um construtor de cientistas de IA	Uma camada de ferramentas científicas testada e tipada por esquema que seu agente pode chamar em vez de escrever scripts

🧰 Todas as ferramentas

O catálogo completo, regenerado a partir do servidor ativo todos os dias. Abra uma seção para ver suas ferramentas.

🧬 Clonagem e montagem · 33 ferramentas

Digestões, ligações, Gibson, Golden Gate, recombinação no estilo Gateway, gramáticas de partes e planejamento de montagem.

Ferramenta	O que ela responde
Assemble index oligos assemble_index_oligos	Transforme sequências de índice nos oligos que um sintetizador fabrica: cada índice emendado entre braços adaptadores 5'/3', ou em um primer de PCR em qualquer orientação com um espaçador opcional.
Assemble operon assemble_operon	Como é um operon desses CDSs com um RBS novo na frente de cada um, projetado contra seu contexto upstream real?
Assembly plan simulate assembly_plan_simulate	Qual constructo final um plano de montagem multinível produz, com os produtos de cada nível se tornando as peças do nível seguinte?
Build assembly report build_assembly_report	Gere o relatório de montagem do DnaCauldron a partir de um resultado de montagem: a tabela-resumo por constructo, as planilhas de constructos e erros como CSV compatível com pandas, e as estatísticas de Outcome / Number of assemblies.
Check Golden Gate parts check_golden_gate_parts	Quais dos sítios Type-IIS de cada peça são os sítios flanqueadores que a montagem precisa e quais são sítios internos que a cortarão erroneamente?
Check methylation block check_methylation_block	A metilação do hospedeiro bloqueia essas enzimas em cada um de seus sítios nesta molécula?
Classify grammar part classify_grammar_part	Qual gramática Golden Braid, MoClo ou Yeast ToolKit, posição e nível este registro representa?
Design fusion site primers design_fusion_site_primers	Quais primers adicionam um sítio Type-IIS, espaçador e overhang escolhido a uma peça sobre uma pegada de anelamento com Tm compatível?
Design Gibson primers design_gibson_primers	Quais primers amplificam cada fragmento com o overhang 5' que o funde ao seu vizinho, com Tm compatível dentro de cada par?
Design multisite primers design_multisite_primers	Quais primers QCLM de reação única fazem várias mutações de uma vez, com códons da tabela de uso de um organismo?
Design mutagenesis primers design_mutagenesis_primers	Quais primers introduzem esta mudança pontual em um CDS por SOE-PCR ou QuikChange?
Design overhang set design_overhang_set	Qual conjunto de overhangs de um dado tamanho liga com alta fidelidade segundo dados medidos, mantendo quaisquer junções que não podem mudar?
Design saturation primers design_saturation_primers	Quais pares de primers sobrepostos, um por sítio, carregam um códon degenerado em cada sítio em uma única reação?
Design split sites design_split_sites	Onde uma sequência deve ser cortada em fragmentos Golden Gate para que os overhangs criados pelos cortes liguem de forma eficiente e fiel?
Digest fragments digest_fragments	Quais fragmentos, com quais extremidades, uma digestão desta molécula produz?
Digest reaction conditions digest_reaction_conditions	Qual tampão, temperatura, cofatores e inativação por calor uma digestão com essas enzimas precisa, segundo os próprios dados da NEB?
Domesticate part domesticate_part	Quais mudanças silenciosas de códons removem os sítios Type-IIS internos de uma peça sem alterar sua proteína?
Draw gel draw_gel	Onde os fragmentos de cada canaleta correm em um gel de agarose em relação à escada de marcadores?
Find assemblies find_assemblies	Resolva um organismo para suas montagens genômicas publicadas e os cromossomos, plasmídeos e organelas que compõem cada uma, com cada accession e comprimento que o NCBI reporta.
Find restriction sites find_restriction_sites	Onde essas enzimas cortam esta molécula, em qual fita, e que extremidade cada corte deixa?
Find star sites find_star_sites	Onde mais essas enzimas poderiam cortar esta molécula sob condições star, segundo a lista de atividade star da REBASE e sua regra de uma base?
Gibson assemble gibson_assemble	Qual constructo esses fragmentos formam quando são unidos por sua homologia terminal (Gibson, NEBuilder, In-Fusion)?
Golden Gate assemble golden_gate_assemble	Qual constructo essas peças formam em uma reação Type-IIS (Golden Gate, MoClo)?
Ligate fragments ligate_fragments	Quais produtos esses fragmentos formam quando suas extremidades são ligadas (após qualquer digestão por fragmento)?
Plan thermocycler program plan_thermocycler_program	Planeje o programa de ciclagem para um amplicon em uma enzima NOMEADA, e verifique a reação contra os limites publicados do próprio fabricante.
Protein digest protein_digest	Quais peptídeos, massas e valores m/z uma digestão proteolítica desta proteína produz?
Rank strategies rank_strategies	Quais químicas de montagem podem construir um constructo a partir dessas peças, e qual o custo e o risco de cada uma?
Recombine recombine	Quais produtos uma recombinação sítio-específica ou homóloga entre essas moléculas produz (Gateway BP/LR, Cre/loxP, uma integrase de serina, braços de homologia, knock-in por CRISPR)?
Restriction ligate restriction_ligate	Quais produtos sobrevivem a uma restrição-ligação em um único tubo, onde sítios reformados são cortados novamente?
Run gel lane run_gel_lane	Quais bandas, e em qual forma de DNA, uma canaleta de escada, plasmídeo, digestão ou PCR desta molécula produz?
Run gel plate run_gel_plate	Rode um gel de agarose virtual multicanaleta e retorne sua LEITURA, não apenas suas bandas: quantas canaletas carregando quantas bandas em qual faixa, posicionadas por qual escada, além de apenas os avisos que esta placa mereceu
Score overhang fidelity score_overhang_fidelity	Que fração das montagens ligará cada junção corretamente com este conjunto de overhangs, segundo dados medidos de T4 ligase?
Scrub restriction sites scrub_restriction_sites	Quais poucas mudanças silenciosas de códons removem os sítios de restrição proibidos de um CDS?

🔥 PCR, primers e termociclagem · 11 ferramentas

Desenho de primers para todo tipo de PCR, temperaturas de melting e simulação de reação.

Ferramenta	O que ela responde
Design bisulfite primers design_bisulfite_primers	Quais primers BSP ou MSP funcionam nas fitas convertidas por bissulfito, e onde estão as ilhas CpG?
Design CODEHOP design_codehop	Quais primers híbridos de núcleo degenerado um bloco de proteínas alinhadas fornece, para homólogos divergentes demais para o desenho nucleotídico?
Design degenerate primers design_degenerate_primers	Quais primers degenerados amplificam todos os membros desta família alinhada, e quanto de cada um eles cobrem?
Design LAMP primers design_lamp_primers	Quais quatro oligos LAMP centrais, e primers de loop opcionais, este molde fornece, avaliados segundo os critérios do PrimerExplorer V5?
Design primer pairs design_primer_pairs	A busca ranqueada do próprio Primer Designer: varra o registro em busca de pares de primers dentro de uma janela de tamanho de produto, Tm, comprimento e GC, pontue cada candidato em Tm, dímeros, hairpins, estabilidade 3', repetições, clamp e especificidade un…
Design primers design_primers	Qual par de primers amplifica esta região, com qual Tm, temperatura de anelamento e programa de ciclagem?
Design sequencing primers design_sequencing_primers	Qual caminhada de primers lê toda esta região, com qual sobreposição, e o que não pode ser alcançado?
Fusion PCR fusion_pcr	Qual produto único a PCR de extensão por sobreposição fornece a partir de fragmentos que compartilham homologia terminal?
Multiplex PCR multiplex_pcr	O que um pool de primers faz nesses moldes: produtos, ligação fora do alvo, pares que distinguem moldes e a matriz de dímeros?
PCR amplify pcr_amplify	Qual produto este par de primers amplifica a partir do molde?
Primer check primer_check	Onde um primer anela nesta molécula, e quão bem cada sítio corresponde?

✂️ CRISPR e edição de genoma · 19 ferramentas

Desenho e pontuação de guias, fora do alvo, screens e resultados de edição medidos a partir de traços.

Ferramenta	O que ela responde
CRISPR analyze screen crispr_analyze_screen	Quais genes são hits em um screen CRISPR em pool, pelo fator de Bayes em nível de gene?
CRISPR design guides crispr_design_guides	Quais guias CRISPR podem ser feitas contra este alvo, e quão boa é cada uma on-target e off-target?
CRISPR design library crispr_design_library	Quais oligos devem ser encomendados para um pool de sgRNA contra estes alvos, com as overhangs do vetor e barcodes opcionais?
CRISPR quantify edits crispr_quantify_edits	Quantificar uma edição CRISPR a partir de um par de traços de Sanger
CRISPR score DeepHF crispr_score_deephf	Pontuar guias CRISPR com o DeepHF: uma EFICIÊNCIA de knockout prevista entre 0 e 1 para SpCas9 selvagem (promotor U6 ou T7), eSpCas9(1.1) ou SpCas9-HF1.
CRISPR score DeepSpCas9 crispr_score_deepspcas9	Pontuar guias CRISPR com o DeepSpCas9 (Kim et al.
Detect trace indel detect_trace_indel	Perguntar se um traço de Sanger se divide em DUAS LEITURAS DE COMPRIMENTOS DIFERENTES, que é o que uma inserção ou deleção heterozigota faz: limpar até o indel, depois uma superposição de duas sequências deslocadas pelo seu comprimento.
Fold guide fold_guide	Um espaçador pareia com o seu scaffold de sgRNA, e no que o RNA guia inteiro se dobra?
List sgRNA scaffolds list_sgrna_scaffolds	Quais scaffolds de sgRNA esta workbench obteve, para quais nucleases, de qual publicação?
Peptide mass peptide_mass	Qual é a massa monoisotópica e média deste peptídeo, e o seu m/z em cada carga?
Protein signal peptide protein_signal_peptide	Onde a peptidase de sinal cortaria esta proteína, pela matriz de pesos de von Heijne?
Quantify base editing quantify_base_editing	Quantificar EDIÇÃO DE BASES a partir de um único traço de Sanger, sem leitura de controle
Screen contamination screen_contamination	Triar uma sequência de nucleotídeos em busca de contaminação por vetor, adaptador, linker e primer contra o UniVec do NCBI, usando os próprios parâmetros BLASTn e regras de categoria do VecScreen.
Screen guides screen_guides	Quais espaçadores de guia falham nas triagens de pré-aceitação: GC, hairpins autocomplementares e hairpins contra o backbone do sgRNA?
Screen molecule library screen_molecule_library	Triar todas as estruturas de uma biblioteca de uma vez contra regras de drug-likeness e catálogos de alertas estruturais, como faz a grade da biblioteca, e agrupar uma propriedade de regra por toda ela, dividida no limite de uma regra escolhida.
Screen oligo structure screen_oligo_structure	Quais oligos de um conjunto formam hairpins, autodímeros ou heterodímeros, em qualquer posição e na extremidade 3'?
Search off targets search_off_targets	Quais sítios nesta sequência uma guia também poderia cortar, e quão específica é a guia dentro dela?
Survey off targets survey_off_targets	Quantos sítios off-target, por classe de mismatch, cada um destes espaçadores tem nesta sequência?
TIDE quantify indels tide_quantify_indels	Quantificar uma edição CRISPR a partir de um par de traços de Sanger pelo TIDE (Brinkman et al.)

📈 Sanger, sequenciamento e verificação · 17 ferramentas

Leitura de traços, base calling, verificação de constructos, QC de leituras e alinhamento a uma referência.

Ferramenta	O que ela responde
Adopt trace calls adopt_trace_calls	Substituir as próprias base calls de uma leitura de Sanger pelas do TraceTuner, no traço, para que o restante do editor trabalhe a partir da leitura re-chamada: sua sequência, seu consenso, sua verificação contra uma referência e toda exportação.
Call bases from trace call_bases_from_trace	Chamar as bases de um traço de Sanger a partir do sinal, descartando as chamadas do instrumento e derivando as bases, suas posições e sua qualidade a partir dos picos.
Call mixed bases from trace call_mixed_bases_from_trace	Chamar as bases de um traço de Sanger E perguntar em cada posição se um segundo alelo está presente, escrevendo um código IUB de duas bases (R, Y, S, W, K, M) onde estiver.
Compare reads to reference compare_reads_to_reference	Comparar um CONJUNTO de leituras de sequenciamento contra uma referência em UM quadro compartilhado: alinhar cada leitura à referência, votar um consenso coluna por coluna e relatar as posições onde as leituras diferem dele, cada uma com a…
Consensus from traces consensus_from_traces	Mesclar uma ou duas leituras de Sanger em um consenso com o caller SeqTrace portado.
Demultiplex reads demultiplex_reads	De qual índice veio cada leitura, e quantas não podem ser atribuídas de forma confiável?
Draw trace draw_trace	Desenhar uma janela de uma leitura de Sanger como figura SVG: os quatro traços de corante sobre suas bases chamadas, as barras de Phred por base e uma régua de bases.
Map reads map_reads	Onde na referência cada leitura ou contig se alinha, com qual MAPQ, como SAM?
Read sequencing QC read_sequencing_qc	Uma leitura decepcionante é culpa do clone ou da corrida, a partir da tabela de cobertura ou do resumo do provedor?
Read structure consensus read_structure_consensus	Quais pares de bases a estrutura consenso de um alinhamento Stockholm declara, e quantas linhas alinhadas realmente formam cada um?
Recompute trace quality recompute_trace_quality	Re-pontuar as próprias base calls de um traço de Sanger a partir do sinal, substituindo os valores de Phred do instrumento por valores medidos a partir dos picos.
Restore trace file calls restore_trace_file_calls	Recolocar uma leitura de Sanger aberta nas base calls que o seu ARQUIVO carrega, desfazendo uma re-chamada adotada.
Trace raw signal trace_raw_signal	O sinal NÃO PROCESSADO de um traço de Sanger: quantas varreduras o instrumento registrou, onde fica a linha de base de cada canal, o valor bruto de pico e quantas varreduras a análise descartou da frente como dye front.
Trim reads trim_reads	Como ficam estas leituras FASTQ depois de aparar os adaptadores e as extremidades de baixa qualidade, e quanto foi removido?
Trim trace trim_trace	Aparar as extremidades de baixa qualidade de uma leitura de Sanger, por qualquer um dos dois métodos que respondem a perguntas diferentes: o próprio registro Mott do instrumento como escrito no arquivo, ou uma janela deslizante de Phred médio calculada aqui.
Verify construct verify_construct	Comparar um RESULTADO de sequenciamento com o constructo que você desenhou e dizer o que difere, onde e em que isso resulta.
Verify read verify_read	Uma leitura de sequenciamento verifica a referência, e quais diferenças ela mostra?

🧪 qPCR e PCR digital · 12 ferramentas

Curvas de amplificação e de melting, corridas RDML, gating de gotículas, incerteza e quantificação relativa.

Ferramenta	O que ela responde
Analyze melt curves analyze_melt_curves	Qual é a temperatura de melting de cada reação, e o seu melt mostra o produto, um artefato ou nenhuma amplificação?
Bootstrap Cq bootstrap_cq	Com que precisão as observações de uma reação fixam seu Cq, eficiência e coeficientes ajustados?
Call Cq call_cq	Qual é o Cq e a eficiência de amplificação de cada reação, lidos de uma sigmoide ajustada sob uma definição de Cq nomeada?
Classify droplets classify_droplets	A qual população (NN, NP, PN, PP) pertence cada gotícula ddPCR de dois canais, sob uma grade fixa, k-means ou um voto de k-vizinhos mais próximos?
Design qPCR assay design_qpcr_assay	Qual par de primers e sonda de hidrólise formam um ensaio de qPCR neste alvo, classificados por penalidade?
Gate droplets gate_droplets	Qual é a concentração de molde em cada poço de ddPCR, a partir das amplitudes brutas das gotículas em vez da contagem do instrumento?
Melt profile melt_profile	Como esta molécula se desnatura: a curva de helicidade, seu Tm50 e os domínios que se desnaturam juntos atrás de cada pico de HRM?
Melting temperature melting_temperature	A temperatura de melting de um oligo EM UM TAMPÃO, SOB UM MODELO
Propagate uncertainty propagate_uncertainty	Quão incerta é uma quantidade de qPCR relatada, dada a incerteza de cada medição nela, e qual medição contribui mais?
Quantify dPCR quantify_dpcr	Qual é a concentração absoluta de um alvo a partir de contagens de partições de PCR digital, com um intervalo de confiança?
Read RDML run read_rdml_run	O que uma exportação RDML contém, e quais são as curvas, valores de Cq, melts e contagens de partições de uma corrida como tabelas?
Simulate TaqMan curve simulate_taqman_curve	Qual curva de amplificação e Cq um ensaio de qPCR com sonda de hidrólise em singleplex desenhará, a partir de suas sequências e programa de termociclagem?

🎛️ Design e expressão · 35 ferramentas

Otimização de códons, RBS e operons, sondas, barcodes, circuitos genéticos e anotação.

Ferramenta	O que ela responde
Annotate region annotate_region	Diz o que uma região genômica contém nas trilhas de referência: os genes e transcritos RefSeq com os quais ela se sobrepõe, quais sequências codificantes completas ela CONTÉM (o único caso em que um design em nível de resíduo é honesto), a estrutura DGV…
Audit barcodes audit_barcodes	Qual distância mínima este conjunto de índices tem, quantos erros isso corrige e qual subconjunto sobrevive a um orçamento mais rigoroso?
Audit CDS annotations audit_cds_annotations	Toda CDS anotada de um mapa traduz de forma limpa a partir de suas próprias bases e código genético?
Auto annotate auto_annotate	Encontra e nomeia características conhecidas no sujeito
Back translate back_translate	Proteína → DNA: a sequência codificante que codificaria uma proteína, ponderada por uma tabela real de uso de códons.
Build ENA submission build_ena_submission	Qual arquivo flat e manifesto o Webin-CLI do ENA aceita para este registro, e o que seu validador recusaria?
Build GenBank submission build_genbank_submission	Qual conjunto de submissão (fasta com modificadores de fonte e uma tabela de características) o table2asn do NCBI aceita para este registro, e o que teve de ser recusado ou migrado?
Calculate power calculate_power	Quantas réplicas um teste planejado precisa para detectar um efeito, ou qual poder, efeito detectável ou nível de significância um design fixo fornece?
Calculate rnaseq power calculate_rnaseq_power	Quantas réplicas biológicas, ou quanta profundidade de sequenciamento, uma comparação de RNA-seq precisa para detectar uma mudança de expressão em um gene?
Check color balance check_color_balance	O sequenciador VÊ estes índices?
Check index pool check_index_pool	Este pool de índices de amostras realmente sequencia?
Check manufacturability check_manufacturability	Esta sequência atende ao que um fornecedor de síntese nomeado publica que consegue produzir: comprimento, GC, homopolímeros e repetições?
Check scorpion stem check_scorpion_stem	O haste de uma sonda Scorpion funde abaixo do duplex alvo-loop pela margem que o design exige?
Codon optimality codon_optimality	Frequência de códons ótimos (Fop, Ikemura 1981) para uma CDS em fase contra uma tabela real de uso de códons: qual fração de seus códons são os que um gene altamente expresso naquele hospedeiro usaria.
Codon table fetch codon_table_fetch	Busca uma tabela real de uso de códons para um organismo e a salva, para que etapas posteriores possam pontuar contra ela pelo nome.
Codon usage analysis codon_usage_analysis	Como o uso de códons desta CDS se compara com o de um organismo: CAI, GC, códons raros e as duas medidas de viés sem referência?
Codon usage distance codon_usage_distance	Quão distante está o uso de códons desta região dos outros genes do registro (CUFS)?
Design barcodes design_barcodes	Qual conjunto de índices deste tamanho tem uma distância mínima garantida, e o que ele realmente corrige?
Design FREE codes design_free_codes	Gera códigos de barras que corrigem INDEL
Design genetic circuit design_genetic_circuit	Quais portas repressoras caracterizadas computam esta função lógica, com qual faixa dinâmica ON/OFF, e qual DNA o circuito precisa?
Design HCR probes design_hcr_probes	Quais pares de sondas HCR v3.0 com iniciador dividido cobrem este alvo dentro de suas janelas de composição e energia livre?
Design ish probes design_ish_probes	Qual conjunto de oligos imageia melhor este alvo: candidatos em mosaico que atendem a Tm, GC e composição, triados para ligação fora do alvo e reunidos em um conjunto?
Design knockout package design_knockout_package	O que uma construção completa de knockout ou knock-in precisa: guias, um censo de fora do alvo, um template de reparo com braços, primers de triagem fora dos braços, o protocolo e o que comprar?
Design oligo plate order design_oligo_plate_order	Em quais poços, na própria ordem de preenchimento do fornecedor, um conjunto de oligos vai em um pedido de placa?
Design padlock probes design_padlock_probes	Quais sondas padlock visam este transcrito para sequenciamento in situ, e quais junções poderiam ser ligadas em outro transcrito?
Design RBS design_rbs	Qual 5'UTR coloca a iniciação da tradução de uma CDS em uma força alvo?
Discover annotation contradictions discover_annotation_contradictions	Quais peptídeos sinal ou segmentos transmembrana no UniProt humano revisado um preditor de sequência contradiz?
Discover codon outliers discover_codon_outliers	Quais genes de um genoma usam códons sinônimos de uma forma que a própria média do genoma não explica?
Estimate effect size estimate_effect_size	Quão grande é o efeito em dados piloto, padronizado, com um intervalo de confiança, pronto para dimensionar o experimento completo?
Export barcodes export_barcodes	Como este conjunto de índices se parece como uma planilha de pedido, um FASTA, um SampleSheet ou os próprios oligos?
Optimize sequence optimize_sequence	Qual sequência satisfaz estas restrições e pontua melhor nestes objetivos?
Rank next tests rank_next_tests	Qual experimento candidato ensinaria mais sobre a hipótese contra a qual está registrado, e quanto dele vale a pena executar?
Rank tradeoffs rank_tradeoffs	Quais candidatos em uma tabela nenhum outro candidato supera em todos os objetivos ao mesmo tempo, quão profundo cada um dos demais se situa, e qual candidato o supera?
Score RBS score_rbs	Quão forte é o sítio de ligação do ribossomo já presente à frente deste códon de início, e o que define essa força?
Tree taxon annotations tree_taxon_annotations	O que este arquivo NeXML diz sobre cada um de seus táxons?

🌳 Alinhamento e filogenética · 17 ferramentas

Alinhamento pareado e múltiplo, dot plots, seleção de modelo, árvores e comparação de árvores.

Ferramenta	O que ela responde
Align read align_read	Como uma leitura de sequenciamento se alinha à referência, como duas linhas com lacunas?
Align sequences align_sequences	Como estas sequências se alinham coluna por coluna, por alinhamento de ordem parcial (um monte de leituras sobre um locus) ou alinhamento progressivo (uma família de genes homólogos)?
Alignment agreement alignment_agreement	Lê uma janela de alinhamento e diz quão bem suas leituras concordam com a referência abaixo delas, do mesmo modo que a própria barra do pileup faz: as contagens de bases comparadas e divergentes, além dos modelos de genes RefSeq e variantes conhecidas do dbSNP…
Alignment window alignment_window	Lê uma janela de um BAM ou SAM: suas leituras, a profundidade ao longo dela e o que os pares dizem sobre a biblioteca
Build tree build_tree	Qual filogenia estas sequências alinhadas sustentam, sob um método de distância, parcimônia, máxima verossimilhança ou bayesiano, com suporte de ramos?
Compare trees compare_trees	Quão distantes estão estas árvores sobre os mesmos táxons, e qual topologia elas compartilham?
Discover gene tree discordance discover_gene_tree_discordance	Quais alinhamentos dos próprios genes rejeitam a árvore de espécies (teste de Shimodaira-Hasegawa contra seus rearranjos de vizinho mais próximo)?
Discover tree incongruence discover_tree_incongruence	Alguns loci de um alinhamento multi-locus têm uma história diferente do restante (teste de diferença de comprimento de incongruência)?
Dot plot dot_plot	Onde esta sequência se assemelha a si mesma ou a outra, como um dot plot de repetições, inversões e regiões compartilhadas?
Dot plot grid dot_plot_grid	Quais membros deste conjunto de sequências compartilham material com quais, como uma grade de dot plots todos contra todos?
Draw alignment draw_alignment	Como esta janela de um alinhamento se parece como figura?
Draw tree draw_tree	Como esta árvore se parece como figura?
EBI align ebi_align	Executa uma sequência pelo Job Dispatcher do EMBL-EBI: Clustal Omega, MUSCLE, MAFFT, Kalign, T-Coffee, EMBOSS needle/water/matcher/stretcher, LALIGN, phmmer, hmmscan, PSI-BLAST ou Phobius.
Export tree export_tree	Como esta árvore se parece em Newick, NEXUS, PhyloXML ou NeXML?
Select substitution model select_substitution_model	Qual modelo de substituição estes dados preferem, por AIC, AICc ou BIC com pesos de Akaike?
Transform tree transform_tree	Como esta árvore se parece reenraizada, podada, escada-izada ou com ramos fracos colapsados?
Tree statistics tree_statistics	Qual forma esta árvore tem: pontas, altura, equilíbrio, a estatística gama, linhagens ao longo do tempo e as distâncias patrísticas?

🧫 Genômica, variantes e número de cópias · 20 ferramentas

Chamadas de variantes, segmentação de número de cópias, LOH e mosaicismo, regiões do genoma.

Ferramenta	O que ela responde
Apply variant call apply_variant_call	Substitui um alelo ALT chamado em uma sequência e retorna as bases editadas, o intervalo que a edição ocupa e a mudança de comprimento.
Browse region browse_region	Lê uma janela de um genoma como um navegador de genoma a mostra: as bandas citogenéticas que ela abrange, os transcritos no conjunto RefSeq escolhido, quais resíduos de cada proteína a janela codifica (traduzidos a partir da montagem…
Check invariants check_invariants	Esta sequência projetada é admissível: proteína inalterada, sítios proibidos ausentes, quadro intacto, comprimento, GC e CAI dentro dos limites?
Copy number allele split copy_number_allele_split	Lê o próprio número de cópias alelo-específico de um resultado de array Affymetrix: para cada segmento, as contagens dos alelos maior e menor (1+1, 2+0, 0+0), o que elas significam (balanceado, desequilíbrio alélico, perda de heterozigosidade posicionada contra…
Copy number compare copy_number_compare	Junta as próprias chamadas de duas amostras de número de cópias Affymetrix e relata quais eventos elas compartilham e quais apenas uma delas carrega: para cada par, o cromossomo ao qual ambos os arquivos resolveram, o tipo, as bases em que se sobrepõem e o…
Copy number findings copy_number_findings	Varre cada cromossomo indexado de um contêiner de número de cópias Affymetrix e relata o que o próprio arquivo chamou: ganhos, perdas e trechos de homozigosidade, com suas posições, contagens de marcadores e extensões, além de um resumo por cromoss…
Copy number loh copy_number_loh	Recalcula a perda de heterozigosidade a partir das próprias chamadas de genótipo por marcador de um array Affymetrix, em vez de ler as execuções que o produtor gravou: o método de janela do APT, com a taxa de falso-positivo e o modelo de genotipagem assumido…
Copy number mosaicism copy_number_mosaicism	Estima a qual classe de fração mosaico cada região de um cromossomo está mais próxima, conforme o Affymetrix Power Tools calcula.
Copy number read copy_number_read	Lê um contêiner de número de cópias Affymetrix (CNCHP/CYCHP/OSCHP/CHP) e diz o que há nele: o algoritmo e o array que o produziram, seus conjuntos de dados e seus gráficos, o índice de marcadores por cromossomo que o arquivo carrega, e
Copy number regions copy_number_regions	Posiciona as próprias chamadas de uma amostra de número de cópias Affymetrix nas regiões curadas do ClinGen: para cada região, quais ganhos, perdas ou trechos de homozigosidade caem nela, com qual sobreposição recíproca, e quanto da região o…
Copy number segment copy_number_segment	Segmenta um cromossomo de um contêiner de número de cópias Affymetrix por até quatro métodos independentes e relata onde eles concordam.
Copy number somatic copy_number_somatic	Lê as próprias chamadas de mutação somática de um resultado de array Affymetrix: uma linha por conjunto de sondas de mutação com a chamada do produtor, a pontuação por trás dela e os dois limiares contra os quais essa chamada foi avaliada.
Design expression variants design_expression_variants	Quais variantes otimizadas por códon deste CDS um ensaio de expressão precisa, e como elas diferem?
Lookup variant lookup_variant	Consulta uma variante: interpretação clínica do ClinVar, registros do dbSNP, frequência populacional e restrição gênica do gnomAD, deletério do CADD, ou associações GWAS/eQTL.
Population ancestry population_ancestry	A que mistura de K populações ancestrais cada amostra se assemelha, e qual K a entropia cruzada prefere?
Population Fst population_fst	Quão diferenciadas são estas populações, por sítio e em média, com um erro padrão por jackknife?
Population site stats population_site_stats	Quais são as estatísticas de genótipo por sítio e por amostra deste conjunto de chamadas, incluindo heterozigosidade, F e o teste exato de Hardy-Weinberg?
Read variant calls read_variant_calls	Lê um conjunto de chamadas de variantes (VCF, VCF comprimido com bgzip ou BCF) e retorna os registros que correspondem a uma consulta: um locus, uma classe de variante, um piso de QUAL, apenas PASS, uma amostra que não seja hom-ref, ou uma chave INFO.
Score variant effect score_variant_effect	Pontua substituições de proteína com o ESM-2, da forma zero-shot como o próprio predict.py do facebookresearch/esm faz: quão menos (ou mais) provável o resíduo mutante é do que o tipo selvagem naquele sítio, sob um modelo de linguagem de proteína.
Variant call summary variant_call_summary	Resume um conjunto de chamadas de variantes como o bcftools stats faz: registros por classe, transições e transversões com sua razão, as doze substituições direcionadas, comprimentos de indel, contagens por contig, o balanço de FILTER, o QU…

🧩 Proteínas, domínios e proteômica · 24 ferramentas

Domínios e motivos, sítios de resíduos, propriedades de proteínas e evidência de peptídeos.

Ferramenta	O que ela responde
Antibody antigen contacts antibody_antigen_contacts	Quais resíduos do anticorpo tocam quais resíduos do antígeno neste complexo, a que distância, e que tipo de interação é cada uma?
Antibody isotype antibody_isotype	Qual gene e alelo de imunoglobulina é a região constante desta cadeia, e onde cada domínio IMGT se situa nela?
Antibody liabilities antibody_liabilities	Quais passivos de sequência este domínio variável carrega, e em qual região IMGT cada um se situa?
Antibody molecule antibody_molecule	Quais são a massa, o ponto isoelétrico, a carga em um pH e o coeficiente de extinção reduzido e oxidado de um Fab ou IgG montado?
Bayesian protein inference bayesian_protein_inference	Qual é a probabilidade posterior de que cada proteína, grupo e correspondência esteja presente?
DELTA BLAST SMART delta_blast_smart	DELTA-BLAST, executado nesta máquina: constrói um perfil posição-específico para uma proteína a partir dos domínios conservados SMART que ela contém e, em seguida, busca outras proteínas com ele (uma iteração do PSI-BLAST)
Find linear motifs find_linear_motifs	Motivos lineares curtos em uma proteína: degrons, sítios de ancoragem, sinais de direcionamento, sítios de clivagem e de modificação
Graft antibody CDRs graft_antibody_cdrs	Qual arcabouço germinativo humano aceita as CDRs deste domínio, e qual é a sequência enxertada?
Humanize antibody humanize_antibody	Quais mutações de arcabouço o Sapiens faz para humanizar este domínio variável, mantendo as CDRs parentais?
Infer proteins infer_proteins	Quais proteínas estas correspondências peptídeo-espectro sustentam, e quais não podem ser distinguidas entre si?
Lookup protein lookup_protein	Consulta uma proteína: registros do UniProt, arquitetura de domínios InterPro/Pfam, redes de interação STRING, expressão do Human Protein Atlas, ou uma estrutura predita/experimental do AlphaFold, PDB ou EMDB.
Lookup residue sites lookup_residue_sites	Os resíduos individuais catalíticos, de ligação ao substrato, de ligação a metais e de interface que um banco de dados membro anota DENTRO de um domínio, para uma proteína conhecida.
Number antibody number_antibody	Quais domínios variáveis de anticorpo ou TCR esta proteína carrega, como eles são numerados, e quais germinativos são os mais próximos?
Protein disorder protein_disorder	Quais trechos desta proteína o FoldIndex prediz como não estruturados?
Protein disorder metapredict protein_disorder_metapredict	Qual é a pontuação de desordem por resíduo desta proteína, e quais regiões são IDRs, segundo o metapredict?
Protein membrane profile protein_membrane_profile	Quais janelas desta proteína parecem transmembrana, globulares ou voltadas à superfície em um gráfico de momento hidrofóbico de Eisenberg?
Protein profile protein_profile	Como uma escala físico-química escolhida varia ao longo desta proteína?
Protein properties protein_properties	Quais são a massa, a fórmula, o ponto isoelétrico, o índice de instabilidade e a anfipaticidade desta proteína?
Protein topology protein_topology	Quais resíduos desta proteína estão dentro, em uma hélice transmembrana, ou fora, segundo o modelo HMM-TM?
RPS BLAST CDD rps_blast_cdd	Executa RPS-BLAST de uma proteína contra o Conserved Domain Database (CDD) do NCBI ou uma de suas coleções membro (Pfam, SMART, COG, KOG, PRK, TIGR, curada pelo NCBI), por meio do NCBI Batch CD-Search.
RPS BLAST SMART rps_blast_smart	rpsblast, executado nesta máquina: encontra domínios conservados em uma proteína contra os modelos de domínio SMART do NCBI (1.011 PSSMs do CDD).
RPSTBLASTN SMART rpstblastn_smart	rpstblastn, executado nesta máquina: encontra domínios conservados em DNA buscando nos seis quadros de leitura contra os modelos de domínio SMART do NCBI (1.011 PSSMs do CDD).
Scan motif sites scan_motif_sites	Onde uma matriz de fator de transcrição corresponde a esta sequência, em qualquer das fitas, a um limiar definido como uma fração da própria faixa de pontuação dessa matriz?
Scan protein domains scan_protein_domains	Anotação de domínios e famílias de proteínas de novo: envia uma proteína ao EMBL-EBI InterProScan e retorna cada assinatura de banco de dados membro que corresponde a ela

⚗️ Quimioinformática · 16 ferramentas

Moléculas, conformeros, scaffolds, reações, espaço químico e triagem de bibliotecas.

Ferramenta	O que responde
Activity cliffs activity_cliffs	Activity cliffs de SALI (Guha & Van Drie 2008) em uma lista de pequenas moléculas com uma atividade cada: cada par pontuado como a diferença de atividade sobre um menos a similaridade de Tanimoto das impressões digitais de caminhos do RDKit, mais íngremes…
Assess small molecule assess_small_molecule	Avalia uma pequena molécula fornecida como SMILES ou molfile: descritores do RDKit, regras de drug-likeness do medchem (Lipinski, Veber, Ghose, Egan, REOS, regra de três, SNC e mais) e as leituras dos próprios artigos onde o medchem dep…
Canonical tautomer canonical_tautomer	Os tautômeros de uma pequena molécula e o canônico, conforme o TautomerEnumerator do RDKit os encontra e pontua: 37 transformações de deslocamento de hidrogênio (após MolVS e Sitzmann 2010), pontuadas por anéis aromáticos, doze grupos ponderados a…
Cluster molecules cluster_molecules	Agrupa ou seleciona por diversidade uma lista de pequenas moléculas com base em 1 − Tanimoto de impressões digitais Morgan raio 2: exclusão de esferas de Butina (RDKit ClusterData, reordenação opcional), seleção por diversidade MaxMin (RDKit MaxMinPicker, seed…
Compare molecules compare_molecules	Quão similares são duas pequenas moléculas: Tanimoto sob seis impressões digitais do RDKit (Morgan/ECFP4, atom pair, torção topológica, caminho RDKit, padrão, MACCS), todas as métricas de DataStructs (Tanimoto, Dice, cosseno, Sokal, Russell,…
Decompose r groups decompose_r_groups	A decomposição de grupos R do RDKit de uma lista de pequenas moléculas sobre um núcleo fornecido como SMARTS (parâmetros padrão de RGroupDecomposition): para cada estrutura correspondida, seu núcleo e substituintes R1, R2 …, e as estruturas que o núcleo não…
Enumerate protonation states enumerate_protonation_states	Enumera os estados de protonação de uma pequena molécula em uma janela de pH com o Dimorphite-DL (Ropp et al.
Enumerate reaction enumerate_reaction	Executa um SMARTS de reação sobre listas de reagentes, todas as combinações, com o motor de reações do RDKit: uma lista por template de reagente, na ordem do template.
Generate conformers generate_conformers	Conformeros 3D de uma pequena molécula pelo gerador de biblioteca de torções do OpenChemLib, cada um pontuado e opcionalmente minimizado sob MMFF94, MMFF94s ou MMFF94s+ (cujo MMFF94 é igual ao OPTIMOL de Halgren em todos os 761 conjuntos de validação s…
Lookup compound lookup_compound	Consulta um composto químico ou fármaco: moléculas do ChEMBL, mecanismos de ação e bioatividade, propriedades do PubChem, ontologia do ChEBI, reações do Rhea ou compostos ZINC compráveis.
Map chemical space map_chemical_space	Componentes principais de uma lista de pequenas moléculas, calculados como o prcomp do R os calcula, sobre a tabela de propriedades escalonada ou sobre bits Morgan raio 2: as pontuações de cada estrutura em PC1 e PC2, o desvio padrão de cada componente…
Map reaction atoms map_reaction_atoms	Prevê de qual átomo de reagente veio cada átomo de produto (mapeamento átomo a átomo) com o RXNMapper (Schwaller et al., Sci.
Matched molecular pairs matched_molecular_pairs	Pares moleculares correspondentes (Hussain & Rea 2010) em uma lista de pequenas moléculas, conforme o mmpdb os encontra: pares que diferem por uma mudança não maior que um limite de átomos pesados, agrupados pela mudança como um SMIRKS de reação, mais pares…
Scaffold network scaffold_network	A rede de scaffolds (Kruger et al.
Search molecule library search_molecule_library	Quais de uma lista de pequenas moléculas contêm uma subestrutura SMARTS, com a biblioteca de subestruturas do RDKit (triagem por impressão digital de padrões, depois correspondência de átomos).
Write structure library write_structure_library	Grava uma lista de pequenas moléculas como um único arquivo: SDF (V2000 ou V3000), cada registro nomeado e, opcionalmente, carregando seu SMILES canônico e descritores do RDKit como campos de dados; ou SMILES ou CXSMILES, um registro por linha seguindo…

🔬 Expressão e teste de hipóteses · 11 ferramentas

Expressão diferencial, enriquecimento de conjuntos de genes e programas de descoberta testados por falsificação.

Ferramenta	O que responde
Describe discovery corpus describe_discovery_corpus	O que um corpus de descoberta contém, antes de qualquer teste ser executado sobre ele?
Differential expression differential_expression	Expressão diferencial a partir de contagens brutas de leituras de RNA-seq, por um dos três modelos padrão de contagem.
Discover flag rates discover_flag_rates	Com que frequência um corpus de mapas carrega um promotor críptico, sítio de splicing ou repetição que quebra a síntese mais extremo que o acaso?
Discover reference concordance discover_reference_concordance	Um ranking de estabilidade de genes de referência se mantém entre condições, e quais candidatos se classificam bem em todas elas?
Discover reference stability discover_reference_stability	Genes de referência candidatos são mais ou menos variáveis entre tecidos humanos do que genes de mesma abundância?
Discover site avoidance discover_site_avoidance	Quais sítios de restrição exatos cada sequência carrega com frequência muito menor, ou muito maior, do que um nulo declarado prevê?
Discover target validation discover_target_validation	As evidências em um conjunto de tabelas em nível de gene apoiam a hipótese de que um gene determina um fenótipo, por falsificação sequencial?
Gene set enrichment gene_set_enrichment	Análise de enriquecimento de conjuntos de genes pré-classificados (GSEA; Subramanian et al.
Gene set overrepresentation gene_set_overrepresentation	Análise de sobre-representação (ORA): quais conjuntos de genes contêm mais de uma lista de genes do que o acaso, pelo teste hipergeométrico unilateral contra um background, como o enricher() do clusterProfiler o executa (enrichit 0.2.6).
Run discovery programme run_discovery_programme	Quais hipóteses pré-registradas um programa de testes de falsificação apoia, com a taxa de descoberta falsa controlada em todas elas?
Validate gene trait validate_gene_trait	As evidências públicas de expressão e GWAS apoiam a hipótese de que um gene está envolvido em um traço, por falsificação sequencial?

🗄️ Bancos de dados públicos e registros · 16 ferramentas

Pesquise e busque no NCBI, EMBL-EBI, UCSC, UniProt e mais, depois entregue o registro a qualquer ferramenta.

Ferramenta	O que responde
Apply feature file apply_feature_file	Aplica as features de um GTF ao registro.
Cancel research run cancel_research_run	Quais hipóteses pendentes de uma execução de pesquisa nunca devem ser executadas?
Fetch record fetch_record	Busca uma sequência por accession em um arquivo autoritativo (NCBI Nucleotide ou Protein, ENA, UniProtKB, o iGEM Registry, Addgene ou o gateway Dbfetch do EBI) e a entrega adiante como um registro real com suas anotações…
History protocol history_protocol	Qual protocolo de bancada numerado o histórico de construção de um constructo descreve?
List databases list_databases	Os bancos de dados autoritativos disponíveis, com o que cada um cobre, se é acessível pelo navegador e qualquer ressalva de licença ou cobertura.
List samples list_samples	Navega pela biblioteca de amostras incluída: os arquivos bio reais com que um novo projeto pode começar (plasmídeos GenBank e SnapGene, conjuntos FASTA, alinhamentos, traços de Sanger, estruturas, chamadas de variantes e mais), cada um com seu id, formato e…
Lookup clinical lookup_clinical	Consulta evidências clínicas e translacionais: ensaios do ClinicalTrials.gov, bulas e eventos adversos da FDA, associações do Open Targets, evidências de variantes de câncer do CIViC, curadoria do ClinGen, coortes do cBioPortal ou dependências do DepMap…
Lookup gene lookup_gene	Consulta um gene ou região genômica: registros do Ensembl, referências cruzadas, identificadores do MyGene, dados de montagem do UCSC, expressão do GTEx ou tabelas do BioMart.
Lookup omics lookup_omics	Consulta registros de ômicas e regulação: experimentos do GEO e ArrayExpress, proteômica do PRIDE, MetaboLights, MGnify, experimentos e arquivos do ENCODE, motivos do JASPAR ou sítios de ligação de fatores de transcrição do UniBind.
Lookup ontology lookup_ontology	Resolve um termo de ontologia, via ou tipo celular: ontologias do OLS, anotações do QuickGO, vias do Reactome, entradas do KEGG, famílias de RNA do Rfam, tipos celulares e marcadores do CellGuide/PanglaoDB ou um RRID de anticorpo.
Notebook cross refs notebook_cross_refs	A quais plasmídeos, ações e géis uma entrada de caderno se refere?
Query database query_database	Faz uma pergunta a um dos ~60 bancos de dados autoritativos e entrega suas linhas adiante
Research run status research_run_status	Em que estado está uma execução de pesquisa, e o que faria retomá-la?
Resume research run resume_research_run	A que veredictos uma execução de pesquisa chega depois que suas hipóteses falhas, adiadas e nunca tentadas forem executadas?
Search literature search_literature	Pesquisa a literatura publicada: PubMed, Europe PMC (incluindo seções de texto completo de acesso aberto), OpenAlex, Crossref, arXiv, preprints do bioRxiv/medRxiv ou conjuntos de dados do DataCite.
Search records search_records	Pesquisa os arquivos de sequências por texto livre (um nome de gene, uma proteína, um organismo, uma frase) em NCBI Nucleotide e Protein, ENA (registros simples, conjuntos de montagem WGS e TSA/TLS, e features codificantes/não codificantes anotadas…

📊 Análise de sequências · 35 ferramentas

Todo o resto que um cientista de bancada pergunta a uma sequência.

Ferramenta	O que ela responde
Sequências do projeto BLAST blast_project_sequences	Busca uma sequência contra seus próprios registros com blastn ou blastp, nesta máquina: o banco de dados local é construído a partir de cada registro do projeto do alfabeto do programa, e cada E-value é calculado a partir do próprio…
Busca BLAST blast_search	Busca uma sequência contra o NCBI BLAST+ no EMBL-EBI (blastn, blastp, blastx, tblastn ou tblastx) sobre ENA, UniProtKB, PDB e os conjuntos de triagem de vetores.
Verificar decaimento de ensaio check_assay_decay	Com que frequência os oligos de um ensaio publicado divergem dos genomas que circulam agora, e onde em cada oligo ficam as divergências?
Verificar especificidade de primers check_primer_specificity	Verifica pares de primers quanto a produtos fora do molde, como o NCBI Primer-BLAST faz, e os classifica por isso: cada primer distinto é buscado contra um banco de sequências no EMBL-EBI com BLAST de consulta curta, os hits são pareados…
Verificar linhas check_rows	Todas as linhas desta tabela satisfazem a regra, e quais linhas a violaram?
Contagens de corte por enzima enzyme_cut_counts	Quantas vezes cada enzima corta esta molécula?
Filtrar itens filter_items	Quais linhas desta tabela atendem à condição, e quantas foram descartadas?
Encontrar ORFs find_orfs	Quais fases de leitura aberta esta molécula carrega, em ambas as fitas?
Encontrar SNPs em primers find_primer_snps	Encontra SNPs conhecidos sob primers, a verificação que o NCBI Primer-BLAST faz com "Primer binding site may not contain known SNP".
Dobrar RNA fold_rna	Qual é a estrutura secundária de energia livre mínima desta sequência, e sua energia livre?
Íons de fragmentação fragment_ions	Quais íons de fragmentação teóricos este peptídeo gera, em cada carga?
Conteúdo de GC gc_content	Qual é a fração de GC desta sequência, no total ou ao longo de uma janela deslizante?
PCA de genótipos genotype_pca	Que estrutura populacional estes genótipos mostram em seus componentes principais?
Envelope isotópico isotope_envelope	Que padrão isotópico grosseiro este peptídeo ou fórmula mostra: as alturas e massas de M, M+1, M+2 e além?
Composição isotópica isotopic_composition	Qual composição isotópica este peptídeo tem mais probabilidade de carregar, e quão abundante ela é?
Desequilíbrio de ligação linkage_disequilibrium	Quanto desequilíbrio de ligação há entre cada par de sítios bialélicos, e quais sítios sobrevivem à poda?
Carregar traço load_trace	Lê um traço de Sanger (.ab1 / .scf / .ztr) e repassa suas CHAMADAS DE BASE adiante como um registro, com a qualidade por base e os limites de aparo ao lado.
Mascarar sequência mask_sequence	Mascara as partes de uma sequência nas quais uma busca por similaridade não deve semear, usando os três mascaradores do próprio BLAST: DUST para DNA com viés composicional (poli-A, repetições simples), SEG para o equivalente em proteínas, e WindowMasker para…
Identificar parte por sequência match_part_by_sequence	Identifica um trecho de DNA perguntando ao iGEM Registry qual parte publicada carrega exatamente essas bases, e devolve a descrição da própria parte, seu papel na Sequence Ontology, citação na literatura e licença.
Checklist MIQE miqe_checklist	Quais itens do MIQE 2.0 um artigo de qPCR fornece, e onde, ou por que são omitidos?
Classificar genes de referência rank_reference_genes	Quais genes de referência candidatos são mais estáveis nesta placa, por geNorm, NormFinder, BestKeeper, delta-Ct comparativo e seu consenso?
Ler MGF read_mgf	Quais espectros este arquivo MGF contém?
Ler mzML read_mzml	Quais espectros, precursores e metadados de aquisição esta execução mzML contém?
Ler estrutura read_structure	O que há neste arquivo de estrutura: cadeias, sequências, ligantes, solvente, dissulfetos, resíduos modificados, fatores B, célula, resolução e experimento?
Composição do registro record_composition	Do que este registro é feito: massa molecular sob sua própria topologia, GC e AT, e o censo por símbolo?
Expressão relativa relative_expression	Quanto a expressão de um gene muda entre grupos, por delta-delta-Ct, delta-Ct ou o modelo de curva padrão, com um teste de significância sob solicitação?
Complemento reverso reverse_complement	Qual é o complemento reverso desta sequência, com suas anotações transportadas?
Escanear terminadores intrínsecos scan_intrinsic_terminators	Quais terminadores independentes de rho esta sequência bacteriana carrega, e quão bom é cada grampo e cauda?
Escanear promotores sigma70 scan_sigma70_promoters	Quais promotores sigma70 esta sequência bacteriana carrega, e quão forte é cada um pelo modelo biofísico de La Fleur-Hossain-Salis?
Escanear sítios de splicing scan_splice_sites	Quais doadores e aceptores de splicing esta sequência soletra, por força de máxima entropia e por tipicidade em relação a sítios medidos de Arabidopsis?
Pontuar espectro score_spectrum	Quão bem este espectro de MS/MS corresponde a este peptídeo, pelo X!Tandem HyperScore?
Dimensionar fragmentos size_fragments	Dimensiona os picos de uma execução de análise de fragmentos (.fsa / .hid) contra seu próprio padrão de tamanho, e os repassa como comprimentos em bases.
Resumir linhas summarize_rows	Qual é o resumo desta coluna da tabela: seu maior, menor, mediana, média ou dispersão, no total ou por grupo?
q-values alvo-isca target_decoy_qvalues	Qual q-value cada correspondência peptídeo-espectro recebe pela competição alvo-isca, e quantas passam um limiar?
Traduzir sequência translate_sequence	Qual proteína este DNA codifica, sob o código genético escolhido?

🔗 Pipelines e registros de laboratório · 13 ferramentas

Encadeie ferramentas em fluxos de trabalho reproduzíveis, exporte registros, mantenha notas de laboratório.

Ferramenta	O que ela responde
Montar depósito Addgene build_addgene_deposit	Preenche a própria planilha de depósito da Addgene a partir de um registro: uma linha por plasmídeo com seu nome e sequência, mais suas respostas para cada plasmídeo (finalidade, tipo de plasmídeo, método de clonagem, resistência, cepa de crescimento e os demais…
Comparar construções compare_constructions	Alinha os procedimentos de montagem de duas construções passo a passo, em ordem
Coleção de enzimas enzyme_collection	Resolve uma de suas coleções de enzimas salvas para os nomes de enzimas nela, para que uma etapa posterior possa escanear, digerir ou projetar com 'meu conjunto Golden Gate' pelo nome em vez do que estiver selecionado no momento.
Exportar registro de construção export_construction_record	Escreve a montagem registrada de uma construção como documento: uma seção de métodos, uma planilha de etapas, o registro completo decodificado, a molécula carregando sua própria história como qualificadores GenBank, toda a estratégia como um d… OpenCloning
Exportar mapa SVG export_map_svg	Como é o mapa circular desta molécula como figura de publicação?
Exportar traço export_trace	Escreve uma leitura de Sanger em qualquer um dos oito formatos que a seção Export do editor de traços oferece, e devolve o arquivo como TEXT no pipeline em vez de como download.
Obter histórico de construção get_construction_history	Do que uma construção foi MONTADA: as operações registradas, as moléculas que elas consumiram, quantas rodadas de profundidade a montagem tem, e de qual das 5 fontes o registro veio.
Listar modelos de fluxo de trabalho list_workflow_templates	Os fluxos de trabalho iniciais integrados
Planejar experimento de RNA-seq plan_rnaseq_experiment	Para um experimento de RNA-seq testando milhares de genes a uma taxa de falsas descobertas alvo, quantas réplicas biológicas por grupo são necessárias, e que poder um dado número confere?
Lembrar preferência do laboratório remember_lab_preference	Lembra o que este laboratório usa, para que o programa de PCR, o design de primers e a otimização de códons comecem a partir disso: a polimerase, o comprimento de primer e as janelas de GC, e o hospedeiro de expressão.
Executar fluxo de trabalho run_workflow	Executa um grafo de fluxo de trabalho: nós nomeando ferramentas, fios levando a saída de um nó para a entrada de outro, $whenExpression para tornar uma etapa condicional, e scatter para executar uma etapa uma vez por elemento de uma lista.
Salvar coleção de enzimas save_enzyme_collection	Salva um conjunto de enzimas como uma coleção nomeada no seu painel Enzyme Collections, para que uma varredura que encontrou as enzimas que valem a pena manter termine mantendo-as em vez de pedir que você redigite a lista.
Validar fluxo de trabalho validate_workflow	Este grafo de fluxo de trabalho seria executado?

❓ Perguntas frequentes

Preciso de uma conta ou de uma chave de API? Não. Adicione a URL e pronto.

Meus dados são armazenados? Não. O servidor é sem estado e não guarda nada entre chamadas. Algumas ferramentas consultam bancos de dados públicos (NCBI, EMBL-EBI, UCSC, UniProt) com exatamente a consulta que você pediu.

Quais assistentes funcionam? Qualquer cliente MCP: Claude, Claude Code, ChatGPT, Cursor, VS Code, Windsurf, Cline, e frameworks de agentes que falam MCP.

Como sei que um resultado está correto? Todo resultado nomeia o método, os parâmetros e as entradas por trás dele, e cada motor é testado contra a implementação de referência de sua área antes de ser lançado. Se você encontrar uma resposta errada, abra uma issue: respostas erradas são tratadas como bugs.

Existe uma interface visual? Sim. O mesmo motor roda no seu navegador em jeanslabs.vercel.app: um editor de plasmídeos e sequências com simulação de clonagem, design de primers, visualizações de gel e Sanger. Gratuito, sem conta.

Sobre

Jean (pronunciado como gene) é um software proprietário da Melad Labs, © Melad Labs, todos os direitos reservados, oferecido como o serviço hospedado acima. Este repositório é o seu anúncio público e não contém código-fonte. A entrada de registro io.github.genmnz/jean e o catálogo acima são mantidos atualizados automaticamente.

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