Omics AI MCP Server

Interaja com as redes do Omics AI Explorer para pesquisa genômica e análise de dados.

Documentação

Servidor Omics AI MCP

Um servidor Model Context Protocol (MCP) que permite que agentes de IA interajam conversacionalmente com redes Omics AI Explorer para pesquisa genômica e análise de dados.

Visão Geral

Este servidor MCP encapsula a funcionalidade da omics-ai-python-library para fornecer aos agentes de IA acesso contínuo a dados genômicos em múltiplas redes Omics AI Explorer, incluindo:

HiFi Solves (hifisolves.org) - Dados de sequenciamento de leitura longa
Neuroscience AI (neuroscience.ai) - Dados genômicos de neurociência
ASAP (cloud.parkinsonsroadmap.org) - Alinhando a Ciência na Doença de Parkinson
Viral AI (viral.ai) - Dados de genômica viral e vigilância
Target ALS (dataportal.targetals.org) - Dados de pesquisa sobre ELA

Recursos

O servidor MCP fornece as seguintes ferramentas para agentes de IA:

list_collections - Descubra coleções de dados disponíveis em qualquer rede
list_tables - Navegue pelas tabelas dentro de coleções específicas
get_schema_fields - Examine esquemas de tabelas e tipos de campos
query_table - Consulte dados com filtros, paginação e ordenação
count_rows - Conte linhas que correspondem a critérios específicos
sql_search - Execute consultas SQL diretas usando sintaxe Trino

Instalação

git clone https://github.com/mfiume/omics-ai-mcp.git
cd omics-ai-mcp
npm install

Uso

Executando o Servidor

npm start

Configuração para Claude Desktop

Adicione ao seu arquivo de configuração do Claude Desktop:

{
  "mcpServers": {
    "omics-ai": {
      "command": "node",
      "args": ["src/index.js"],
      "cwd": "/path/to/omics-ai-mcp"
    }
  }
}

Exemplos de Interações com Agentes de IA

Uma vez configurado, agentes de IA podem consultar dados genômicos conversacionalmente:

Agente: "Quais coleções estão disponíveis na rede Viral AI?"

Usuário: "Mostre-me as tabelas na coleção virusseq"

Agente: "Liste as primeiras 10 variantes da tabela variants onde o cromossomo é igual a chr1"

Usuário: "Quantas variantes totais existem no banco de dados VirusSeq?"

Referência de Ferramentas

list_collections

Lista todas as coleções disponíveis em uma rede.

Parâmetros:

network (obrigatório): Nome da rede (hifisolves, viral, neuroscience, etc.) ou URL completa
access_token (opcional): Token de autenticação

list_tables

Lista todas as tabelas em uma coleção específica.

Parâmetros:

network (obrigatório): Nome da rede ou URL
collection_slug (obrigatório): Identificador da coleção (ex.: "virusseq", "gnomad")
access_token (opcional): Token de autenticação

get_schema_fields

Recupera o esquema e as definições de campos de uma tabela.

Parâmetros:

network (obrigatório): Nome da rede ou URL
collection_slug (obrigatório): Identificador da coleção
table_name (obrigatório): Nome qualificado da tabela (ex.: "collections.virusseq.variants")
access_token (opcional): Token de autenticação

query_table

Consulta dados de uma tabela com filtragem e paginação opcionais.

Parâmetros:

network (obrigatório): Nome da rede ou URL
collection_slug (obrigatório): Identificador da coleção
table_name (obrigatório): Nome qualificado da tabela
filters (opcional): Objeto de critérios de filtro
limit (opcional): Máximo de linhas a retornar (padrão: 100)
offset (opcional): Linhas a pular (padrão: 0)
order_by (opcional): Especificação de ordenação
access_token (opcional): Token de autenticação

count_rows

Conta linhas que correspondem aos filtros especificados.

Parâmetros:

network (obrigatório): Nome da rede ou URL
collection_slug (obrigatório): Identificador da coleção
table_name (obrigatório): Nome qualificado da tabela
filters (opcional): Objeto de critérios de filtro
access_token (opcional): Token de autenticação

sql_search

Executa consultas SQL diretas contra uma coleção usando sintaxe Trino com formatação aprimorada de resultados.

Parâmetros:

network (obrigatório): Nome da rede ou URL
collection_slug (obrigatório): Identificador da coleção
sql (obrigatório): String de consulta SQL (use sintaxe Trino com aspas duplas para identificadores)
max_polls (opcional): Número máximo de tentativas de polling (padrão: 10)
poll_interval (opcional): Segundos de espera entre polls (padrão: 2.0)
access_token (opcional): Token de autenticação

Recursos:

Polling automático de consultas assíncronas com tratamento robusto de erros
Formatação inteligente de resultados (visualização de tabela para dados simples, JSON para dados complexos)
Indicadores de progresso e informações de paginação
Gerenciamento de tempo limite para consultas de longa duração

Exemplos de consultas:

SELECT COUNT(*) FROM "schema"."table"
SELECT * FROM "schema"."variants" WHERE chrom = 'chr1' LIMIT 10
SELECT DISTINCT chrom FROM "schema"."variants" ORDER BY chrom

Redes Suportadas

O servidor suporta estas redes pré-configuradas (use nomes curtos por conveniência):

Nome Curto	URL Completa	Descrição
hifisolves	hifisolves.org	Dados de sequenciamento de leitura longa
neuroscience	neuroscience.ai	Genômica em neurociência
asap	cloud.parkinsonsroadmap.org	Pesquisa sobre Parkinson
viral	viral.ai	Genômica viral
targetals	dataportal.targetals.org	Pesquisa sobre ELA

Tratamento de Erros

O servidor inclui tratamento robusto de erros para:

Problemas de conectividade de rede
Falhas de autenticação
Parâmetros inválidos
Erros de análise de respostas da API
Gerenciamento de tempo limite para consultas de longa duração

Desenvolvimento

# Development mode with auto-restart
npm run dev

# Production mode
npm start

Licença

Licença MIT - consulte o arquivo LICENSE para detalhes.

Projetos Relacionados

omics-ai-python-library - Biblioteca cliente Python
Model Context Protocol - Especificação MCP e SDKs