OpenCRAVAT

Anotação de variante genética

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Documentação

Servidor MCP OpenCRAVAT

Este repositório contém um servidor MCP (Model Context Protocol) que expõe a anotação de variantes baseada no OpenCRAVAT como ferramentas chamáveis. Ele roda como um Cloudflare Worker (via Wrangler) e faz proxy de solicitações para os serviços públicos do OpenCRAVAT.

O que este servidor fornece

Ele expõe ferramentas MCP que permitem a um cliente MCP:

  • Descobrir quais anotadores do OpenCRAVAT estão sendo executados (um conjunto padrão selecionado).
  • Inspecionar os esquemas de saída dos anotadores (nomes/tipos/descrições de campos).
  • Anotar variantes por:
    • coordenadas genômicas (crom/pos/ref/alt). Aceita apenas coordenadas GRCh38/hg38.
    • dbSNP rsID
    • ID do Registro de Alelos do ClinGen (CAid)
    • HGVS (g./c./p.)
  • Converter uma notação de missense proteica (por exemplo, BRAF V600E) em alterações HGVS genômicas candidatas do GRCh38 (via SynVar), que você pode então passar para a anotação HGVS.

Conectando

Este servidor MCP está hospedado remotamente em

https://mcp.opencravat.org/mcp

Ele também pode ser executado localmente.

Claude

Para conectar ao Claude, siga estas instruções. Use a URL acima e não configure autenticação. Nenhum dado específico do usuário é necessário para o MCP funcionar. Lembre-se de habilitar o MCP para o seu chat.

ChatGPT

Para conectar ao ChatGPT, você deve ativar o modo de desenvolvedor e depois adicionar um aplicativo personalizado:

  • Abra Configurações
  • Vá para Aplicativos
  • Em Configurações Avançadas, use o alternador para ativar o "Modo de Desenvolvedor"
  • Clique em Criar Aplicativo
  • Use a URL acima como "URL do Servidor MCP"
  • Defina Autenticação como "Sem Autenticação"
  • Adicione um nome ao Aplicativo MCP que você reconheça facilmente, como "OpenCRAVAT"

Você terá que adicionar o MCP a um novo chat usando o ícone + no canto inferior esquerdo da caixa de chat.

Executando Localmente

Pré-requisitos:

  • Node.js (recente o suficiente para ferramentas TypeScript modernas; Node 18+ recomendado)
  • npm

Instale as dependências:

npm install

Inicie o servidor de desenvolvimento (Wrangler):

npm start

Por padrão, seu endpoint MCP será:

http://localhost:8787/mcp

Conectar o Claude Desktop

Para conectar seu servidor MCP ao Claude Desktop, siga o Quickstart da Anthropic e, no Claude Desktop, vá para Configurações > Desenvolvedor > Editar Configuração.

Atualize com esta configuração:

{
  "mcpServers": {
    "OpenCRAVAT": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "mcp-remote",
        "http://localhost:8787/mcp"
      ]
    }
  }
}

Reinicie o Claude e você verá as ferramentas ficarem disponíveis.