Unofficial Open Targets

Servidor MCP Não Oficial do Open Targets 🧬

Servidor não oficial do Model Context Protocol para acessar dados da plataforma Open Targets para pesquisas de associações gene-medicamento-doença.

Desenvolvido por Augmented Nature

✅ Recursos Verificados

Todas as 6 ferramentas funcionando com dados ao vivo da API do Open Targets:

• 🎯 Busca de Alvos - Símbolos de genes, nomes, descrições (BRCA1, TP53, etc.)
• 🦠 Busca de Doenças - Nomes, sinônimos, descrições (câncer, diabetes, etc.)
• 🔗 Associações Alvo-Doença - Pontuações de evidência de mais de 20 bancos de dados
• 📊 Resumos de Alvos por Doença - Alvos terapêuticos priorizados
• 🧬 Detalhes do Alvo - Informações abrangentes sobre genes/proteínas
• 🎭 Detalhes da Doença - Perfis completos de doenças com ontologias

🚀 Início Rápido

# Install and build
npm install
npm run build

# Run the server
node build/index.js

📋 Configuração do Cliente MCP

Claude Desktop

{
  "mcpServers": {
    "opentargets-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/opentargets-server/build/index.js"]
    }
  }
}

Outros Clientes MCP

node /path/to/opentargets-server/build/index.js

🛠️ Ferramentas Disponíveis

🎯 search_targets

Pesquise alvos terapêuticos por símbolo do gene, nome ou descrição

{
  "name": "search_targets",
  "arguments": {
    "query": "BRCA1", // Gene symbol, name, or description
    "size": 10 // Optional: 1-500 results (default: 25)
  }
}

Exemplos de Resultados:

• BRCA1 (ENSG00000012048) - BRCA1 associado à reparação de DNA
• BRCA2 (ENSG00000139618) - BRCA2 associado à reparação de DNA
• BRIP1 (ENSG00000136492) - BRCA1 helicase de DNA interagente 1

🦠 search_diseases

Pesquise doenças por nome, sinônimo ou descrição

{
  "name": "search_diseases",
  "arguments": {
    "query": "breast cancer", // Disease name, synonym, or description
    "size": 10 // Optional: 1-500 results (default: 25)
  }
}

🔗 get_target_disease_associations

Obtenha associações alvo-doença com pontuações de evidência

{
  "name": "get_target_disease_associations",
  "arguments": {
    "targetId": "ENSG00000012048", // Target Ensembl ID
    "size": 10 // Optional: 1-500 results
  }
}

OU

{
  "name": "get_target_disease_associations",
  "arguments": {
    "diseaseId": "EFO_0000305", // Disease EFO ID
    "size": 10 // Optional: 1-500 results
  }
}

📊 get_disease_targets_summary

Obtenha alvos priorizados associados a uma doença

{
  "name": "get_disease_targets_summary",
  "arguments": {
    "diseaseId": "EFO_0000305", // Disease EFO ID (required)
    "size": 20 // Optional: 1-500 targets (default: 50)
  }
}

🧬 get_target_details

Obtenha informações abrangentes sobre o alvo

{
  "name": "get_target_details",
  "arguments": {
    "id": "ENSG00000012048" // Target Ensembl gene ID
  }
}

🎭 get_disease_details

Obtenha informações abrangentes sobre a doença

{
  "name": "get_disease_details",
  "arguments": {
    "id": "EFO_0000305" // Disease EFO ID
  }
}

📚 Modelos de Recursos

Acesse dados do Open Targets por meio de URIs padronizados:

• opentargets://target/{ensemblId} - Informações completas do alvo
• opentargets://disease/{efoId} - Informações completas da doença
• opentargets://drug/{chemblId} - Informações sobre medicamentos
• opentargets://association/{targetId}/{diseaseId} - Evidências de associação
• opentargets://search/{query} - Resultados de busca

🧪 Exemplos do Mundo Real

Fluxo de Trabalho em Pesquisa de Câncer

# 1. Search for cancer-related targets
{"name": "search_targets", "arguments": {"query": "oncogene", "size": 10}}

# 2. Get detailed info for specific target
{"name": "get_target_details", "arguments": {"id": "ENSG00000012048"}}

# 3. Find all diseases associated with BRCA1
{"name": "get_target_disease_associations", "arguments": {"targetId": "ENSG00000012048"}}

# 4. Get top targets for breast cancer
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000305", "size": 20}}

Pipeline de Descoberta de Medicamentos

# 1. Search for Alzheimer's disease
{"name": "search_diseases", "arguments": {"query": "Alzheimer", "size": 5}}

# 2. Get disease details
{"name": "get_disease_details", "arguments": {"id": "EFO_0000249"}}

# 3. Find prioritized therapeutic targets
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000249", "size": 30}}

🔬 Fontes de Dados e Padrões

O Open Targets integra mais de 20 bancos de dados:

• ChEMBL - Dados de medicamentos e compostos
• Ensembl - Anotações de genes e proteínas
• EFO - Ontologia de Fatores Experimentais
• ClinVar - Dados de variantes clínicas
• GWAS Catalog - Estudos de associação genômica ampla
• UniProt - Sequências e funções de proteínas
• Reactome - Vias biológicas
• E muitos outros...

Identificadores Padronizados:

• Alvos: IDs de genes Ensembl (ex.: ENSG00000012048)
• Doenças: IDs EFO (ex.: EFO_0000305)
• Medicamentos: IDs ChEMBL (ex.: CHEMBL1234)

🏗️ Arquitetura

• TypeScript implementação com segurança de tipos robusta
• GraphQL consultas para recuperação eficiente de dados
• Protocolo MCP comunicação JSON-RPC compatível
• Tratamento de Erros com validação abrangente
• Pronto para Produção com timeouts de 30s e registro adequado

📊 Informações da API

• URL Base: https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql
• Versão: Open Targets v25.0.1
• Limites de Taxa: Generosos para uso em pesquisa
• Autenticação: Nenhuma necessária
• Formato: Consultas GraphQL, respostas JSON

🤝 Contribuindo

Este servidor é desenvolvido e mantido por Augmented Nature. Para melhorias:

1. Faça um fork do repositório
2. Faça suas alterações
3. Envie um pull request

Suporte

Para problemas com:

• Servidor MCP: Verifique os logs do servidor e as saídas de erro
• API do Open Targets: Visite platform.opentargets.org
• Consultas GraphQL: Use o navegador GraphQL do Open Targets

Citação

Se você usar este projeto em sua pesquisa ou publicações, cite-o da seguinte forma:

author = {Moudather Chelbi},
title = {OpenTargets MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/OpenTargets-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}