ImageJ / Fiji

Un servidor MCP para ImageJ/Fiji, implementado como un envoltorio en Python para funciones de Fiji.

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Prueba este MCPPatrocinado

Documentación

Prueba de concepto - servidor MCP para ImageJ / Fiji

Vea cómo puede verse aquí: https://bsky.app/profile/nkiaru.bsky.social/post/3lrvofh64n225

Este repositorio contiene un servidor MCP básico para ImageJ/Fiji. Consta de 2 repositorios:

  • fiji-tools: (Java) contiene algunas funciones que facilitan la comunicación con un LLM. La GUI de codificación (editor) es fácilmente accesible para un usuario, pero no para un bot
  • fiji_mcp: (Python) envoltorio simple de funciones de Fiji, expuesto como herramientas para el servidor MCP

Para que este servidor funcione con Claude Desktop, puede añadir esto en la configuración:

{"mcpServers": 
	{
		"fiji_mcp": {
			"command": "uv",
			"args": [
				"--directory",
				"C:/Users/Nicolas/PycharmProjects/fiji_mcp",
				"run",
				"main.py"
			]
		}
	}
}

El jar de fiji-tools debe construirse; por el momento solo está disponible como SNAPSHOT.

	<groupId>ch.epfl.biop</groupId>
	<artifactId>fiji-tools</artifactId>
	<version>0.1.0-SNAPSHOT</version>

Tenga en cuenta que la ruta de la jvm debe estar codificada en el código Python main.py:

# Entry point to run the server
if __name__ == "__main__":
    import os

    os.environ['JAVA_HOME'] = r'C:\Users\Nicolas\.jdks\corretto-11.0.24'
    os.environ['PATH'] = r'C:\Users\Nicolas\.jdks\corretto-11.0.24\bin;' + os.environ.get('PATH', '')

De lo contrario, en el contexto donde se ejecuta Claude Desktop, la jvm no se puede encontrar.