Unofficial STRING MCP Server

Accede a la base de datos de interacciones de proteínas STRING para análisis de redes, enriquecimiento funcional y genómica comparativa.

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STRING DB MCP Server Logo

Servidor MCP no oficial de STRING

Un servidor integral del Protocolo de Contexto de Modelo (MCP) para acceder a la base de datos de interacciones de proteínas STRING. Este servidor proporciona potentes herramientas para el análisis de redes de proteínas, enriquecimiento funcional y genómica comparativa a través de la API de STRING.

Características

Herramientas (6 herramientas integrales)

  • get_protein_interactions: Obtén socios de interacción directos para una proteína específica con puntuaciones de confianza y tipos de evidencia
  • get_interaction_network: Construye y analiza redes de interacción de proteínas para múltiples proteínas
  • get_functional_enrichment: Realiza análisis de enriquecimiento funcional utilizando términos GO, rutas KEGG y otras anotaciones
  • get_protein_annotations: Obtén anotaciones detalladas de proteínas e información funcional
  • find_homologs: Encuentra proteínas homólogas en diferentes especies para análisis comparativos
  • search_proteins: Busca proteínas por nombre o identificador en múltiples especies

Recursos (6 plantillas de recursos)

  • string://network/{protein_ids}: Datos de la red de interacción de proteínas para proteínas especificadas
  • string://enrichment/{protein_ids}: Resultados del análisis de enriquecimiento funcional para conjuntos de proteínas
  • string://interactions/{protein_id}: Socios de interacción directos para una proteína específica
  • string://homologs/{protein_id}: Proteínas homólogas en diferentes especies
  • string://annotations/{protein_id}: Anotaciones detalladas de proteínas e información funcional
  • string://species/{taxon_id}: Datos específicos de especies y recuentos de proteínas

Instalación

npm install
npm run build

Uso

Con Claude Desktop

Agrega a tu claude_desktop_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "string-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/string-server/build/index.js"]
    }
  }
}

Consultas de ejemplo

  1. Encuentra interacciones de proteínas:

    Get interaction partners for insulin (INS) using get_protein_interactions

  2. Construye redes de proteínas:

    Build an interaction network for insulin signaling proteins: INS, INSR, IRS1, AKT1 using get_interaction_network

  3. Análisis de enriquecimiento funcional:

    Perform functional enrichment analysis on these diabetes-related proteins: INS, INSR, IRS1, GLUT4, AKT1

  4. Encuentra homólogos de proteínas:

    Find homologs of human insulin (INS) in mouse and rat using find_homologs

  5. Busca proteínas:

    Search for insulin-related proteins using search_proteins with query "insulin"

  6. Obtén anotaciones de proteínas:

    Get detailed annotations for insulin receptor pathway proteins using get_protein_annotations

  7. Accede a los recursos directamente:

    Show me the resource string://network/INS,INSR,IRS1

Integración con la API

Este servidor se integra con la API de la base de datos STRING (https://string-db.org/):

  • API REST de STRING: Para datos de interacción de proteínas, anotaciones e información de homología
  • Soporte multi-especie: Más de 5000 organismos compatibles
  • Tipos de evidencia: Vecindad, fusión, co-ocurrencia, coexpresión, experimental, base de datos, minería de texto
  • Puntuación de confianza: Puntuaciones de confianza de interacción de 0 a 1000

Características clave

Análisis de interacción de proteínas

  • Interacciones directas: Encuentra socios de interacción inmediatos
  • Construcción de redes: Construye redes de interacción integrales
  • Clasificación de evidencia: 7 tipos de evidencia de interacción
  • Puntuación de confianza: Confianza de interacción cuantitativa

Análisis funcional

  • Enriquecimiento GO: Enriquecimiento de términos de la Ontología Génica
  • Rutas KEGG: Análisis de rutas metabólicas y de señalización
  • Fondos personalizados: Usa conjuntos de proteínas personalizados como fondo
  • Significancia estadística: Valores P y corrección FDR

Genómica comparativa

  • Análisis entre especies: Encuentra homólogos entre organismos
  • Relaciones evolutivas: Analiza la evolución de las proteínas
  • Filtrado por especies: Enfócate en grupos taxonómicos específicos
  • Identificación de ortólogos: Distingue ortólogos de parálogos

Propiedades de la red

  • Análisis de topología: Densidad de red, agrupamiento, conectividad
  • Identificación de hubs: Encuentra proteínas altamente conectadas
  • Detección de módulos: Identifica complejos y módulos de proteínas
  • Análisis de rutas: Encuentra las rutas más cortas entre proteínas

Servidores complementarios

Este servidor de STRING funciona excelentemente con:

  • Servidor MCP de UniProt: Para secuencias de proteínas y anotaciones funcionales detalladas
  • Servidor MCP de PDB: Para estructuras de proteínas y análisis estructural
  • Servidor MCP de AlphaFold: Para estructuras de proteínas predichas

Juntos, proporcionan un análisis integral de proteínas: Secuencia → Estructura → Interacciones → Función

Calidad y validación de datos

  • Datos curados: STRING combina bases de datos curadas con predicciones computacionales
  • Integración de evidencia: Múltiples tipos de evidencia combinados mediante un marco probabilístico
  • Actualizaciones regulares: La base de datos se actualiza regularmente con nuevos datos experimentales
  • Puntuaciones de calidad: Cada interacción tiene puntuaciones de confianza asociadas

Manejo de errores

El servidor incluye un manejo robusto de errores para:

  • Identificadores de proteínas no válidos
  • Problemas de conectividad de red
  • Limitación de velocidad de la API
  • Validación de especies
  • Validación de parámetros
  • Solicitudes mal formadas

Desarrollo

# Install dependencies
npm install

# Build the server
npm run build

# Run in development mode
npm run dev

Atribución

Este proyecto es desarrollado por Augmented Nature 🌐 Sitio web: augmentednature.ai

Acerca de la base de datos STRING: STRING es una base de datos de interacciones proteína-proteína conocidas y predichas. Las interacciones incluyen asociaciones directas (físicas) e indirectas (funcionales); provienen de predicciones computacionales, de la transferencia de conocimiento entre organismos y de interacciones agregadas de otras bases de datos (primarias).

Cita

Si usas este proyecto en tu investigación o publicaciones, cítalo de la siguiente manera:

author = {Moudather Chelbi},
title = {STRING DB MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/STRING-db-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}