Unofficial Reactome MCP Server

Accede a los datos de biología de sistemas y rutas de Reactome a través de su API en vivo.

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Servidor MCP no oficial de Reactome 🧬

Servidor de Protocolo de Contexto de Modelo (MCP) para acceder a datos de rutas y biología de sistemas de Reactome.

API

Desarrollado por Augmented Nature - Avanzando la IA para el Descubrimiento Científico

✅ Características Verificadas

Las 8 herramientas funcionan con datos en vivo de la API de Reactome:

  • 🔍 Búsqueda de Rutas - Busca rutas biológicas por nombre, proceso, palabras clave
  • 📊 Detalles de Rutas - Información completa de rutas y sus componentes
  • 🧬 Genes a Rutas - Encuentra rutas que contienen genes/proteínas específicos
  • 🦠 Rutas de Enfermedades - Mecanismos biológicos asociados a enfermedades
  • 🌲 Jerarquía de Rutas - Relaciones padre/hijo y estructura de rutas
  • 🧪 Participantes de Rutas - Todas las moléculas que participan en rutas
  • ⚗️ Reacciones Bioquímicas - Información detallada de reacciones
  • 🔗 Interacciones de Proteínas - Interacciones moleculares dentro de rutas

🚀 Inicio Rápido

# Install and build
npm install
npm run build

# Run the server
node build/index.js

📋 Configuración del Cliente MCP

Claude Desktop

{
  "mcpServers": {
    "reactome-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/reactome-server/build/index.js"]
    }
  }
}

Otros Clientes MCP

node /path/to/reactome-server/build/index.js

🛠️ Herramientas Disponibles

🔍 search_pathways

Busca rutas biológicas por nombre, descripción o palabras clave

{
  "name": "search_pathways",
  "arguments": {
    "query": "cell cycle", // Pathway name, process, or keywords
    "type": "pathway", // Optional: pathway, reaction, protein, complex, disease
    "size": 20 // Optional: 1-100 results (default: 20)
  }
}

Ejemplos de Resultados:

  • Ciclo Celular (R-HSA-1640170) - Progresión y regulación del ciclo celular
  • Puntos de Control del Ciclo Celular (R-HSA-69620) - Mecanismos de control de calidad
  • Fases G1-G1/S mitóticas (R-HSA-453279) - Progresión de la fase G1

📊 get_pathway_details

Obtén información completa sobre una ruta específica

{
  "name": "get_pathway_details",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

🧬 find_pathways_by_gene

Encuentra todas las rutas que contienen un gen o proteína específico

{
  "name": "find_pathways_by_gene",
  "arguments": {
    "gene": "BRCA1", // Gene symbol or UniProt ID
    "species": "Homo sapiens" // Optional: species (default: Homo sapiens)
  }
}

🦠 find_pathways_by_disease

Encuentra rutas y mecanismos asociados a enfermedades

{
  "name": "find_pathways_by_disease",
  "arguments": {
    "disease": "cancer", // Disease name or DOID identifier
    "size": 25 // Optional: 1-100 pathways (default: 25)
  }
}

🌲 get_pathway_hierarchy

Obtén la estructura jerárquica y las relaciones padre/hijo

{
  "name": "get_pathway_hierarchy",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

🧪 get_pathway_participants

Obtén todas las moléculas (proteínas, genes, compuestos) en una ruta

{
  "name": "get_pathway_participants",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

⚗️ get_pathway_reactions

Obtén todas las reacciones bioquímicas dentro de una ruta

{
  "name": "get_pathway_reactions",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

🔗 get_protein_interactions

Obtén interacciones proteína-proteína dentro de rutas

{
  "name": "get_protein_interactions",
  "arguments": {
    "pathwayId": "R-HSA-1640170", // Reactome pathway stable identifier
    "interactionType": "all" // Optional: protein-protein, regulatory, catalysis, all
  }
}

📚 Plantillas de Recursos

Accede a datos de Reactome mediante URIs estandarizados:

  • reactome://pathway/{id} - Información completa de rutas
  • reactome://reaction/{id} - Información detallada de reacciones
  • reactome://protein/{id} - Detalles de proteínas y asociaciones
  • reactome://disease/{id} - Rutas asociadas a enfermedades
  • reactome://search/{query} - Resultados de búsqueda

🧪 Ejemplos del Mundo Real

Flujo de Trabajo en Biología de Sistemas

# 1. Search for DNA repair pathways
{"name": "search_pathways", "arguments": {"query": "DNA repair", "size": 10}}

# 2. Get detailed pathway information
{"name": "get_pathway_details", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

# 3. Find all pathways containing BRCA1
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "BRCA1"}}

# 4. Get pathway participants
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

Investigación de Mecanismos de Enfermedades

# 1. Search for cancer-related pathways
{"name": "find_pathways_by_disease", "arguments": {"disease": "cancer", "size": 15}}

# 2. Get pathway hierarchy for oncogenic signaling
{"name": "get_pathway_hierarchy", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

# 3. Analyze biochemical reactions
{"name": "get_pathway_reactions", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

Pipeline de Descubrimiento de Fármacos

# 1. Find pathways for drug target
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "EGFR"}}

# 2. Get protein interactions in pathway
{"name": "get_protein_interactions", "arguments": {"pathwayId": "R-HSA-177929"}}

# 3. Analyze pathway participants
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-177929"}}

🔬 Cobertura de Datos

Reactome proporciona datos curados para:

  • Más de 25,000 reacciones en todos los procesos biológicos principales
  • Más de 14,000 proteínas con anotaciones funcionales detalladas
  • Más de 2,500 rutas que cubren procesos celulares y moleculares
  • Más de 20 especies incluyendo humano, ratón, rata y organismos modelo
  • Referencias cruzadas a UniProt, ChEMBL, Ensembl y otras bases de datos

Áreas Biológicas Clave:

  • Rutas de transducción de señales
  • Procesos y redes metabólicas
  • Regulación y expresión génica
  • Ciclo celular y reparación del ADN
  • Respuestas del sistema inmunológico
  • Mecanismos de enfermedades y acción de fármacos
  • Procesos de biología del desarrollo

🏗️ Arquitectura

  • TypeScript implementación con robusta seguridad de tipos
  • API de Servicio de Contenido de Reactome para recuperación eficiente de datos
  • Protocolo MCP comunicación JSON-RPC conforme
  • Manejo de Errores con validación integral
  • Listo para Producción con tiempos de espera de 30s y registro adecuado

📊 Información de la API

  • URL Base: https://reactome.org/ContentService
  • Versión: Reactome v79 (última)
  • Límites de Tasa: Generosos para uso en investigación
  • Autenticación: No se requiere
  • Formato: API REST con respuestas JSON

🤝 Contribuciones

  1. Haz un fork del repositorio
  2. Realiza tus cambios
  3. Envía una solicitud de extracción (pull request)

Cita

Si utilizas este proyecto en tu investigación o publicaciones, cítalo de la siguiente manera:

author = {Moudather Chelbi},
title = {Reactome MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/Reactome-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}