PyMOL-MCP

PyMOL-MCP: Integrando PyMOL com Claude AI

PyMOL-MCP conecta o PyMOL ao Claude AI através do Model Context Protocol (MCP), permitindo que o Claude interaja diretamente e controle o PyMOL. Essa integração poderosa permite biologia estrutural conversacional, visualização molecular e análise por meio de linguagem natural.

https://github.com/user-attachments/assets/687f43dc-d45e-477e-ac2b-7438e175cb36

Recursos

• Comunicação bidirecional: Conecte o Claude AI ao PyMOL através de um servidor baseado em socket
• Análise inteligente de comandos: Processamento de linguagem natural para comandos do PyMOL
• Controle de visualização molecular: Manipule representações, cores e visualizações
• Análise estrutural: Realize medições, alinhamentos e outras análises
• Execução de código: Execute código Python arbitrário no PyMOL a partir do Claude

Guia de Instalação

Pré-requisitos

• PyMOL instalado no seu sistema
• Claude for Desktop
• Python 3.10 ou mais recente
• Git

Passo 1: Instale o Gerenciador de Pacotes UV

No macOS:

brew install uv

No Windows:

powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%

Para outras plataformas, visite o guia de instalação do UV.

Passo 2: Clone o Repositório

git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

Passo 3: Configure o Ambiente

Crie e ative um ambiente virtual Python:

python -m venv venv

No macOS/Linux:

source venv/bin/activate

No Windows:

venv\Scripts\activate

Passo 4: Instale as Dependências

Com o ambiente virtual ativado:

pip install mcp

Passo 5: Configure o Claude Desktop

1. Abra o Claude Desktop
2. Vá para Claude > Configurações > Desenvolvedor > Editar Config
3. Isso abrirá o arquivo claude_desktop_config.json
4. Adicione a configuração do servidor MCP:

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[Full path to your venv python]",
      "args": ["[Full path to pymol_mcp_server.py]"]
    }
  }
}

Por exemplo:

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
      "args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
    }
  }
}

Nota: Use os caminhos completos reais do seu sistema. No Windows, use barras normais (/) em vez de barras invertidas.

Passo 6: Instale o Plugin do PyMOL

1. Abra o PyMOL
2. Vá para Plugin → Gerenciador de Plugins
3. Clique na aba "Instalar Novo Plugin"
4. Selecione "Escolher arquivo..." e navegue até o repositório clonado
5. Selecione o arquivo pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py
6. Clique em "Abrir" e siga as instruções para instalar o plugin

Uso

Iniciando a Conexão

1. No PyMOL:

   • Vá para Plugin → PyMOL MCP Socket Plugin
   • Clique em "Iniciar Escuta"
   • O status deve mudar para "Escutando na porta 9876"

2. No Claude Desktop:

   • Você deve ver um ícone de martelo na seção de ferramentas ao conversar
   • Clique nele para acessar as ferramentas do PyMOL

Exemplos de Comandos

Aqui estão alguns exemplos do que você pode pedir ao Claude para fazer:

• "Carregar PDB 1UBQ e exibi-lo como cartoon"
• "Colorir a proteína por estrutura secundária"
• "Destacar os resíduos do sítio ativo com representação em bastões"
• "Alinhar duas estruturas e mostrar suas diferenças"
• "Calcular a distância entre esses dois resíduos"
• "Salvar esta visualização como uma imagem de alta resolução"

Solução de Problemas

• Problemas de conexão: Certifique-se de que o plugin do PyMOL está escutando antes de tentar conectar a partir do Claude
• Erros de comando: Verifique a janela de saída do PyMOL para mensagens de erro
• Plugin não aparecendo: Reinicie o PyMOL e verifique se o plugin foi instalado corretamente
• Claude não conectando: Verifique se os caminhos no arquivo de configuração do Claude estão corretos

Limitações e Notas

• A conexão via socket requer que tanto o PyMOL quanto o Claude estejam rodando na mesma máquina
• Algumas operações complexas podem precisar ser divididas em etapas mais simples
• Sempre salve seu trabalho antes de usar recursos experimentais
• Junte-se à nossa Comunidade Bio-MCP para solucionar problemas, fornecer feedback e melhorar os Bio-MCPs! https://join.slack.com/t/bio-mcpslack/shared_invite/zt-31z4pho39-K5tb6sZ1hUvrFyoPmKihAA

Contribuindo

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Licença

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