Liana-MCP

Uma interface de linguagem natural para análise de comunicação célula-célula utilizando o framework Liana.

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Documentação

Liana-MCP

Interface em linguagem natural para análise de scRNA-Seq com Liana através do MCP.

🪩 O que ele pode fazer?

  • Módulo de IO, como leitura e escrita de dados scRNA-Seq
  • Método de comunicação célula-célula
  • Módulo de plotagem, circle plot, dotplot

❓ Para quem é?

  • Qualquer pessoa que queira fazer análise de scRNA-Seq em linguagem natural!
  • Desenvolvedores de agentes que queiram chamar as funções do Liana para suas aplicações

🌐 Onde usar?

Você pode usar o Liana-mcp na maioria dos clientes de IA, plugins ou frameworks de agentes que suportam o MCP:

  • Clientes de IA, como Cherry Studio
  • Plugins, como Cline
  • Frameworks de agentes, como Agno

🎬 Demonstração

Uma demonstração mostrando análise de clusters de células scRNA-Seq em um cliente de IA Cherry Studio usando linguagem natural baseada no Liana-mcp

https://github.com/user-attachments/assets/40fb5bd8-a166-4993-9979-3258ef6646a0

📚 Documentação

A documentação completa do scmcphub está disponível em https://docs.scmcphub.org

🏎️ Início rápido

Instalação

Instale a partir do PyPI

pip install liana-mcp

você pode testá-lo executando

liana-mcp run

execute o liana-mcp localmente

Consulte a seguinte configuração no seu cliente MCP:

verifique o caminho

$ which liana 
/home/test/bin/liana-mcp

"mcpServers": {
  "liana-mcp": {
    "command": "/home/test/bin/liana-mcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

execute o liana-server remotamente

Consulte a seguinte configuração no seu cliente MCP:

execute-o no seu servidor

liana-mcp run --transport shttp --port 8000

Em seguida, configure seu cliente MCP no cliente de IA local, assim:


"mcpServers": {
  "liana-mcp": {
    "url": "http://localhost:8000/mcp"
  }
}

🤝 Contribuindo

Se você tiver alguma dúvida, sinta-se à vontade para abrir uma issue ou entrar em contato comigo (hsh-me@outlook.com). Contribuições para o código também são bem-vindas!

Citação

Se você usar o liana-mcp em sua pesquisa, considere citar o seguinte trabalho:

Dimitrov D., Schäfer P.S.L, Farr E., Rodriguez Mier P., Lobentanzer S., Badia-i-Mompel P., Dugourd A., Tanevski J., Ramirez Flores R.O. e Saez-Rodriguez J. LIANA+ fornece um framework completo para inferência de comunicação célula-célula. Nat Cell Biol (2024). https://doi.org/10.1038/s41556-024-01469-w