ImageJ / Fiji

Um servidor MCP para ImageJ/Fiji, implementado como um wrapper Python para funções do Fiji.

GitHub
7
Experimente este MCPPatrocinado

Documentação

Prova de conceito - servidor MCP para ImageJ / Fiji

Veja como pode ficar aqui: https://bsky.app/profile/nkiaru.bsky.social/post/3lrvofh64n225

Este repositório contém um servidor MCP básico para ImageJ/Fiji. Ele consiste em 2 repositórios:

  • fiji-tools: (Java) contém algumas funções que facilitam a comunicação com um LLM. A GUI para codificação (editor) é facilmente acessível a um usuário, mas não a um bot
  • fiji_mcp: (Python) um wrapper simples das funções do Fiji, expostas como ferramentas para o servidor MCP

Para fazer este servidor funcionar com o Claude Desktop, você pode adicionar isso na configuração:

{"mcpServers": 
	{
		"fiji_mcp": {
			"command": "uv",
			"args": [
				"--directory",
				"C:/Users/Nicolas/PycharmProjects/fiji_mcp",
				"run",
				"main.py"
			]
		}
	}
}

O jar do fiji-tools precisa ser compilado - ele está disponível apenas como SNAPSHOT no momento.

	<groupId>ch.epfl.biop</groupId>
	<artifactId>fiji-tools</artifactId>
	<version>0.1.0-SNAPSHOT</version>

Observe que o caminho do jvm precisa ser codificado no código Python main.py:

# Entry point to run the server
if __name__ == "__main__":
    import os

    os.environ['JAVA_HOME'] = r'C:\Users\Nicolas\.jdks\corretto-11.0.24'
    os.environ['PATH'] = r'C:\Users\Nicolas\.jdks\corretto-11.0.24\bin;' + os.environ.get('PATH', '')

Caso contrário, no contexto em que o Claude Desktop é executado, o jvm não pode ser encontrado.