nf-core MCP Server

nf-core MCP Server

Um servidor MCP para gerenciar e navegar em repositórios de pipelines nf-core.

Recursos

• Listar repositórios nf-core locais (rnaseq, sarek, modules, tools)
• Acessar configurações e fluxos de trabalho de pipelines
• Pesquisar em arquivos de pipeline
• Explorar módulos de pipeline

Instalação

Versão NPM

cd nf-core_mcp
npm install

# Build TypeScript
npm run build

# Start the server
npm start

Versão Docker

# Build the Docker image
cd nf-core_mcp
docker build -t nf-core-mcp .
# Run the container
docker run -i --rm \
  -v "/path/to/your/workspace:/app/workspace" \
  nf-core-mcp

Adicionando Repositórios nf-core

Para adicionar novos repositórios de pipelines nf-core ao workspace:

1. Clone os repositórios:

   # Navigate to your workspace directory (example for Windows)
   cd /path/to/your/workspace
   
   # Clone desired nf-core repositories
   git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git
   git clone https://github.com/nf-core/sarek.git
   git clone https://github.com/nf-core/modules.git
   # Add any other nf-core pipeline you want to manage
   

2. Estrutura de Diretórios: Seu workspace deve ficar assim:

   workspace/
   ├── rnaseq/
   ├── sarek/
   ├── modules/
   └── your-new-pipeline/
   

3. Verifique a Instalação: Após iniciar o servidor MCP, use o comando list-pipelines para verificar se seus novos pipelines foram detectados:

   list-pipelines
   

Nota: O servidor MCP detectará e gerenciará automaticamente quaisquer repositórios de pipelines nf-core no diretório do seu workspace.

Ferramentas Disponíveis

1. list-pipelines

   • Lista todos os pipelines nf-core no workspace
   • Mostra o status do arquivo de configuração
   • Nenhum parâmetro necessário

2. get-pipeline-modules

   • Obtém informações de módulo de um pipeline
   • Parâmetros:
     • pipeline: Nome do pipeline (rnaseq, sarek ou modules)

3. search-pipelines

   • Pesquisa em arquivos de pipeline
   • Parâmetros:
     • query: Consulta de pesquisa
     • pipeline (opcional): Pipeline específico para pesquisar

Recursos Disponíveis

1. pipeline-config

   • Obtém a configuração do pipeline
   • Formato da URI: pipeline://{name}/config
   • Parâmetros:
     • name: Nome do pipeline (rnaseq, sarek ou modules)

2. pipeline-workflow

   • Obtém o fluxo de trabalho do pipeline
   • Formato da URI: pipeline://{name}/workflow
   • Parâmetros:
     • name: Nome do pipeline (rnaseq, sarek ou modules)

Uso com o Cursor IDE

Usando NPX (Recomendado)

Adicione o seguinte ao seu mcp.json:

{
  "mcpServers": {
    "nf-core": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "nf-core-mcp"]
    }
  }
}

Usando Docker

Adicione o seguinte ao seu mcp.json:

{
  "mcpServers": {
    "nf-core": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "-i",
        "--rm",
        "-v",
        "/path/to/your/workspace:/app/workspace",
        "nf-core-mcp"
      ]
    }
  }
}

Exemplo de Uso

Usando o servidor MCP no Cursor:

# List available pipelines
list-pipelines

# Get modules from rnaseq pipeline
get-pipeline-modules pipeline=rnaseq

# Search in all pipelines
search-pipelines query="fastqc"

# Search in specific pipeline
search-pipelines query="fastqc" pipeline=rnaseq

# Access pipeline configuration
pipeline://rnaseq/config

# Access workflow
pipeline://rnaseq/workflow

Executando o Servidor

Usando NPM

# If installed globally
nf-core-mcp

# If installed locally
npx nf-core-mcp

# Using npx without installation
npx -y nf-core-mcp

Usando Docker

docker run -it --rm \
  -v /path/to/your/workspace:/app/workspace \
  nf-core-mcp

Desenvolvimento

# Install dependencies
npm install

# Build TypeScript
npm run build

# Run in development mode
npm run dev

# Run tests
npm test

# Run linter
npm run lint

Licença

MIT