Jean by Melad Labs

npx add-mcp 'https://jeanslabs.vercel.app/mcp'

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Tu asistente es brillante razonando y poco fiable en la ciencia que tiene que calcular. Pídele una temperatura de fusión, un solapamiento de Gibson, un ΔΔCq, una filogenia o una masa de péptido, y responde de memoria: con fluidez, con confianza y a veces mal. Un cebador equivocado cuesta una semana. Una conclusión equivocada cuesta un artículo.

Jean es una suite de bioinformática y biotecnología (computación científica para las ciencias de la vida), y esta es su puerta para la IA. Un solo motor, validado contra las implementaciones de referencia de cada campo, servido a través del Model Context Protocol. Conéctalo una vez y Claude, ChatGPT, Cursor, VS Code o cualquier cliente MCP podrá calcular la respuesta en lugar de adivinarla, a lo largo de todo el arco de un experimento:

🧬 Diseñar	Constructos y ensamblajes, cada cebador y oligo, guías de CRISPR, genes optimizados por codones, sitios RBS y operones, sondas in situ, códigos de barras, circuitos genéticos, librerías de variantes
🧪 Simular	Digestiones y geles, productos de PCR, cribados multiplex, reacciones de Gibson, Golden Gate y Gateway, ejecutadas sobre el papel antes de ejecutarlas en el banco
📊 Analizar	Trazas de Sanger y lecturas de NGS, corridas de qPCR y ddPCR, variantes y número de copias, expresión y enriquecimiento, filogenias, proteómica por espectrometría de masas, anticuerpos, estructuras y moléculas pequeñas
✅ Verificar	Demostrar que el clon que obtuviste es el constructo que dibujaste, cribar contaminación de vectores, recuperar cómo se fabricó un constructo

🎯 Calculado, no recordado La termodinámica, la especificidad enzimática, las puntuaciones de alineamiento y la estadística se calculan en cada llamada, con motores contrastados contra las herramientas de referencia en las que el campo ya confía.

🔍 Explicado, no afirmado Cada respuesta lleva su derivación: el método, los parámetros, las entradas y qué la invalidaría. Un revisor puede reproducir cada número.

🔒 Privado, no almacenado El servidor es sin estado: nada de lo que envías se guarda ni se conserva entre llamadas. Sin cuenta, sin clave, sin seguimiento.

⚡ Conecta en treinta segundos

Ajuste	Valor
URL del servidor	https://jeanslabs.vercel.app/mcp
Transporte	Streamable HTTP
Autenticación	Ninguna
Coste	Gratis

Claude (claude.ai, Desktop): ➕ Añadir Jean como conector. El diálogo se abre rellenado.

Claude Code:

claude mcp add --transport http jean https://jeanslabs.vercel.app/mcp

Cursor, en ~/.cursor/mcp.json:

{ "mcpServers": { "jean": { "url": "https://jeanslabs.vercel.app/mcp" } } }

VS Code, en .vscode/mcp.json:

{ "servers": { "jean": { "type": "http", "url": "https://jeanslabs.vercel.app/mcp" } } }

Cualquier otro cliente MCP: añade un servidor remoto con la URL de arriba. La ayuda campo por campo para cada diálogo de conector está en jeanslabs.vercel.app/docs/api/mcp.

🔁 Cómo funciona

sequenceDiagram
    participant You
    participant Assistant as Your AI assistant
    participant Jean
    participant DB as Public databases (NCBI, EMBL-EBI, UCSC, UniProt)
    You->>Assistant: Clone GFP into pET-28a with NdeI and XhoI
    Assistant->>Jean: fetch the vector record
    Jean->>DB: query by accession
    DB-->>Jean: GenBank record
    Assistant->>Jean: design primers, simulate PCR and digest
    Jean-->>Assistant: primers, Tm values, product map, method and parameters
    Assistant-->>You: a plan you can check, number by number

El asistente decide qué hacer; cada número procede de Jean. Los resultados son datos estructurados que se ajustan a un esquema declarado, y todo lo visual (un mapa de plásmido, un gel, una traza, un árbol, un gráfico) vuelve tanto en SVG como en PNG. Las herramientas de flujo de trabajo encadenan pasos en un pipeline reproducible que se ejecuta en una sola llamada.

💬 Qué puedes preguntar

Campo	Prueba a preguntar
Clonación	"Mete GFP en pET-28a entre NdeI y XhoI. Diseña los cebadores, comprueba que ambas enzimas cortan el vector una sola vez y muéstrame el mapa final."
Ensamblaje	"Planifica un ensamblaje de Gibson de cuatro partes con estos fragmentos y dame los solapamientos y su Tm." · "¿Estos extremos cohesivos de Golden Gate ligarán fielmente?"
Secuenciación	"Aquí tienes tres lecturas de Sanger de mi clon. ¿Es correcto el inserto, base a base?"
Edición de genoma	"Diseña guías contra el exón 2 de este gen y ordénalas por eficiencia prevista y riesgo de fuera de diana." · "Cuantifica los indels en esta traza editada frente al control."
qPCR y dPCR	"Ajusta estas curvas de amplificación y dame el ΔΔCq frente a GAPDH, con incertidumbre."
Genómica	"Lee este VCF y dame las frecuencias alélicas y el Fst por población." · "Ejecuta el enriquecimiento de conjuntos de genes sobre mis genes expresados diferencialmente."
Proteínas	"¿Qué proteínas apoyan estas coincidencias péptido-espectro?" · "Numera este anticuerpo, tipifica la cadena y enumera sus riesgos de secuencia."
Química	"Agrupa estos compuestos, muéstrame los esqueletos y señala los acantilados de actividad."
Evolución	"Alinea estas secuencias, elige el mejor modelo de sustitución, construye un árbol de máxima verosimilitud con soporte y dibújalo."

Una prueba de honestidad de treinta segundos. Pide los sitios de EcoRI en la secuencia circular AATTCTTAGGATCCG. El único sitio abarca el punto donde se cierra el círculo, así que una respuesta que trata la secuencia como una línea recta no encuentra nada. Jean lo encuentra. Pide una enzima que no existe, y Jean lo dice por su nombre en lugar de devolver una lista vacía que se lee como "no hay sitios".

👩‍🔬 Pensado para

Eres	Jean le da a tu asistente
Un biólogo de laboratorio húmedo	Cebadores, digestiones, ensamblajes y verificación que puedes encargar con confianza
Un biólogo sintético	Gramáticas de Golden Gate y MoClo, fidelidad de extremos cohesivos, diseño de RBS y operones, circuitos genéticos
Una instalación central	Control de calidad de trazas, verificación de constructos y análisis de qPCR y ddPCR que se explica por sí mismo
Un biólogo computacional	Alineamiento, filogenética, variantes, número de copias, expresión y enriquecimiento en una sola llamada
Un científico de proteómica o de anticuerpos	Inferencia de péptidos y proteínas, envolventes isotópicos, numeración de anticuerpos, tipificación de cadenas y riesgos
Un químico medicinal	Conformeros, tautómeros, esqueletos, grupos R, pares emparejados, espacio químico y cribado de librerías
Un constructor de científicos de IA	Una capa de herramientas científicas probada y tipada por esquema que tu agente puede invocar en lugar de escribir scripts

🧰 Todas las herramientas

El catálogo completo, regenerado desde el servidor en vivo cada día. Abre una sección para ver sus herramientas.

🧬 Clonación y ensamblaje · 33 herramientas

Digestiones, ligaciones, Gibson, Golden Gate, recombinación tipo Gateway, gramáticas de partes y planificación de ensamblajes.

Herramienta	Qué responde
Assemble index oligos assemble_index_oligos	Convierte secuencias de índice en los oligos que sintetiza un sintetizador: cada índice empalmado entre brazos adaptadores 5'/3', o sobre un cebador de PCR en cualquiera de las dos orientaciones con un espaciador opcional.
Assemble operon assemble_operon	¿Cómo se ve un operón de estos CDS con un RBS nuevo delante de cada uno, diseñado contra su contexto aguas arriba real?
Assembly plan simulate assembly_plan_simulate	¿Qué constructo final da un plan de ensamblaje multinivel, donde los productos de cada nivel se convierten en las piezas del siguiente?
Build assembly report build_assembly_report	Genera el informe de ensamblaje de DnaCauldron a partir de un resultado de ensamblaje: la tabla resumen por constructo, las hojas de cálculo de constructos y errores como CSV compatible con pandas, y las estadísticas de Outcome / Number of assemblies.
Check Golden Gate parts check_golden_gate_parts	¿Cuáles de los sitios Type-IIS de cada pieza son los sitios flanqueantes que necesita el ensamblaje y cuáles son sitios internos que lo cortarán mal?
Check methylation block check_methylation_block	¿Bloquea la metilación del hospedador estas enzimas en cada uno de sus sitios en esta molécula?
Classify grammar part classify_grammar_part	¿Qué gramática Golden Braid, MoClo o Yeast ToolKit, posición y nivel representa este registro?
Design fusion site primers design_fusion_site_primers	¿Qué cebadores añaden un sitio Type-IIS, un espaciador y un overhang elegido a una pieza sobre una huella de hibridación con Tm ajustada?
Design Gibson primers design_gibson_primers	¿Qué cebadores amplifican cada fragmento con el overhang 5' que lo fusiona con su vecino, con Tm ajustada dentro de cada par?
Design multisite primers design_multisite_primers	¿Qué cebadores QCLM de una sola reacción introducen varias mutaciones a la vez, con codones de la tabla de uso de un organismo?
Design mutagenesis primers design_mutagenesis_primers	¿Qué cebadores introducen este cambio puntual en un CDS mediante SOE-PCR o QuikChange?
Design overhang set design_overhang_set	¿Qué conjunto de overhangs de un tamaño dado liga con alta fidelidad según datos medidos, conservando las uniones que no pueden cambiar?
Design saturation primers design_saturation_primers	¿Qué pares de cebadores solapados, uno por sitio, portan un codón degenerado en cada sitio en una sola reacción?
Design split sites design_split_sites	¿Dónde debe cortarse una secuencia en fragmentos Golden Gate para que los overhangs que crean los cortes liguen de forma eficiente y fiel?
Digest fragments digest_fragments	¿Qué fragmentos, con qué extremos, produce una digestión de esta molécula?
Digest reaction conditions digest_reaction_conditions	¿Qué tampón, temperatura, cofactores e inactivación por calor necesita una digestión con estas enzimas, según los propios datos de NEB?
Domesticate part domesticate_part	¿Qué cambios de codón silenciosos eliminan los sitios Type-IIS internos de una pieza sin cambiar su proteína?
Draw gel draw_gel	¿Dónde corren los fragmentos de cada carril en un gel de agarosa frente al marcador de escalera?
Find assemblies find_assemblies	Resuelve un organismo a sus ensamblajes genómicos publicados y a los cromosomas, plásmidos y orgánulos que componen cada uno, con cada accession y longitud que reporta NCBI.
Find restriction sites find_restriction_sites	¿Dónde cortan estas enzimas esta molécula, en qué hebra, y qué extremo deja cada corte?
Find star sites find_star_sites	¿Dónde más podrían cortar estas enzimas esta molécula en condiciones star, según la lista de actividad star de REBASE y su regla de una base?
Gibson assemble gibson_assemble	¿Qué constructo forman estos fragmentos cuando se unen por su homología terminal (Gibson, NEBuilder, In-Fusion)?
Golden Gate assemble golden_gate_assemble	¿Qué constructo forman estas piezas en una reacción Type-IIS (Golden Gate, MoClo)?
Ligate fragments ligate_fragments	¿Qué productos forman estos fragmentos cuando se ligan sus extremos (tras cualquier digestión por fragmento)?
Plan thermocycler program plan_thermocycler_program	Planifica el programa de ciclado para un amplicón con una enzima CON NOMBRE, y comprueba la reacción contra los límites publicados por ese fabricante.
Protein digest protein_digest	¿Qué péptidos, masas y valores m/z da una digestión proteolítica de esta proteína?
Rank strategies rank_strategies	¿Qué químicas de ensamblaje pueden construir un constructo a partir de estas piezas, y qué cuesta y qué riesgo tiene cada una?
Recombine recombine	¿Qué productos da una recombinación específica de sitio o homóloga entre estas moléculas (Gateway BP/LR, Cre/loxP, una integrasa de serina, brazos de homología, knock-in por CRISPR)?
Restriction ligate restriction_ligate	¿Qué productos sobreviven a una restricción-ligación en un solo pocillo, donde los sitios reformados se vuelven a cortar?
Run gel lane run_gel_lane	¿Qué bandas, y en qué forma de ADN, da un carril de escalera, plásmido, digestión o PCR de esta molécula?
Run gel plate run_gel_plate	Ejecuta un gel de agarosa virtual multicarril y devuelve su LECTURA, no solo sus bandas: cuántos carriles con cuántas bandas en qué rango, posicionados por qué escalera, además solo de las advertencias que esta placa se ganó
Score overhang fidelity score_overhang_fidelity	¿Qué fracción de los ensamblajes ligará correctamente cada unión con este conjunto de overhangs, según datos medidos de ligasa T4?
Scrub restriction sites scrub_restriction_sites	¿Qué mínimo de cambios de codón silenciosos elimina los sitios de restricción prohibidos de un CDS?

🔥 PCR, cebadores y termociclado · 11 herramientas

Diseño de cebadores para todo tipo de PCR, temperaturas de fusión y simulación de reacciones.

Herramienta	Qué responde
Design bisulfite primers design_bisulfite_primers	¿Qué cebadores BSP o MSP funcionan sobre las hebras convertidas con bisulfito, y dónde están las islas CpG?
Design CODEHOP design_codehop	¿Qué cebadores híbridos de núcleo degenerado da un bloque de proteínas alineadas, para homólogos demasiado divergentes para un diseño nucleotídico?
Design degenerate primers design_degenerate_primers	¿Qué cebadores degenerados amplifican cada miembro de esta familia alineada, y cuánto de ella cubre cada uno?
Design LAMP primers design_lamp_primers	¿Qué cuatro oligos LAMP centrales, y cebadores de bucle opcionales, da esta plantilla, juzgados según los criterios de PrimerExplorer V5?
Design primer pairs design_primer_pairs	La búsqueda clasificada propia del Primer Designer: recorre el registro en busca de pares de cebadores dentro de una ventana de tamaño de producto, Tm, longitud y GC, puntúa cada candidato en Tm, dímeros, horquillas, estabilidad 3', repeticiones, clamp y especificidad un…
Design primers design_primers	¿Qué par de cebadores amplifica esta región, a qué Tm, temperatura de hibridación y programa de ciclado?
Design sequencing primers design_sequencing_primers	¿Qué recorrido de cebadores lee toda esta región, con qué solapamiento, y qué no puede alcanzarse?
Fusion PCR fusion_pcr	¿Qué producto único da la PCR de extensión por solapamiento a partir de fragmentos que comparten homología terminal?
Multiplex PCR multiplex_pcr	¿Qué hace un pool de cebadores sobre estas plantillas: productos, unión fuera de diana, pares que distinguen plantillas y la matriz de dímeros?
PCR amplify pcr_amplify	¿Qué producto amplifica este par de cebadores a partir de la plantilla?
Primer check primer_check	¿Dónde hibrida un cebador en esta molécula, y qué tan bien coincide cada sitio?

✂️ CRISPR y edición del genoma · 19 herramientas

Diseño y puntuación de guías, fuera de diana, cribados y resultados de edición medidos a partir de trazas.

Herramienta	Qué responde
CRISPR analyze screen crispr_analyze_screen	¿Qué genes son hits en un cribado CRISPR agrupado, según el factor de Bayes a nivel de gen?
CRISPR design guides crispr_design_guides	¿Qué guías CRISPR se pueden diseñar contra este objetivo, y qué tan buena es cada una en cuanto a on-target y off-target?
CRISPR design library crispr_design_library	¿Qué oligos se deben pedir para un pool de sgRNA contra estos objetivos, con los overhangs del vector y barcodes opcionales?
CRISPR quantify edits crispr_quantify_edits	Cuantificar una edición CRISPR a partir de un par de trazas de Sanger
CRISPR score DeepHF crispr_score_deephf	Puntuar guías CRISPR con DeepHF: una EFICIENCIA de knockout predicha entre 0 y 1 para SpCas9 de tipo silvestre (promotor U6 o T7), eSpCas9(1.1) o SpCas9-HF1.
CRISPR score DeepSpCas9 crispr_score_deepspcas9	Puntuar guías CRISPR con DeepSpCas9 (Kim et al.
Detect trace indel detect_trace_indel	Preguntar si una traza de Sanger se divide en DOS LECTURAS DE DIFERENTE LONGITUD, que es lo que hace una inserción o deleción heterocigota: limpia hasta el indel, luego una superposición de dos secuencias desplazadas por su longitud.
Fold guide fold_guide	¿Un espaciador forma pares de bases con su andamiaje de sgRNA, y en qué se pliega el ARN guía completo?
List sgRNA scaffolds list_sgrna_scaffolds	¿Qué andamiajes de sgRNA ha obtenido este workbench, para qué nucleasas, de qué publicación?
Peptide mass peptide_mass	¿Cuál es la masa monoisotópica y promedio de este péptido, y su m/z en cada carga?
Protein signal peptide protein_signal_peptide	¿Dónde cortaría la peptidasa señal esta proteína, según la matriz de pesos de von Heijne?
Quantify base editing quantify_base_editing	Cuantificar la EDICIÓN DE BASES a partir de una única traza de Sanger, sin lectura de control
Screen contamination screen_contamination	Cribar una secuencia de nucleótidos en busca de contaminación por vector, adaptador, enlazador y cebador contra UniVec de NCBI, usando los propios parámetros BLASTn y reglas de categoría de VecScreen.
Screen guides screen_guides	¿Qué espaciadores de guía fallan los cribados de preaceptación: GC, horquillas autocomplementarias y horquillas contra el esqueleto del sgRNA?
Screen molecule library screen_molecule_library	Cribar todas las estructuras de una biblioteca a la vez contra reglas de drug-likeness y catálogos de alertas estructurales, como lo hace la cuadrícula de la biblioteca, y agrupar una propiedad de regla a través de ella, dividida en el límite de una regla elegida.
Screen oligo structure screen_oligo_structure	¿Qué oligos de un conjunto forman horquillas, dímeros propios o dímeros cruzados, en cualquier posición y en el extremo 3'?
Search off targets search_off_targets	¿Qué sitios de esta secuencia podría cortar también una guía, y qué tan específica es la guía dentro de ella?
Survey off targets survey_off_targets	¿Cuántos sitios off-target, por clase de desajuste, tiene cada uno de estos espaciadores en esta secuencia?
TIDE quantify indels tide_quantify_indels	Cuantificar una edición CRISPR a partir de un par de trazas de Sanger mediante TIDE (Brinkman et al.)

📈 Sanger, secuenciación y verificación · 17 herramientas

Lectura de trazas, llamada de bases, verificación de constructos, control de calidad de lecturas y alineamiento a una referencia.

Herramienta	Qué responde
Adopt trace calls adopt_trace_calls	Reemplazar las llamadas de bases propias de una lectura de Sanger por las de TraceTuner, sobre la traza, para que el resto del editor trabaje a partir de la lectura re-llamada: su secuencia, su consenso, su verificación contra una referencia y cada exportación.
Call bases from trace call_bases_from_trace	Llamar las bases de una traza de Sanger a partir de la señal, descartando las llamadas del instrumento y derivando las bases, sus posiciones y su calidad a partir de los picos.
Call mixed bases from trace call_mixed_bases_from_trace	Llamar las bases de una traza de Sanger Y preguntar en cada posición si está presente un segundo alelo, escribiendo un código IUB de dos bases (R, Y, S, W, K, M) donde lo esté.
Compare reads to reference compare_reads_to_reference	Comparar un CONJUNTO de lecturas de secuenciación contra una referencia en UN marco compartido: alinear cada lectura a la referencia, votar un consenso columna por columna e informar las posiciones donde las lecturas difieren de él, cada una con la…
Consensus from traces consensus_from_traces	Fusionar una o dos lecturas de Sanger en un consenso con el llamador SeqTrace portado.
Demultiplex reads demultiplex_reads	¿De qué índice provino cada lectura, y cuántas no se pueden asignar de forma fiable?
Draw trace draw_trace	Dibujar una ventana de una lectura de Sanger como figura SVG: las cuatro trazas de colorantes sobre sus bases llamadas, las barras de Phred por base y una regla de bases.
Map reads map_reads	¿Dónde se alinea cada lectura o contig sobre la referencia, con qué MAPQ, como SAM?
Read sequencing QC read_sequencing_qc	¿Una lectura decepcionante es culpa del clon o de la corrida, según la tabla de cobertura o el resumen del proveedor?
Read structure consensus read_structure_consensus	¿Qué pares de bases declara la estructura consenso de un alineamiento Stockholm, y cuántas filas alineadas forman realmente cada uno?
Recompute trace quality recompute_trace_quality	Re-puntuar las llamadas de bases propias de una traza de Sanger a partir de la señal, reemplazando los valores de Phred del instrumento por los medidos a partir de los picos.
Restore trace file calls restore_trace_file_calls	Devolver una lectura de Sanger abierta a las llamadas de bases que lleva su ARCHIVO, deshaciendo una re-llamada adoptada.
Trace raw signal trace_raw_signal	La señal NO PROCESADA de una traza de Sanger: cuántos escaneos registró el instrumento, dónde se sitúa la línea base de cada canal, el valor bruto máximo y cuántos escaneos descartó el análisis del frente como frente de colorante.
Trim reads trim_reads	¿Cómo se ven estas lecturas FASTQ después de recortar los adaptadores y los extremos de baja calidad, y cuánto se eliminó?
Trim trace trim_trace	Recortar los extremos de baja calidad de una lectura de Sanger, mediante cualquiera de los dos métodos que responden preguntas distintas: el propio registro Mott del instrumento tal como se escribió en el archivo, o una ventana deslizante de Phred medio calculada aquí.
Verify construct verify_construct	Comparar un RESULTADO de secuenciación contra el constructo que diseñó y decir qué difiere, dónde y en qué incide.
Verify read verify_read	¿Una lectura de secuenciación verifica la referencia, y qué diferencias muestra?

🧪 qPCR y PCR digital · 12 herramientas

Curvas de amplificación y de fusión, corridas RDML, gating de gotas, incertidumbre y cuantificación relativa.

Herramienta	Qué responde
Analyze melt curves analyze_melt_curves	¿Cuál es la temperatura de fusión de cada reacción, y su fusión muestra el producto, un artefacto o ninguna amplificación?
Bootstrap Cq bootstrap_cq	¿Con qué precisión fijan las observaciones de una reacción su Cq, eficiencia y coeficientes ajustados?
Call Cq call_cq	¿Cuál es el Cq y la eficiencia de amplificación de cada reacción, leídos de una sigmoide ajustada bajo una definición de Cq concreta?
Classify droplets classify_droplets	¿A qué población (NN, NP, PN, PP) pertenece cada gota de ddPCR de dos canales, bajo una cuadrícula fija, k-means o un voto de k vecinos más cercanos?
Design qPCR assay design_qpcr_assay	¿Qué par de cebadores y sonda de hidrólisis forman un ensayo de qPCR sobre este objetivo, clasificados por penalización?
Gate droplets gate_droplets	¿Cuál es la concentración de molde en cada pocillo de ddPCR, a partir de las amplitudes brutas de las gotas en lugar del recuento del instrumento?
Melt profile melt_profile	¿Cómo se funde esta molécula: la curva de helicidad, su Tm50 y los dominios que se funden juntos detrás de cada pico de HRM?
Melting temperature melting_temperature	La temperatura de fusión de un oligo EN UN TAMPÓN, BAJO UN MODELO
Propagate uncertainty propagate_uncertainty	¿Qué incertidumbre tiene una cantidad de qPCR reportada, dada la incertidumbre de cada medición que la compone, y qué medición contribuye más?
Quantify dPCR quantify_dpcr	¿Cuál es la concentración absoluta de un objetivo a partir de los recuentos de particiones de PCR digital, con un intervalo de confianza?
Read RDML run read_rdml_run	¿Qué contiene una exportación RDML, y cuáles son las curvas, valores de Cq, fusiones y recuentos de particiones de una corrida como tablas?
Simulate TaqMan curve simulate_taqman_curve	¿Qué curva de amplificación y Cq dibujará un ensayo de qPCR con sonda de hidrólisis en simplex, a partir de sus secuencias y su programa de termociclado?

🎛️ Diseño y expresión · 35 herramientas

Optimización de codones, RBS y operones, sondas, barcodes, circuitos genéticos y anotación.

Herramienta	Qué responde
Annotate region annotate_region	Indica qué contiene una región genómica en las pistas de referencia: los genes y transcritos RefSeq con los que se solapa, qué secuencias codificantes completas CONTIENE (el único caso en que un diseño a nivel de residuo es honesto), la estructura DGV…
Audit barcodes audit_barcodes	¿Qué distancia mínima tiene este conjunto de índices, cuántos errores corrige eso y qué subconjunto sobrevive a un presupuesto más estricto?
Audit CDS annotations audit_cds_annotations	¿Cada CDS anotada de un mapa se traduce limpiamente a partir de sus propias bases y su código genético?
Auto annotate auto_annotate	Encuentra y nombra características conocidas en el sujeto
Back translate back_translate	Proteína → ADN: la secuencia codificante que codificaría una proteína, ponderada por una tabla de uso de codones real.
Build ENA submission build_ena_submission	¿Qué archivo plano y manifiesto acepta el Webin-CLI de ENA para este registro, y qué rechazaría su validador?
Build GenBank submission build_genbank_submission	¿Qué conjunto de envío (fasta con modificadores de fuente y una tabla de características) acepta table2asn de NCBI para este registro, y qué hubo que rechazar o migrar?
Calculate power calculate_power	¿Cuántas réplicas necesita un test planificado para detectar un efecto, o qué potencia, efecto detectable o nivel de significación da un diseño fijo?
Calculate rnaseq power calculate_rnaseq_power	¿Cuántas réplicas biológicas, o cuánta profundidad de secuenciación, necesita una comparación de RNA-seq para detectar un cambio de pliegue en un gen?
Check color balance check_color_balance	¿VERÁ el secuenciador estos índices?
Check index pool check_index_pool	¿Este pool de índices de muestras realmente secuenciará?
Check manufacturability check_manufacturability	¿Cumple esta secuencia lo que un proveedor de síntesis concreto publica que puede fabricar: longitud, GC, homopolímeros y repeticiones?
Check scorpion stem check_scorpion_stem	¿Se funde el tallo de una sonda Scorpion por debajo del dúplex bucle-diana con el margen que el diseño necesita?
Codon optimality codon_optimality	Frecuencia de codones óptimos (Fop, Ikemura 1981) para una CDS en marco frente a una tabla de uso de codones real: qué proporción de sus codones son los que usaría un gen altamente expresado en ese hospedador.
Codon table fetch codon_table_fetch	Obtiene una tabla de uso de codones real para un organismo y la guarda, para que pasos posteriores puedan puntuar contra ella por nombre.
Codon usage analysis codon_usage_analysis	¿Cómo se compara el uso de codones de esta CDS con el de un organismo: CAI, GC, codones raros y las dos medidas de sesgo sin referencia?
Codon usage distance codon_usage_distance	¿Qué tan lejos está el uso de codones de esta región del de los demás genes del registro (CUFS)?
Design barcodes design_barcodes	¿Qué conjunto de índices de este tamaño tiene una distancia mínima garantizada, y qué corrige realmente?
Design FREE codes design_free_codes	Genera códigos de barras correctores de INDEL
Design genetic circuit design_genetic_circuit	¿Qué puertas represoras caracterizadas computan esta función lógica, con qué rango dinámico ON/OFF, y qué ADN necesita el circuito?
Design HCR probes design_hcr_probes	¿Qué pares de sondas HCR v3.0 de iniciador dividido cubren este objetivo dentro de sus ventanas de composición y energía libre?
Design ish probes design_ish_probes	¿Qué conjunto de oligos imagea mejor este objetivo: candidatos en mosaico que cumplen Tm, GC y composición, cribados por unión fuera de diana y reunidos en un conjunto?
Design knockout package design_knockout_package	¿Qué necesita una construcción completa de knockout o knock-in: guías, un censo de fuera de diana, una plantilla de reparación con brazos, cebadores de cribado fuera de los brazos, el protocolo y qué comprar?
Design oligo plate order design_oligo_plate_order	¿En qué pocillos, en el propio orden de llenado del proveedor, va un conjunto de oligos en un pedido de placa?
Design padlock probes design_padlock_probes	¿Qué sondas padlock apuntan a este transcrito para secuenciación in situ, y qué uniones podrían ligarse en otro transcrito?
Design RBS design_rbs	¿Qué 5'UTR sitúa la iniciación de la traducción de una CDS en una fuerza objetivo?
Discover annotation contradictions discover_annotation_contradictions	¿Qué péptidos señal o segmentos transmembrana en UniProt humano revisado contradice un predictor de secuencia?
Discover codon outliers discover_codon_outliers	¿Qué genes de un genoma usan codones sinónimos de una manera que la propia media del genoma no explica?
Estimate effect size estimate_effect_size	¿Qué tan grande es el efecto en datos piloto, estandarizado, con un intervalo de confianza, listo para dimensionar el experimento completo?
Export barcodes export_barcodes	¿Cómo se ve este conjunto de índices como hoja de pedido, FASTA, SampleSheet o los oligos reales?
Optimize sequence optimize_sequence	¿Qué secuencia satisface estas restricciones y puntúa mejor en estos objetivos?
Rank next tests rank_next_tests	¿Qué experimento candidato enseñaría más sobre la hipótesis contra la que está registrado, y qué parte de él merece la pena ejecutar?
Rank tradeoffs rank_tradeoffs	¿Qué candidatos de una tabla no son superados por ningún otro candidato en todos los objetivos a la vez, qué tan profundo está cada uno de los demás y qué candidato lo supera?
Score RBS score_rbs	¿Qué tan fuerte es el sitio de unión al ribosoma que ya está delante de este codón de inicio, y qué determina esa fuerza?
Tree taxon annotations tree_taxon_annotations	¿Qué dice este archivo NeXML sobre cada uno de sus taxones?

🌳 Alineamiento y filogenética · 17 herramientas

Alineamiento por pares y múltiple, dot plots, selección de modelos, árboles y comparación de árboles.

Herramienta	Qué responde
Align read align_read	¿Cómo se alinea una lectura de secuenciación con la referencia, como dos filas con huecos?
Align sequences align_sequences	¿Cómo se alinean estas secuencias columna a columna, mediante alineamiento de orden parcial (un montón de lecturas sobre un locus) o alineamiento progresivo (una familia de genes homólogos)?
Alignment agreement alignment_agreement	Lee una ventana de alineamiento e indica qué tan bien concuerdan sus lecturas con la referencia subyacente, como hace la propia barra del pileup: los recuentos de bases comparadas y diferentes, más los modelos de genes RefSeq y las variantes conocidas de dbSNP…
Alignment window alignment_window	Lee una ventana de un BAM o SAM: sus lecturas, la profundidad a lo largo de ella y qué dicen los pares sobre la librería
Build tree build_tree	¿Qué filogenia apoyan estas secuencias alineadas, bajo un método de distancia, parsimonia, máxima verosimilitud o bayesiano, con soporte de ramas?
Compare trees compare_trees	¿Qué tan separados están estos árboles sobre los mismos taxones, y qué topología comparten?
Discover gene tree discordance discover_gene_tree_discordance	¿Qué alineamientos propios de genes rechazan el árbol de especies (test de Shimodaira-Hasegawa contra sus reordenamientos de vecino más cercano)?
Discover tree incongruence discover_tree_incongruence	¿Algunos loci de un alineamiento multilocus tienen una historia diferente del resto (test de diferencia de longitud de incongruencia)?
Dot plot dot_plot	¿Dónde se parece esta secuencia a sí misma o a otra, como un dot plot de repeticiones, inversiones y regiones compartidas?
Dot plot grid dot_plot_grid	¿Qué miembros de este conjunto de secuencias comparten material con cuáles, como una cuadrícula de dot plots todos contra todos?
Draw alignment draw_alignment	¿Cómo se ve esta ventana de un alineamiento como figura?
Draw tree draw_tree	¿Cómo se ve este árbol como figura?
EBI align ebi_align	Pasa una secuencia por el Job Dispatcher de EMBL-EBI: Clustal Omega, MUSCLE, MAFFT, Kalign, T-Coffee, EMBOSS needle/water/matcher/stretcher, LALIGN, phmmer, hmmscan, PSI-BLAST o Phobius.
Export tree export_tree	¿Cómo se ve este árbol en Newick, NEXUS, PhyloXML o NeXML?
Select substitution model select_substitution_model	¿Qué modelo de sustitución prefieren estos datos, por AIC, AICc o BIC con pesos de Akaike?
Transform tree transform_tree	¿Cómo se ve este árbol con nueva raíz, podado, escalerizado o con las ramas débiles colapsadas?
Tree statistics tree_statistics	¿Qué forma tiene este árbol: puntas, altura, equilibrio, el estadístico gamma, linajes a lo largo del tiempo y las distancias patrísticas?

🧫 Genómica, variantes y número de copias · 20 herramientas

Llamadas de variantes, segmentación de número de copias, LOH y mosaicismo, regiones genómicas.

Herramienta	Qué responde
Aplicar variante de llamada apply_variant_call	Sustituye un alelo ALT llamado en una secuencia y devuelve las bases editadas, el rango que ocupa la edición y el cambio de longitud.
Explorar región browse_region	Lee una ventana de un genoma tal como la muestra un navegador de genomas: las bandas citogenéticas que abarca, los transcritos del conjunto RefSeq elegido, qué residuos de cada proteína codifica la ventana (traducidos desde el ensamblado…
Comprobar invariantes check_invariants	¿Es admisible esta secuencia diseñada: proteína sin cambios, sitios prohibidos ausentes, marco intacto, longitud, GC y CAI dentro de los límites?
División alélica de número de copias copy_number_allele_split	Lee el número de copias específico de alelo propio de un resultado de array Affymetrix: para cada segmento, los recuentos de alelo mayor y menor (1+1, 2+0, 0+0), qué significan (equilibrado, desequilibrio alélico, pérdida de heterocigosidad situada frente a…
Comparar número de copias copy_number_compare	Une las llamadas propias de dos muestras de número de copias de Affymetrix e informa qué eventos comparten y cuáles solo porta una de ellas: para cada par, el cromosoma al que ambos archivos resolvieron, el tipo, las bases que solapan y el…
Hallazgos de número de copias copy_number_findings	Recorre cada cromosoma indexado de un contenedor de número de copias de Affymetrix e informa lo que el propio archivo llamó: ganancias, pérdidas y tramos de homocigosidad, con sus posiciones, recuentos de marcadores y extensiones, además de un resumen por cromosoma…
LOH de número de copias copy_number_loh	Recalcula la pérdida de heterocigosidad a partir de las llamadas de genotipo por marcador propias de un array Affymetrix, en lugar de leer las rachas que escribió el productor: el método de ventana de APT, con la tasa de falsos positivos y el modelo de genotipado asumido…
Mosaicismo de número de copias copy_number_mosaicism	Estima a qué clase de fracción mosaico se aproxima más cada región de un cromosoma, tal como lo calcula Affymetrix Power Tools.
Lectura de número de copias copy_number_read	Lee un contenedor de número de copias de Affymetrix (CNCHP/CYCHP/OSCHP/CHP) e indica qué contiene: el algoritmo y el array que lo produjeron, sus conjuntos de datos y sus gráficos, el índice de marcadores por cromosoma que porta el archivo, y
Regiones de número de copias copy_number_regions	Ubica las llamadas propias de una muestra de número de copias de Affymetrix en las regiones curadas de ClinGen: para cada región, qué ganancias, pérdidas o tramos de homocigosidad caen en ella, con qué solapamiento recíproco, y qué parte de la región…
Segmentar número de copias copy_number_segment	Segmenta un cromosoma de un contenedor de número de copias de Affymetrix mediante hasta cuatro métodos independientes e informa dónde coinciden.
Número de copias somático copy_number_somatic	Lee las llamadas de mutación somática propias de un resultado de array Affymetrix: una fila por conjunto de sondas de mutación con la llamada del productor, la puntuación que la respalda y los dos umbrales contra los que se calificó esa llamada.
Diseñar variantes de expresión design_expression_variants	¿Qué variantes optimizadas de codones de este CDS necesita un ensayo de expresión, y en qué difieren?
Consultar variante lookup_variant	Consulta una variante: interpretación clínica de ClinVar, registros de dbSNP, frecuencia poblacional y restricción génica de gnomAD, deletereidad de CADD, o asociaciones GWAS/eQTL.
Ascendencia poblacional population_ancestry	¿A qué mezcla de K poblaciones ancestrales se parece cada muestra, y qué K prefiere la entropía cruzada?
Fst poblacional population_fst	¿Cuán diferenciadas están estas poblaciones, por sitio y en promedio, con un error estándar de jackknife?
Estadísticas por sitio poblacionales population_site_stats	¿Cuáles son las estadísticas de genotipo por sitio y por muestra de este conjunto de llamadas, incluida la heterocigosidad, F y la prueba exacta de Hardy-Weinberg?
Leer llamadas de variantes read_variant_calls	Lee un conjunto de llamadas de variantes (VCF, VCF comprimido con bgzip o BCF) y devuelve los registros que coinciden con una consulta: un locus, una clase de variante, un umbral de QUAL, solo PASS, una muestra que no sea hom-ref, o una clave INFO.
Puntuar efecto de variante score_variant_effect	Puntúa sustituciones proteicas con ESM-2, tal como lo hace el predict.py propio de facebookresearch/esm en modo zero-shot: cuánto menos (o más) probable es el residuo mutante que el tipo silvestre en ese sitio, bajo un modelo de lenguaje de proteínas.
Resumen de llamadas de variantes variant_call_summary	Resume un conjunto de llamadas de variantes tal como lo hace bcftools stats: registros por clase, transiciones y transversiones con su proporción, las doce sustituciones dirigidas, longitudes de indel, recuentos por contig, el recuento de FILTER, el QU…

🧩 Proteínas, dominios y proteómica · 24 herramientas

Dominios y motivos, sitios de residuos, propiedades de proteínas y evidencia de péptidos.

Herramienta	Qué responde
Contactos antígeno-anticuerpo antibody_antigen_contacts	¿Qué residuos del anticuerpo tocan qué residuos del antígeno en este complejo, a qué distancia, y qué tipo de interacción es cada una?
Isotipo de anticuerpo antibody_isotype	¿Qué gen y alelo de inmunoglobulina constituyen la región constante de esta cadena, y dónde se sitúa cada dominio IMGT sobre ella?
Responsabilidades de anticuerpo antibody_liabilities	¿Qué responsabilidades de secuencia porta este dominio variable, y en qué región IMGT se sitúa cada una?
Molécula de anticuerpo antibody_molecule	¿Cuáles son la masa, el punto isoeléctrico, la carga a un pH dado y el coeficiente de extinción reducido y oxidado de un Fab o IgG ensamblado?
Inferencia bayesiana de proteínas bayesian_protein_inference	¿Cuál es la probabilidad posterior de que cada proteína, grupo y coincidencia esté presente?
DELTA BLAST SMART delta_blast_smart	DELTA-BLAST, ejecutado en esta máquina: construye un perfil específico de posición para una proteína a partir de los dominios conservados SMART que contiene, y luego busca otras proteínas con él (una iteración de PSI-BLAST)
Buscar motivos lineales find_linear_motifs	Motivos lineales cortos en una proteína: degrones, sitios de acoplamiento, señales de direccionamiento, sitios de escisión y modificación
Injertar CDR de anticuerpo graft_antibody_cdrs	¿Qué marco germinal humano acepta las CDR de este dominio, y cuál es la secuencia injertada?
Humanizar anticuerpo humanize_antibody	¿Qué mutaciones de marco hace Sapiens para humanizar este dominio variable, conservando las CDR parentales?
Inferir proteínas infer_proteins	¿Qué proteínas respaldan estas coincidencias péptido-espectro, y cuáles no pueden distinguirse entre sí?
Consultar proteína lookup_protein	Consulta una proteína: registros de UniProt, arquitectura de dominios InterPro/Pfam, redes de interacción STRING, expresión de Human Protein Atlas, o una estructura predicha/experimental de AlphaFold, PDB o EMDB.
Consultar sitios de residuos lookup_residue_sites	Los residuos individuales catalíticos, de unión a sustrato, de unión a metal y de interfaz que una base de datos miembro anota DENTRO de un dominio, para una proteína conocida.
Numerar anticuerpo number_antibody	¿Qué dominios variables de anticuerpo o TCR porta esta proteína, cómo están numerados, y qué germlines son las más cercanas?
Desorden proteico protein_disorder	¿Qué tramos de esta proteína predice FoldIndex como desplegados?
Desorden proteico metapredict protein_disorder_metapredict	¿Cuál es la puntuación de desorden por residuo de esta proteína, y qué regiones son IDR, según metapredict?
Perfil de membrana proteico protein_membrane_profile	¿Qué ventanas de esta proteína parecen transmembrana, globulares o de búsqueda de superficie en un gráfico de momento hidrofóbico de Eisenberg?
Perfil proteico protein_profile	¿Cómo varía una escala fisicoquímica elegida a lo largo de esta proteína?
Propiedades proteicas protein_properties	¿Cuáles son la masa, la fórmula, el punto isoeléctrico, el índice de inestabilidad y la anfipaticidad de esta proteína?
Topología proteica protein_topology	¿Qué residuos de esta proteína están dentro, en una hélice transmembrana o fuera, según el modelo HMM-TM?
RPS BLAST CDD rps_blast_cdd	RPS-BLAST de una proteína contra la Conserved Domain Database (CDD) de NCBI o una de sus colecciones miembro (Pfam, SMART, COG, KOG, PRK, TIGR, curada por NCBI), mediante NCBI Batch CD-Search.
RPS BLAST SMART rps_blast_smart	rpsblast, ejecutado en esta máquina: encuentra dominios conservados en una proteína contra los modelos de dominio SMART de NCBI (1.011 PSSM de CDD).
RPSTBLASTN SMART rpstblastn_smart	rpstblastn, ejecutado en esta máquina: encuentra dominios conservados en ADN buscando los seis marcos de lectura contra los modelos de dominio SMART de NCBI (1.011 PSSM de CDD).
Escanear sitios de motivos scan_motif_sites	¿Dónde coincide una matriz de factor de transcripción con esta secuencia, en cualquiera de las dos hebras, con un umbral fijado como fracción del rango de puntuación propio de esa matriz?
Escanear dominios proteicos scan_protein_domains	Anotación de dominios y familias proteicas de novo: envía una proteína a EMBL-EBI InterProScan y devuelve cada firma de base de datos miembro que coincide con ella

⚗️ Quimioinformática · 16 herramientas

Moléculas, conformeros, esqueletos, reacciones, espacio químico y cribado de librerías.

Herramienta	Qué responde
Acantilados de actividad activity_cliffs	Acantilados de actividad SALI (Guha & Van Drie 2008) en una lista de moléculas pequeñas con una actividad cada una: cada par puntuado como la diferencia de actividad sobre uno menos la similitud de Tanimoto de las huellas de rutas de RDKit, los más pronunciados…
Evaluar molécula pequeña assess_small_molecule	Evalúa una molécula pequeña dada como SMILES o un molfile: los descriptores de RDKit, las reglas de farmacabilidad de medchem (Lipinski, Veber, Ghose, Egan, REOS, regla de tres, CNS y más) y las lecturas propias de los artículos donde medchem dep…
Tautómero canónico canonical_tautomer	Los tautómeros de una molécula pequeña y el canónico, tal como los encuentra y puntúa el TautomerEnumerator de RDKit: 37 transformaciones de desplazamiento de hidrógeno (según MolVS y Sitzmann 2010), puntuadas por anillos aromáticos, doce grupos ponderados y…
Agrupar moléculas cluster_molecules	Agrupa o selecciona por diversidad una lista de moléculas pequeñas según 1 − Tanimoto de huellas Morgan de radio 2: exclusión esférica de Butina (RDKit ClusterData, reordenamiento opcional), selección por diversidad MaxMin (RDKit MaxMinPicker, semilla…
Comparar moléculas compare_molecules	Cuán similares son dos moléculas pequeñas: Tanimoto bajo seis huellas de RDKit (Morgan/ECFP4, par de átomos, torsión topológica, ruta de RDKit, patrón, MACCS), cada métrica de DataStructs (Tanimoto, Dice, coseno, Sokal, Russell,…
Descomponer grupos r decompose_r_groups	La descomposición de grupos R de RDKit de una lista de moléculas pequeñas sobre un núcleo dado como SMARTS (parámetros predeterminados de RGroupDecomposition): por cada estructura coincidente su núcleo y sustituyentes R1, R2 …, y las estructuras que el núcleo no…
Enumerar estados de protonación enumerate_protonation_states	Enumera los estados de protonación de una molécula pequeña a lo largo de una ventana de pH con Dimorphite-DL (Ropp et al.
Enumerar reacción enumerate_reaction	Ejecuta un SMARTS de reacción sobre listas de reactivos, cada combinación, con el motor de reacciones de RDKit: una lista por plantilla de reactivo, en el orden de las plantillas.
Generar conformeros generate_conformers	Conformeros 3D de una molécula pequeña mediante el generador de bibliotecas de torsión de OpenChemLib, cada uno puntuado y opcionalmente minimizado bajo MMFF94, MMFF94s o MMFF94s+ (cuyo MMFF94 iguala el OPTIMOL de Halgren en las 761 s… de la suite de validación)
Buscar compuesto lookup_compound	Busca un compuesto químico o fármaco: moléculas de ChEMBL, mecanismos de acción y bioactividad, propiedades de PubChem, ontología ChEBI, reacciones de Rhea o compuestos ZINC comprables.
Mapear espacio químico map_chemical_space	Componentes principales de una lista de moléculas pequeñas, calculados como los calcula prcomp de R, sobre la tabla de propiedades escalada o sobre bits Morgan de radio 2: las puntuaciones de cada estructura en PC1 y PC2, la desviación estándar de cada componente…
Mapear átomos de reacción map_reaction_atoms	Predice de qué átomo reactivo proviene cada átomo producto (mapeo átomo a átomo) con RXNMapper (Schwaller et al., Sci.
Pares moleculares emparejados matched_molecular_pairs	Pares moleculares emparejados (Hussain & Rea 2010) en una lista de moléculas pequeñas, tal como los encuentra mmpdb: pares que difieren en un cambio no mayor que un límite de átomos pesados, agrupados por el cambio como un SMIRKS de reacción, la mayoría de pares…
Red de andamiajes scaffold_network	La red de andamiajes (Kruger et al.
Buscar en biblioteca de moléculas search_molecule_library	Cuáles de una lista de moléculas pequeñas contienen una subestructura SMARTS, con la biblioteca de subestructuras de RDKit (cribado por huella de patrón, luego coincidencia de átomos).
Escribir biblioteca de estructuras write_structure_library	Escribe una lista de moléculas pequeñas como un solo archivo: SDF (V2000 o V3000), cada registro nombrado y, opcionalmente, con su SMILES canónico y descriptores de RDKit como campos de datos; o SMILES o CXSMILES, un registro por línea siguiendo…

🔬 Expresión y contraste de hipótesis · 11 herramientas

Expresión diferencial, enriquecimiento de conjuntos de genes y programas de descubrimiento sometidos a pruebas de falsación.

Herramienta	Qué responde
Describir corpus de descubrimiento describe_discovery_corpus	¿Qué contiene un corpus de descubrimiento antes de que se le aplique cualquier prueba?
Expresión diferencial differential_expression	Expresión diferencial a partir de recuentos brutos de lecturas de RNA-seq, mediante uno de los tres modelos estándar de recuentos.
Descubrir tasas de marcadores discover_flag_rates	¿Con qué frecuencia un corpus de mapas porta un promotor críptico, un sitio de empalme o una repetición que rompe la síntesis, más extremo que el azar?
Descubrir concordancia de referencias discover_reference_concordance	¿Se mantiene una clasificación de estabilidad de genes de referencia entre condiciones, y qué candidatos se clasifican bien en todas partes?
Descubrir estabilidad de referencias discover_reference_stability	¿Son los genes de referencia candidatos más o menos variables entre tejidos humanos que los genes de la misma abundancia?
Descubrir evitación de sitios discover_site_avoidance	¿Qué sitios de restricción exactos porta cada secuencia con mucha menos, o mucha más, frecuencia de la que predice una hipótesis nula declarada?
Descubrir validación de dianas discover_target_validation	¿Apoya la evidencia de un conjunto de tablas a nivel de gen una hipótesis de que un gen impulsa un fenotipo, mediante falsación secuencial?
Enriquecimiento de conjuntos de genes gene_set_enrichment	Análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes preclasificados (GSEA; Subramanian et al.
Sobrerrepresentación de conjuntos de genes gene_set_overrepresentation	Análisis de sobrerrepresentación (ORA): qué conjuntos de genes contienen más de una lista de genes de lo esperado por azar, mediante la prueba hipergeométrica unilateral contra un trasfondo, tal como la ejecuta enricher() de clusterProfiler (enrichit 0.2.6).
Ejecutar programa de descubrimiento run_discovery_programme	¿Qué hipótesis preregistradas apoya un programa de pruebas de falsación, con la tasa de falsos descubrimientos controlada en todas ellas?
Validar rasgo génico validate_gene_trait	¿Apoya la evidencia pública de expresión y GWAS una hipótesis de que un gen está implicado en un rasgo, mediante falsación secuencial?

🗄️ Bases de datos públicas y registros · 16 herramientas

Busca y obtén de NCBI, EMBL-EBI, UCSC, UniProt y más, luego pasa el registro a cualquier herramienta.

Herramienta	Qué responde
Aplicar archivo de características apply_feature_file	Coloca las características de un GTF sobre el registro.
Cancelar ejecución de investigación cancel_research_run	¿Qué hipótesis pendientes de una ejecución de investigación no deberían ejecutarse nunca?
Obtener registro fetch_record	Obtén una secuencia por número de acceso de un archivo autoritativo (NCBI Nucleotide o Protein, ENA, UniProtKB, el Registro iGEM, Addgene o la pasarela Dbfetch de EBI) y pásala aguas abajo como un registro real con sus anotaciones…
Protocolo de historial history_protocol	¿Qué protocolo de laboratorio numerado describe el historial de construcción de un constructo?
Listar bases de datos list_databases	Las bases de datos autoritativas disponibles, con lo que cubre cada una, si es accesible desde el navegador y cualquier advertencia de licencia o cobertura.
Listar muestras list_samples	Explora la biblioteca de muestras incluida: los archivos bio reales con los que puede comenzar un nuevo proyecto (plásmidos GenBank y SnapGene, conjuntos FASTA, alineamientos, trazas de Sanger, estructuras, llamadas de variantes y más), cada uno con su id, formato y…
Buscar clínico lookup_clinical	Busca evidencia clínica y traslacional: ensayos de ClinicalTrials.gov, etiquetas y eventos adversos de la FDA, asociaciones de Open Targets, evidencia de variantes de cáncer de CIViC, curación de ClinGen, cohortes de cBioPortal o dependencias de DepMap…
Buscar gen lookup_gene	Busca un gen o región genómica: registros de Ensembl, referencias cruzadas, identificadores de MyGene, datos de ensamblaje de UCSC, expresión de GTEx o tablas de BioMart.
Buscar ómicas lookup_omics	Busca registros ómicos y de regulación: experimentos de GEO y ArrayExpress, proteómica de PRIDE, MetaboLights, MGnify, experimentos y archivos de ENCODE, motivos de JASPAR o sitios de unión de factores de transcripción de UniBind.
Buscar ontología lookup_ontology	Resuelve un término de ontología, una vía o un tipo celular: ontologías de OLS, anotaciones de QuickGO, vías de Reactome, entradas de KEGG, familias de ARN de Rfam, tipos celulares y marcadores de CellGuide/PanglaoDB, o un RRID de anticuerpo.
Referencias cruzadas de cuaderno notebook_cross_refs	¿A qué plásmidos, acciones y geles hace referencia una entrada de cuaderno?
Consultar base de datos query_database	Haz una pregunta a una de las ~60 bases de datos autoritativas y pasa sus filas aguas abajo
Estado de ejecución de investigación research_run_status	¿En qué estado está una ejecución de investigación, y qué haría reanudarla?
Reanudar ejecución de investigación resume_research_run	¿A qué veredictos llega una ejecución de investigación una vez que se han ejecutado sus hipótesis fallidas, diferidas y nunca intentadas?
Buscar literatura search_literature	Busca en la literatura publicada: PubMed, Europe PMC (incluidas secciones de texto completo de acceso abierto), OpenAlex, Crossref, arXiv, preprints de bioRxiv/medRxiv o conjuntos de datos de DataCite.
Buscar registros search_records	Busca en los archivos de secuencias por texto libre (un nombre de gen, una proteína, un organismo, una frase) en NCBI Nucleotide y Protein, ENA (registros simples, conjuntos de ensamblaje WGS y TSA/TLS, y características codificantes/no codificantes anotadas…

📊 Análisis de secuencias · 35 herramientas

Todo lo demás que un científico de laboratorio le pide a una secuencia.

Herramienta	Qué responde
Secuencias del proyecto BLAST blast_project_sequences	Busca una secuencia contra tus propios registros con blastn o blastp, en esta máquina: la base de datos local se construye a partir de cada registro del proyecto del alfabeto del programa, y cada E-value se calcula a partir del ow… de esa base de datos
Búsqueda BLAST blast_search	Busca una secuencia contra NCBI BLAST+ en EMBL-EBI (blastn, blastp, blastx, tblastn o tblastx) sobre ENA, UniProtKB, PDB y los conjuntos de cribado de vectores.
Comprobar decaimiento del ensayo check_assay_decay	¿Con qué frecuencia los oligos de un ensayo publicado no coinciden con los genomas que circulan ahora, y en qué parte de cada oligo se sitúan los desajustes?
Comprobar especificidad de cebadores check_primer_specificity	Comprueba pares de cebadores en busca de productos fuera de su molde, como hace NCBI Primer-BLAST, y los clasifica según ello: cada cebador distinto se busca contra una base de datos de secuencias en EMBL-EBI con BLAST de consulta corta, las coincidencias se emparejan…
Comprobar filas check_rows	¿Cada fila de esta tabla cumple la regla, y qué filas la incumplieron?
Recuentos de cortes enzimáticos enzyme_cut_counts	¿Cuántas veces corta cada enzima esta molécula?
Filtrar elementos filter_items	¿Qué filas de esta tabla cumplen la condición, y cuántas se descartaron?
Buscar ORFs find_orfs	¿Qué marcos de lectura abiertos porta esta molécula, en ambas hebras?
Buscar SNPs en cebadores find_primer_snps	Encuentra SNPs conocidos bajo los cebadores, la comprobación que hace NCBI Primer-BLAST con "Primer binding site may not contain known SNP".
Plegar ARN fold_rna	¿Cuál es la estructura secundaria de mínima energía libre de esta secuencia, y su energía libre?
Iones fragmento fragment_ions	¿Qué iones fragmento teóricos produce este péptido, en cada carga?
Contenido GC gc_content	¿Cuál es la fracción GC de esta secuencia, en conjunto o a lo largo de una ventana deslizante?
PCA de genotipos genotype_pca	¿Qué estructura poblacional muestran estos genotipos en sus componentes principales?
Envolvente isotópica isotope_envelope	¿Qué patrón isotópico aproximado muestra este péptido o fórmula: las alturas y masas de M, M+1, M+2 y más allá?
Composición isotópica isotopic_composition	¿Qué composición isotópica es más probable que porte este péptido, y qué abundancia tiene?
Desequilibrio de ligamiento linkage_disequilibrium	¿Cuánto desequilibrio de ligamiento hay entre cada par de sitios bialélicos, y qué sitios sobreviven a la poda?
Cargar traza load_trace	Lee una traza de Sanger (.ab1 / .scf / .ztr) y entrega sus LLAMADAS DE BASES como un registro, con la calidad por base y los límites de recorte al lado.
Enmascarar secuencia mask_sequence	Enmascara las partes de una secuencia sobre las que una búsqueda de similitud no debería sembrar, usando los tres enmascaradores propios de BLAST: DUST para ADN con sesgo composicional (poli-A, repeticiones simples), SEG para el equivalente en proteínas, y WindowMasker para…
Identificar parte por secuencia match_part_by_sequence	Identifica un tramo de ADN preguntando al iGEM Registry qué parte publicada porta exactamente esas bases, y devuelve la descripción propia de esa parte, su rol en Sequence Ontology, su cita bibliográfica y su licencia.
Lista de verificación MIQE miqe_checklist	¿Qué elementos de MIQE 2.0 aporta un artículo de qPCR, y dónde, o por qué se omiten?
Clasificar genes de referencia rank_reference_genes	¿Qué genes de referencia candidatos son más estables en esta placa, según geNorm, NormFinder, BestKeeper, delta-Ct comparativo y su consenso?
Leer MGF read_mgf	¿Qué espectros contiene este archivo MGF?
Leer mzML read_mzml	¿Qué espectros, precursores y metadatos de adquisición contiene esta ejecución mzML?
Leer estructura read_structure	¿Qué hay en este archivo de estructura: cadenas, secuencias, ligandos, disolvente, disulfuros, residuos modificados, factores B, celda, resolución y experimento?
Composición del registro record_composition	¿De qué está hecho este registro: peso molecular bajo su propia topología, GC y AT, y el censo por símbolo?
Expresión relativa relative_expression	¿Cuánto cambia la expresión de un gen entre grupos, según delta-delta-Ct, delta-Ct o el modelo de curva estándar, con una prueba de significación a petición?
Complemento inverso reverse_complement	¿Cuál es el complemento inverso de esta secuencia, con sus anotaciones trasladadas?
Escanear terminadores intrínsecos scan_intrinsic_terminators	¿Qué terminadores independientes de rho porta esta secuencia bacteriana, y qué tan buenos son cada horquilla y cola?
Escanear promotores sigma70 scan_sigma70_promoters	¿Qué promotores sigma70 porta esta secuencia bacteriana, y qué tan fuerte es cada uno según el modelo biofísico de La Fleur-Hossain-Salis?
Escanear sitios de empalme scan_splice_sites	¿Qué donadores y aceptores de empalme codifica esta secuencia, según la fuerza de máxima entropía y la tipicidad frente a sitios medidos de Arabidopsis?
Puntuar espectro score_spectrum	¿Qué tan bien coincide este espectro MS/MS con este péptido, según X!Tandem HyperScore?
Dimensionar fragmentos size_fragments	Dimensiona los picos de una ejecución de análisis de fragmentos (.fsa / .hid) frente a su propio estándar de tamaño, y los entrega como longitudes en bases.
Resumir filas summarize_rows	¿Cuál es el resumen de esta columna de la tabla: su mayor, menor, mediana, media o dispersión, en conjunto o por grupo?
q-values objetivo-señuelo target_decoy_qvalues	¿Qué q-value recibe cada coincidencia péptido-espectro por competición objetivo-señuelo, y cuántas superan un umbral?
Traducir secuencia translate_sequence	¿Qué proteína codifica este ADN, bajo el código genético elegido?

🔗 Pipelines y registros de laboratorio · 13 herramientas

Encadena herramientas en flujos de trabajo reproducibles, exporta registros, mantén notas de laboratorio.

Herramienta	Qué responde
Construir depósito de addgene build_addgene_deposit	Rellena la propia hoja de cálculo de depósito de Addgene a partir de un registro: una fila por plásmido con su nombre y secuencia, más tus respuestas para cada plásmido (propósito, tipo de plásmido, método de clonación, resistencia, cepa de crecimiento y los demás…
Comparar construcciones compare_constructions	Alinea los procedimientos de construcción de dos constructos paso a paso, en orden
Colección de enzimas enzyme_collection	Resuelve una de tus colecciones de enzimas guardadas a los nombres de enzimas que contiene, para que un paso posterior pueda escanear, digerir o diseñar con 'mi conjunto Golden Gate' por nombre en lugar de con lo que esté seleccionado en ese momento.
Exportar registro de construcción export_construction_record	Escribe la construcción registrada de un constructo como documento: una sección de métodos, una hoja de cálculo de pasos, el registro completo decodificado, la molécula que porta su propia historia como calificadores GenBank, toda la estrategia como un d… de OpenCloning
Exportar mapa SVG export_map_svg	¿Cómo se ve el mapa circular de esta molécula como figura de publicación?
Exportar traza export_trace	Escribe una lectura de Sanger en cualquiera de los ocho formatos que ofrece la sección Export del editor de trazas, y devuelve el archivo como TEXT en el pipeline en lugar de como descarga.
Obtener historial de construcción get_construction_history	De qué se CONSTRUYÓ un constructo: las operaciones registradas, las moléculas que consumieron, cuántas rondas de profundidad tiene la construcción, y de cuál de las 5 fuentes proviene el registro.
Listar plantillas de flujo de trabajo list_workflow_templates	Los flujos de trabajo iniciales integrados
Planificar experimento de rnaseq plan_rnaseq_experiment	Para un experimento de RNA-seq que evalúa miles de genes a una tasa de falsos descubrimientos objetivo, ¿cuántas réplicas biológicas por grupo se necesitan, y qué potencia da un número dado?
Recordar preferencia de laboratorio remember_lab_preference	Recuerda lo que usa este laboratorio, para que el programa de PCR, el diseño de cebadores y la optimización de codones partan de ello: la polimerasa, la longitud de cebador y las ventanas de GC, y el hospedador de expresión.
Ejecutar flujo de trabajo run_workflow	Ejecuta un grafo de flujo de trabajo: nodos que nombran herramientas, cables que llevan la salida de un nodo a la entrada de otro, $whenExpression para hacer condicional un paso, y scatter para ejecutar un paso una vez por elemento de una lista.
Guardar colección de enzimas save_enzyme_collection	Guarda un conjunto de enzimas como colección con nombre en tu panel Enzyme Collections, para que un escaneo que encontró las enzimas que vale la pena conservar termine conservándolas en lugar de pedirte que vuelvas a escribir la lista.
Validar flujo de trabajo validate_workflow	¿Se ejecutaría este grafo de flujo de trabajo?

❓ Preguntas frecuentes

¿Necesito una cuenta o una clave de API? No. Añade la URL y listo.

¿Se almacenan mis datos? No. El servidor no tiene estado y no conserva nada entre llamadas. Algunas herramientas consultan bases de datos públicas (NCBI, EMBL-EBI, UCSC, UniProt) con exactamente la consulta que solicitaste.

¿Qué asistentes funcionan? Cualquier cliente MCP: Claude, Claude Code, ChatGPT, Cursor, VS Code, Windsurf, Cline, y frameworks de agentes que hablen MCP.

¿Cómo sé que un resultado es correcto? Cada resultado nombra el método, los parámetros y las entradas que lo respaldan, y cada motor se prueba contra la implementación de referencia de su campo antes de publicarse. Si encuentras una respuesta incorrecta, abre un issue: las respuestas incorrectas se tratan como errores.

¿Hay una interfaz visual? Sí. El mismo motor se ejecuta en tu navegador en jeanslabs.vercel.app: un editor de plásmidos y secuencias con simulación de clonación, diseño de cebadores, vistas de gel y Sanger. Gratis, sin cuenta.

Acerca de

Jean (se pronuncia como gene) es software propietario de Melad Labs, © Melad Labs, todos los derechos reservados, ofrecido como el servicio alojado anterior. Este repositorio es su listado público y no contiene código fuente. La entrada del registro io.github.genmnz/jean y el catálogo anterior se mantienen actualizados automáticamente.

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