PDB MCP Server

PDB MCP Server

Un servidor de Model Context Protocol (MCP) que proporciona acceso al Protein Data Bank (PDB), el repositorio mundial de información sobre las estructuras 3D de proteínas, ácidos nucleicos y ensamblajes complejos.

Características

Herramientas

• search_structures: Busca estructuras de proteínas en la base de datos PDB por palabra clave, nombre de proteína o ID de PDB.
• get_structure_info: Obtén información detallada de una estructura PDB específica.
• download_structure: Descarga coordenadas de estructura en varios formatos (PDB, mmCIF, mmTF, XML).
• search_by_uniprot: Encuentra estructuras PDB asociadas a un acceso de UniProt.
• get_structure_quality: Obtén métricas de calidad de estructura y datos de validación.

Recursos

• pdb://structure/{pdb_id}: Información completa de la estructura para un ID de PDB.
• pdb://coordinates/{pdb_id}: Coordenadas de la estructura en formato PDB.
• pdb://mmcif/{pdb_id}: Datos de la estructura en formato mmCIF.
• pdb://validation/{pdb_id}: Datos de validación de la estructura y métricas de calidad.
• pdb://ligands/{pdb_id}: Información de ligandos y sitios de unión.
• pdb://search/{query}: Resultados de búsqueda de estructuras que coinciden con la consulta.

Instalación

npm install
npm run build

Uso

Con Claude Desktop

Añade a tu claude_desktop_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "pdb-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/pdb-server/build/index.js"]
    }
  }
}

Consultas de ejemplo

1. Buscar estructuras de insulina:

   Use the search_structures tool to find insulin protein structures
   

2. Obtener información sobre una estructura específica:

   Get detailed information about PDB structure 1ABC using get_structure_info
   

3. Descargar coordenadas de estructura:

   Download the PDB file for structure 1ABC using download_structure
   

4. Encontrar estructuras para una proteína de UniProt:

   Find PDB structures for UniProt accession P01308 using search_by_uniprot
   

5. Comprobar la calidad de la estructura:

   Get validation metrics for PDB structure 1ABC using get_structure_quality
   

6. Acceder a los recursos directamente:

   Show me the resource pdb://structure/1abc
   

Integración con API

Este servidor se integra con:

• RCSB PDB REST API (https://data.rcsb.org/): Para metadatos e información de estructuras.
• RCSB PDB Search API (https://search.rcsb.org/): Para capacidades de búsqueda avanzada.
• RCSB PDB File Download (https://files.rcsb.org/): Para descargas de archivos de estructura.

Formatos de datos de estructura

• PDB: Formato original del Protein Data Bank.
• mmCIF: Archivo de Información Cristalográfica Macromolecular (estándar más reciente).
• mmTF: Formato de Transmisión Macromolecular (binario, comprimido).
• XML: Formato de Lenguaje de Marcado Extensible.

Métricas de calidad

El servidor proporciona varios indicadores de calidad de estructura:

• Resolución (para cristalografía de rayos X)
• Valores R-work y R-free
• Estadísticas del gráfico de Ramachandran
• Puntuaciones de choque
• Valores atípicos de rotámeros
• Puntuaciones de validación del modelo

Servidores complementarios

Este servidor PDB funciona bien con:

• UniProt MCP Server: Para información de secuencia y función de proteínas.
• AlphaFold MCP Server: Para estructuras de proteínas predichas.

Juntos, proporcionan un acceso completo a los datos de estructura y función de proteínas.

Manejo de errores

El servidor incluye un manejo robusto de errores para:

• IDs de PDB no válidos
• Problemas de conectividad de red
• Limitación de velocidad de API
• Archivos de estructura faltantes
• Solicitudes malformadas

Desarrollo

# Install dependencies
npm install

# Build the server
npm run build

# Run in development mode
npm run dev

Atribución

Este proyecto es desarrollado por Augmented Nature 🌐 Sitio web: augmentednature.ai

Citación

Si utilizas este proyecto en tu investigación o publicaciones, por favor cítalo de la siguiente manera:

author = {Moudather Chelbi},
title = {Protein Data Bank (PDB) MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/PDB-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}