Taiwan-Health-MCP Server

A Model Context Protocol (MCP) server exposing Taiwan healthcare datasets such as ICD-10 and drug information for AI agents.

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Documentation

Taiwan Health MCP Server

台灣醫療健康資料整合 MCP 伺服器 整合 ICD-10-CM/PCS、SNOMED CT、LOINC、台灣 FDA 藥品 / 健康補充品 / 食品營養、臨床指引，以及 FHIR R4 IG 授權與驗證工具

FHIR Python MCP License

以官方 mcp SDK（mcp.server.fastmcp.FastMCP）建構，對外提供約 51 個工具，涵蓋 12 個工具群組。專為高吞吐量的生產級 SaaS 部署設計。

專案特色

  • 台灣在地化資料：台灣 FDA 藥品（含仿單 / 外觀 / OCR 分析）、健康補充品、食品營養、臨床指引、TWCore IG。
  • 國際術語支援：ICD-10-CM/PCS 2025、SNOMED CT International、LOINC 2.80、FHIR R4。
  • FHIR IG 授權工具：多 IG（package-scoped）剖面 / ValueSet 查詢、術語驗證、骨架填值（skeleton-fill）資源產生與驗證。
  • 語意 / 混合搜尋：以 Ollama 嵌入模型（qwen3-embedding）為基礎，無嵌入時自動退回關鍵字搜尋。
  • 動態工具啟用：依各模組資料載入狀態自動註冊 / 移除可用 MCP 工具。
  • 管理後台：可選的 Admin Console（上傳來源檔、執行 / 排程匯入、管理設定與外部 FHIR 伺服器、即時監控背景工作）。
  • 生產部署設計：PostgreSQL 16（pgvector）、pgBouncer、Redis、MinIO、Prometheus、背景 worker。

快速開始

git clone https://github.com/audi0417/Taiwan-Health-MCP.git
cd Taiwan-Health-MCP
cp .env.example .env                          # 設定 POSTGRES_PASSWORD、ADMIN_* 等
docker compose up -d                          # postgres / pgbouncer / redis / minio / app / admin-worker

載入資料（透過管理後台）

資料匯入由 Admin Console 觸發、交由 admin-worker 背景執行（不再有獨立的 CLI data-loader 容器）。

  1. 在 .env 啟用管理後台：

    ADMIN_ENABLED=true
ADMIN_USERNAME=admin
# python -c "import hashlib; print('sha256$' + hashlib.sha256(b'change-me').hexdigest())"
ADMIN_PASSWORD_HASH=sha256$...
ADMIN_SESSION_SECRET=change_this_admin_session_secret

    重新啟動 app（docker compose up -d）後，於 http://<host>:8000/admin 登入。

  2. 在 Modules 頁籤依模組匯入資料：

    • 需上傳來源檔（在 Sources / Modules 上傳後按匯入）：ICD-10-CM/PCS、LOINC、SNOMED CT、FHIR IG（package.tgz）。
    • 由 API 自動抓取（直接按匯入或設定排程）：藥品（TFDA，三階段:索引 → 爬取豐富 → OCR/LLM 分析）、健康補充品、食品營養。
    • 內建種子資料（直接執行）：臨床指引。

  3. 嵌入（語意搜尋）會在各模組匯入後自動回填，也可於模組頁面單獨重建。

匯入進度、步驟時間軸與即時日誌可在 Tasks 頁籤查看。詳見管理後台文件與背景工作與排程。

工具群組

群組工具
ICD-10search_medical_codes、infer_complications、get_nearby_codes、check_medical_conflict、browse_icd_category
藥品 / TFDAsearch_drug、identify_unknown_pill、get_drug_details、get_drug_asset_links
檢驗 / LOINCsearch_loinc、query_loinc、interpret_lab_result、batch_interpret_lab_results
臨床指引search_clinical_guideline、query_guideline
SNOMED CTsearch_snomed_concept、query_snomed_concept、get_snomed_relationships、query_snomed_mapping
FHIR Conditionquery_fhir_condition、validate_fhir_condition
FHIR Medicationquery_fhir_medication、validate_fhir_medication
FHIR IG（授權 / 驗證）fhir_list_igs、fhir_get_ig、fhir_list_artifacts、fhir_search_artifacts、fhir_list_resource_profiles、fhir_rank_resource_profiles、fhir_get_profile、fhir_get_profile_elements、fhir_get_valueset、fhir_expand_valueset、fhir_lookup_code、fhir_validate_code、fhir_normalize_code、fhir_resolve_reference、fhir_build_bundle、fhir_validate_resource、fhir_validate_bundle、fhir_get_resource_skeleton、fhir_finalize_resource
健康補充品search_health_supplements
食品營養query_food_nutrition、query_food_ingredient、search_foods_by_nutrient、analyze_meal_nutrition
FHIR 伺服器list_fhir_servers、get_fhir_server_status、crud_fhir_server
系統health_check

模組相關工具會依資料載入狀態自動啟用 / 停用；FHIR 伺服器與系統工具則永遠註冊。

連接客戶端

伺服器同時提供兩種介面,皆在同一個 app 容器、同一個埠(預設 8000):

介面端點適用客戶端
MCP（streamable-http）http://<host>:8000/mcp原生 MCP 客戶端(Claude Desktop、Open WebUI v0.6.31+ 的 MCP 連線等)
OpenAPI bridgeGET http://<host>:8000/openapi.json、POST http://<host>:8000/tools/<工具名>僅支援 OpenAPI 工具伺服器的客戶端(如 Open WebUI 的 External Tools / OpenAPI 類型)
  • MCP:客戶端填 http://<host>:8000/mcp。
  • OpenAPI:/openapi.json 依「目前已啟用的工具」動態產生 OpenAPI 3.1 規格;每個工具對應 POST /tools/<工具名>,以 JSON body 當參數呼叫。客戶端只要填基底網址 http://<host>:8000,會自動抓 /openapi.json。

例:在 Open WebUI → Settings → Tools 以 OpenAPI 類型新增工具伺服器,URL 填 http://<host>:8000 即可列出全部工具。

注意:這兩個介面目前皆未強制驗證(與既有設計一致);對外開放時請在前面加反向代理或 token。

資料庫 Schema

audit | admin | icd | drug | health_supplements | food_nutrition | loinc | guideline | fhir（multi-IG）| snomed | rxnorm

完整定義見 db/schema.sql（PostgreSQL 容器首次啟動時自動套用），增量變更見 db/migrations/。

管理後台（選用）

預設停用。於 .env 設定 ADMIN_ENABLED=true 並提供 ADMIN_USERNAME / ADMIN_PASSWORD_HASH / ADMIN_SESSION_SECRET 後，可於 /admin 存取 Admin Console，用於上傳來源檔、執行與排程資料匯入、管理設定與外部 FHIR 伺服器，以及監控由 admin-worker 執行的背景工作。詳見 docs/admin/。

開發與測試

pip install -r requirements.txt
pip install pytest pytest-asyncio
python -m pytest tests/ -v

文件

完整文件請見 docs/ 與 MkDocs 設定（mkdocs.yml）。

致謝

  • 台灣衛生福利部、TFDA
  • Regenstrief Institute（LOINC）
  • SNOMED International
  • National Library of Medicine（RxNorm / UMLS）
  • HL7 International（FHIR）
  • WHO