Evo2 MCP

Servidor MCP para gerar, pontuar e incorporar sequências genômicas usando Evo 2

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evo2-mcp#

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BioContextAI - Registry Tests Documentation

O servidor evo2-mcp expõe o Evo 2 como um servidor Model Context Protocol (MCP), fornecendo ferramentas para análise de sequências genômicas. Qualquer cliente compatível com MCP pode usar essas ferramentas para pontuar, incorporar e gerar sequências de DNA.

Recursos#

  • Pontuação de Sequências: Calcular log-probabilidades para sequências de DNA
  • Incorporação de Sequências: Extrair representações aprendidas de camadas intermediárias do modelo
  • Geração de Sequências: Gerar novas sequências de DNA com amostragem controlada
  • Predição de Efeito de Variantes: Pontuar mutações SNP para priorização de variantes
  • Múltiplos Checkpoints de Modelo: Suporte para modelos de parâmetros 7B, 40B e 1B

Introdução#

Pré‑requisitos: Python 3.12

  1. Instalar dependências do Evo2: Consulte o Guia de Instalação para detalhes.
    conda install -c nvidia cuda-nvcc cuda-cudart-dev
    conda install -c conda-forge transformer-engine-torch=2.3.0
    pip install flash-attn==2.8.0.post2 --no-build-isolation
    pip install evo2
  2. Instalar o evo2-mcp:
    pip install evo2-mcp
  3. Ativar o servidor MCP: Adicione o seguinte à configuração do mcp.json:
    {
    "mcpServers": {
    "evo2-mcp": {
    "command": "python",
    "args": ["-m", "evo2_mcp.main"]
    }
    }
    }

Para instruções detalhadas de instalação, consulte o Guia de Instalação.

Uso#

Após a instalação, o servidor pode ser acessado por qualquer cliente compatível com MCP. Para ferramentas disponíveis e exemplos de uso, consulte a Documentação de Ferramentas.

Ferramentas Disponíveis#

  • score_sequence - Avaliar a probabilidade de sequências de DNA
  • embed_sequence - Extrair representações de características
  • generate_sequence - Gerar novas sequências de DNA
  • score_snp - Prever efeitos de variantes
  • get_embedding_layers - Listar camadas de incorporação disponíveis
  • list_available_checkpoints - Mostrar checkpoints de modelo suportados

Consulte a Documentação de Ferramentas para referência detalhada da API e exemplos.

Documentação#

Você também pode encontrar este projeto no BioContextAI, o hub comunitário para servidores MCP biomédicos.

Citação#

Se você usar evo2-mcp em sua pesquisa, cite:

@software{evo2_mcp, author = {Kreuer, Jules}, title = {evo2-mcp: MCP server for Evo 2 genomic sequence operations}, year = {2025}, url = {https://github.com/not-a-feature/evo2-mcp}, version = {0.2.3} }

Para o modelo Evo 2 subjacente, cite também a publicação original do Evo 2.

Licença e Atribuição#

A imagem de banner neste repositório é uma versão modificada do banner original do Evo 2 do projeto Evo 2, lançado sob a Licença Apache 2.0. Foi modificada usando Google Gemini "Nanobana" e GIMP.

Introdução

Ferramentas e Uso

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