BioMCP

Aprimora grandes modelos de linguagem com capacidades de análise de estrutura de proteínas, incluindo análise de sítio ativo e buscas de proteínas relacionadas a doenças, conectando-se ao RCSB Protein Data Bank.

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Documentação

BioMCP: Habilitando P&D biomédico baseado em agentes

smithery badge BioMCP

Visão Geral

O BioMCP é um servidor Model Context Protocol (MCP) projetado para aprimorar modelos de linguagem de grande escala com capacidades de análise de estrutura de proteínas. Ele fornece ferramentas para analisar sítios ativos de proteínas e buscar proteínas relacionadas a doenças, por meio da interface com bancos de dados de proteínas estabelecidos.

O trabalho futuro será centrado em habilitar agentes a utilizar o BioMCP.

Recursos

  • Análise de Sítio Ativo: Examine os sítios de ligação e resíduos funcionais de proteínas usando IDs PDB
  • Busca de Proteínas Relacionadas a Doenças: Encontre estruturas de proteínas associadas a doenças ou condições médicas específicas
  • Acesso Integrado a Dados: Conecte-se perfeitamente ao RCSB Protein Data Bank (PDB)

Detalhes Técnicos

O BioMCP implementa o Model Context Protocol, permitindo que modelos de linguagem acessem conhecimento especializado sobre estrutura de proteínas sem exigir que essas informações façam parte de seus dados de treinamento. O servidor gerencia conexões de API, formatação de dados e tratamento de erros para fornecer insights confiáveis sobre estrutura de proteínas.

Endpoints de API

O BioMCP expõe duas ferramentas principais:

  1. analyze-active-site: Fornece informações detalhadas sobre sítios de ligação de proteínas usando um ID PDB
  2. search-disease-proteins: Retorna proteínas relacionadas a doenças ou condições médicas especificadas

Primeiros Passos

Instalação via Smithery

Para instalar o BioMCP para Claude Desktop automaticamente via Smithery:

npx -y @smithery/cli install @acashmoney/bio-mcp --client claude

Instalação Manual

# Clone the repository
git clone https://github.com/acashmoney/bio-mcp.git

# Install dependencies
npm install

# Start the server
npm start

Instruções de Configuração

Executando o MCP Inspector

  1. Inicie o servidor BioMCP:

    npm start

  2. Em um terminal separado, instale o MCP Inspector globalmente (se ainda não estiver instalado):

    npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector

  3. Inicie o MCP Inspector e conecte-se ao seu servidor BioMCP local:

    npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js

  4. Use a interface do inspector para testar ferramentas e visualizar respostas.

Usando com Claude Desktop

  1. Compile o servidor BioMCP:

    npm run build

  2. Configure o Claude Desktop para iniciar o servidor MCP:

    a. Localize o arquivo config.json do Claude Desktop (normalmente no diretório do usuário)

    b. Edite o config.json para incluir o caminho de compilação do servidor BioMCP. Exemplo de configuração:

    {
  "globalShortcut": "",
  "mcpServers": {
    "bio-mcp": {
      "command": "node",
      "args": [
        "/path/to/your/build/index.js"
      ]
    }
  }
}

    c. Substitua /path/to/your/build pelo caminho real do diretório do projeto.

  3. Reinicie o Claude Desktop para que as alterações tenham efeito.

  4. Agora você pode fazer perguntas ao Claude que utilizam as ferramentas do BioMCP:

    • "Quais são os resíduos-chave no sítio ativo da estrutura PDB 6LU7?"
    • "Encontre proteínas relacionadas à doença de Alzheimer"

Exemplo de Uso

Quando integrado a um modelo de linguagem compatível, o Bio-MCP permite consultas como:

  • "Quais são os resíduos-chave no sítio ativo da estrutura PDB 6LU7?"
  • "Encontre proteínas relacionadas à doença de Alzheimer"

Requisitos

  • Node.js 20.0.0 ou superior
  • TypeScript 5.0+
  • Implementação de cliente MCP compatível

Testes

O BioMCP inclui uma suíte de testes abrangente com testes unitários, de integração e de ponta a ponta.

Executando Testes

Execute todos os testes:

npm test

Execute suítes de testes específicas:

# Unit tests only
npm run test:unit

# Integration tests only (API interactions)
npm run test:integration

# End-to-end tests only
npm run test:e2e

Linting

Verifique a qualidade do código:

npm run lint

Corrija problemas de linting automaticamente:

npm run lint:fix

Roteiro

  • Expandir o nível de detalhe para descrições de sítios ativos
  • Aproveitar coordenadas 3-D
  • Ferramentas para interface com literatura
  • Ferramentas para interface com modelos de biologia computacional:
    • RFdiffusion
    • ProteinMPNN
    • ColabFold
    • Ferramentas adicionais de design de proteínas e predição de estrutura
  • Pipelines de pesquisa baseados em agentes
  • Introduzir cliente com ferramentas de visualização de proteínas