bioRxiv

bioRxiv MCP Server

🔍 Permita que assistentes de IA pesquisem e acessem artigos do bioRxiv por meio de uma interface MCP simples.

O servidor MCP bioRxiv fornece uma ponte entre assistentes de IA e o repositório de preprints do bioRxiv através do Model Context Protocol (MCP). Ele permite que modelos de IA pesquisem preprints de biologia e acessem seus metadados de forma programática.

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✨ Recursos Principais

• 🔎 Pesquisa de Artigos: Consulte artigos do bioRxiv com palavras-chave ou busca avançada ✅
• 🚀 Recuperação Eficiente: Acesso rápido aos metadados dos artigos ✅
• 📊 Acesso a Metadados: Recupere metadados detalhados para artigos específicos ✅
• 📊 Suporte à Pesquisa: Facilite a pesquisa e análise em ciências biológicas ✅
• 📄 Acesso a Artigos: Baixe e leia o conteúdo dos artigos 📝
• 📋 Listagem de Artigos: Veja todos os artigos baixados 📝
• 🗃️ Armazenamento Local: Os artigos são salvos localmente para acesso mais rápido 📝
• 📝 Prompts de Pesquisa: Um conjunto de prompts especializados para análise de artigos 📝

🚀 Início Rápido

Pré-requisitos

• Python 3.10+
• Biblioteca FastMCP

Instalação

1. Clone o repositório:

   git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git
   cd bioRxiv-MCP-Server
   

2. Instale as dependências necessárias:

   pip install -r requirements.txt
   

Instalação via Smithery

Para instalar o bioRxiv Server para Claude Desktop automaticamente via Smithery:

claude

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"

Cursor

Cole o seguinte em Configurações → Configurações do Cursor → MCP → Adicionar novo servidor:

• Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}" 

Windsurf

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"

CLine

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"

Uso com Claude Desktop

Adicione esta configuração ao seu claude_desktop_config.json:

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"]
      }
  }
}

(versão Windows):

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "biorxiv-mcp-server"
      ]
    }
  }
}

Usando com Cline

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/biorxiv_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

📊 Uso

Inicie o servidor MCP:

python biorxiv_server.py

🛠 Ferramentas MCP

O servidor MCP bioRxiv fornece as seguintes ferramentas:

1. search_biorxiv_key_words: Pesquise artigos no bioRxiv usando palavras-chave.
2. search_biorxiv_advanced: Realize uma busca avançada por artigos no bioRxiv com múltiplos parâmetros.
3. get_biorxiv_metadata: Obtenha metadados de um artigo do bioRxiv usando seu DOI.

Pesquisando Artigos

Você pode pedir ao assistente de IA para pesquisar artigos usando consultas como:

Can you search bioRxiv for recent papers about genomics?

Obtendo Detalhes do Artigo

Depois de ter um DOI, você pode pedir mais detalhes:

Can you show me the metadata for the paper with DOI 10.1101/123456?

📁 Estrutura do Projeto

• biorxiv_server.py: A implementação principal do servidor MCP usando FastMCP
• biorxiv_web_search.py: Contém a lógica de web scraping para pesquisar no bioRxiv

🔧 Dependências

• Python 3.10+
• FastMCP
• asyncio
• logging

🤝 Contribuindo

Contribuições são bem-vindas! Sinta-se à vontade para enviar um Pull Request.

📄 Licença

Este projeto está licenciado sob a Licença MIT.

⚠️ Aviso Legal

Esta ferramenta é apenas para fins de pesquisa. Respeite os termos de serviço do bioRxiv e use esta ferramenta com responsabilidade.