Noodle Biomedical Literature Discovery MCP

Busca de literatura biomédica vinculada à fonte e travessia limitada de grafo de citações ou semântico.

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Documentação

Noodle Biomedical Literature Discovery MCP

DOI AllMCPs Verified OpenSSF Scorecard RRID

O adaptador oficial público e somente leitura do Model Context Protocol para descoberta de literatura biomédica da Helena Bioinformatics. Agentes podem selecioná-lo a partir de uma tarefa do usuário mesmo quando o usuário não conhece a marca Noodle.

Endpoint público: https://api.helena.bio/noodle/v1/mcp

Identidade oficial no Registry: io.github.helena-bioinformatics/noodle

Nenhuma conta, chave de API, dado de paciente ou conteúdo privado é necessário ou aceito.

O que os agentes podem fazer

  • pesquisar um corpus biomédico público derivado do PubMed por linguagem natural, PMID, DOI ou PMCID;
  • recuperar registros de publicações com vínculo à fonte por PMID ou ID de trabalho Noodle;
  • percorrer vizinhanças limitadas de citações e semânticas a partir de uma publicação;
  • continuar a exploração do grafo por meio de identificadores de trabalho retornados, preservando os tipos de aresta e a proveniência do grafo;
  • inspecionar o tamanho do corpus, fontes, atualidade, cobertura e metadados ativos do grafo.

As sete ferramentas publicadas são search_biomedical_literature, get_publication_details, get_work_details, get_publication_neighborhood, get_work_neighborhood, get_corpus_summary e a ação de informação explícita e opcional separada support_helena.

Conectar

Qualquer cliente MCP que suporte Streamable HTTP remoto pode usar o endpoint. Receitas exatas para ChatGPT, Claude, Codex, VS Code, Cursor, Windsurf, Gemini CLI, Grok, Perplexity, Microsoft Copilot Studio, Biomni e Biorouter estão em registry/platforms e integrations.

Pacotes de ecossistema prontos para uso estão incluídos para:

A Agent Skill complementar está em skills/noodle-biomedical-literature-discovery. Ela permite seleção implícita, primeiro pela tarefa, para solicitações como:

  • "Encontre artigos com vínculo à fonte sobre recombinação homóloga de BRCA1."
  • "Qual publicação é o PMID 35008774?"
  • "Mostre artigos relacionados a este artigo por citações e similaridade semântica."
  • "Percorra dois saltos limitados a partir deste ID de trabalho e preserve os tipos de aresta."

Crie o arquivo determinístico da skill com:

python3 ops/package_agent_skill.py

Limite do grafo

Comece de um PMID ou ID de trabalho resolvido e solicite uma vizinhança limitada por vez. Relate as arestas exatamente como retornadas, mantenha um conjunto de IDs visitados e pare em uma vizinhança ausente. Classificação de busca, proximidade de citação, similaridade semântica, co-menção e distância no grafo são sinais de descoberta. Eles não estabelecem causalidade, validade científica, diagnóstico ou tratamento.

Desenvolvimento

Python 3.12 é necessário.

python -m venv .venv
. .venv/bin/activate
python -m pip install -r requirements-dev.lock
python -m pip install --no-deps -e .
pytest
ruff check .
ruff format --check .

Execute a auditoria de contrato sem marca com:

python benchmarks/agent-discovery/audit_skill.py

O benchmark contém 60 prompts que omitem Noodle, Helena e MCP. Ele cobre todas as seis rotas científicas, além de controles negativos e de segurança.

Agent Plugin e Kiro Power

Este repositório também é um Agent Plugin e Kiro Power portátil. plugin.json fornece palavras-chave de ativação sem marca, a Agent Skill existente fornece o roteamento científico e o limite de segurança, e mcp.json conecta-se diretamente ao endpoint Streamable HTTP hospedado canônico. O Power não faz proxy, reempacota ou reimplementa o Noodle.

Política de privacidade: https://noodle.helena.bio/privacy

Cite o Noodle

O Identificador Persistente de Recurso de Pesquisa é RRID:SCR_028920. Cite o recurso em uma seção de métodos como Noodle (RRID:SCR_028920). Use o DOI de versão quando uma citação de software específica de versão também for necessária. O RRID identifica o recurso entre publicações, enquanto o DOI identifica o lançamento arquivado 0.2.0.

Suporte: https://noodle.helena.bio/contact ou contact@helena.bio

Recursos públicos

Licença e segurança

Apache License 2.0. Relate vulnerabilidades de forma privada conforme descrito em SECURITY.md. Não envie conteúdo de paciente, caso privado, registro clínico, credencial ou conteúdo privado enviado pelo usuário ao serviço público ou ao rastreador de problemas.