PubMed MCP Server

PubMed MCP Server

🔍 Permita que assistentes de IA pesquisem, acessem e analisem artigos do PubMed por meio de uma interface MCP simples.

O PubMed MCP Server fornece uma ponte entre assistentes de IA e o vasto repositório de literatura biomédica do PubMed por meio do Model Context Protocol (MCP). Ele permite que modelos de IA pesquisem artigos científicos, acessem seus metadados e realizem análises aprofundadas de forma programática.

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✨ Recursos Principais

• 🔎 Pesquisa de Artigos: Consulte artigos do PubMed com palavras-chave ou busca avançada ✅
• 🚀 Recuperação Eficiente: Acesso rápido aos metadados dos artigos ✅
• 📊 Acesso a Metadados: Recupere metadados detalhados de artigos específicos ✅
• 📊 Suporte à Pesquisa: Facilite a pesquisa e análise em ciências biomédicas ✅
• 📄 Acesso a Artigos: Tente baixar o conteúdo em PDF do texto completo ✅
• 🧠 Análise Aprofundada: Realize análises abrangentes de artigos ✅
• 📝 Prompts de Pesquisa: Um conjunto de prompts especializados para análise de artigos ✅

🚀 Início Rápido

Pré-requisitos

• Python 3.10+
• Biblioteca FastMCP

Instalação

Instalando via Smithery

Para instalar o pubmed-mcp-server para Claude Desktop automaticamente via Smithery:

claude

npx -y @smithery/cli install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client claude

Cursor

Cole o seguinte em Configurações → Configurações do Cursor → MCP → Adicionar novo servidor:

• Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cursor --config "{}" 

Windsurf

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client windsurf --config "{}"

CLine

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cline --config "{}"

1. Clone o repositório:

   git clone https://github.com/JackKuo666/PubMed-MCP-Server.git
   cd PubMed-MCP-Server
   

2. Instale as dependências necessárias:

   pip install -r requirements.txt
   

📊 Uso

Inicie o servidor MCP:

python pubmed_server.py

Uso com Claude Desktop

Adicione esta configuração ao seu claude_desktop_config.json:

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubmed-mcp-server"]
      }
  }
}

(versão Windows):

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
      "args": [
        "D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubMed-MCP-Server\\pubmed_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

Usando com Cline

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubmed/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubmed-mcp-server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

🛠 Ferramentas MCP

O PubMed MCP Server fornece as seguintes ferramentas:

1. search_pubmed_key_words: Pesquise artigos no PubMed usando palavras-chave.
2. search_pubmed_advanced: Realize uma busca avançada por artigos no PubMed com múltiplos parâmetros.
3. get_pubmed_article_metadata: Recupere metadados de um artigo do PubMed usando seu PMID.
4. download_pubmed_pdf: Tente baixar o PDF do texto completo de um artigo do PubMed.
5. deep_paper_analysis: Realize uma análise abrangente de um artigo do PubMed.

Pesquisando Artigos

Você pode pedir ao assistente de IA para pesquisar artigos usando consultas como:

Can you search PubMed for recent papers about CRISPR?

Obtendo Detalhes do Artigo

Depois de ter um PMID, você pode solicitar mais detalhes:

Can you show me the metadata for the paper with PMID 12345678?

Analisando Artigos

Você pode solicitar uma análise aprofundada de um artigo:

Can you perform a deep analysis of the paper with PMID 12345678?

📁 Estrutura do Projeto

• pubmed_server.py: A implementação principal do servidor MCP usando FastMCP
• pubmed_web_search.py: Contém a lógica para pesquisar no PubMed e recuperar informações de artigos

🔧 Dependências

• Python 3.10+
• FastMCP
• asyncio
• logging
• requests
• beautifulsoup4

🤝 Contribuição

Contribuições são bem-vindas! Sinta-se à vontade para enviar um Pull Request.

📄 Licença

Este projeto está licenciado sob a Licença MIT.

⚠️ Aviso

Esta ferramenta é apenas para fins de pesquisa. Respeite os termos de serviço do PubMed e use esta ferramenta com responsabilidade.