OpenCRAVAT

Anotación de variantes genéticas

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Prueba este MCPPatrocinado

Documentación

Servidor MCP de OpenCRAVAT

Este repositorio contiene un servidor MCP (Model Context Protocol) que expone la anotación de variantes impulsada por OpenCRAVAT como herramientas invocables. Se ejecuta como un Cloudflare Worker (a través de Wrangler) y envía solicitudes a los servicios públicos de OpenCRAVAT.

Qué proporciona este servidor

Expone herramientas MCP que permiten a un cliente MCP:

  • Descubrir qué anotadores de OpenCRAVAT se están ejecutando (un conjunto predeterminado curado).
  • Inspeccionar los esquemas de salida de los anotadores (nombres de campos/tipos/descripciones).
  • Anotar variantes mediante:
    • coordenadas genómicas (crom/pos/ref/alt). Acepta solo coordenadas GRCh38/hg38.
    • rsID de dbSNP
    • ID del Registro de Alelos de ClinGen (CAid)
    • HGVS (g./c./p.)
  • Convertir una notación de cambio de sentido de proteína (por ejemplo, BRAF V600E) en cambios HGVS genómicos candidatos de GRCh38 (a través de SynVar), que luego puede pasar a la anotación HGVS.

Conexión

Este servidor MCP está alojado de forma remota en

https://mcp.opencravat.org/mcp

También se puede ejecutar localmente.

Claude

Para conectarse a Claude, siga estas instrucciones. Use la URL anterior y no configure autenticación. No se necesitan datos específicos del usuario para que el MCP funcione. Recuerde habilitar el MCP para su chat.

ChatGPT

Para conectarse con ChatGPT, debe habilitar el modo desarrollador y luego agregar una aplicación personalizada:

  • Abra Configuración
  • Vaya a Aplicaciones
  • En Configuración avanzada, use el interruptor para activar "Modo desarrollador"
  • Haga clic en Crear aplicación
  • Use la URL anterior como "URL del servidor MCP"
  • Establezca Autenticación en "Sin autenticación"
  • Agregue un nombre a la aplicación MCP que reconozca fácilmente, como "OpenCRAVAT"

Tendrá que agregar el MCP a un nuevo chat usando el ícono + en la parte inferior izquierda del cuadro de chat.

Ejecución local

Requisitos previos:

  • Node.js (lo suficientemente reciente para herramientas modernas de TypeScript; se recomienda Node 18+)
  • npm

Instale las dependencias:

npm install

Inicie el servidor de desarrollo (Wrangler):

npm start

Por defecto, su punto final MCP será:

http://localhost:8787/mcp

Conectar Claude Desktop

Para conectar su servidor MCP desde Claude Desktop, siga la Guía de inicio rápido de Anthropic y dentro de Claude Desktop vaya a Configuración > Desarrollador > Editar configuración.

Actualice con esta configuración:

{
  "mcpServers": {
    "OpenCRAVAT": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "mcp-remote",
        "http://localhost:8787/mcp"
      ]
    }
  }
}

Reinicie Claude y debería ver que las herramientas están disponibles.