Evo2 MCP

Servidor MCP para generar, puntuar y embeber secuencias genómicas usando Evo 2

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Contenido

evo2-mcp#

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BioContextAI - Registry Tests Documentation

El servidor evo2-mcp expone Evo 2 como un servidor de Model Context Protocol (MCP), proporcionando herramientas para el análisis de secuencias genómicas. Cualquier cliente compatible con MCP puede usar estas herramientas para puntuar, incrustar y generar secuencias de ADN.

Características#

  • Puntuación de secuencias: Calcular log-probabilidades para secuencias de ADN
  • Incrustación de secuencias: Extraer representaciones aprendidas de capas intermedias del modelo
  • Generación de secuencias: Generar nuevas secuencias de ADN con muestreo controlado
  • Predicción de efectos de variantes: Puntuar mutaciones SNP para la priorización de variantes
  • Múltiples puntos de control del modelo: Soporte para modelos de 7B, 40B y 1B parámetros

Primeros Pasos#

Requisitos previos: Python 3.12

  1. Instalar dependencias de Evo2: Consulte la Guía de instalación para más detalles.
    conda install -c nvidia cuda-nvcc cuda-cudart-dev
    conda install -c conda-forge transformer-engine-torch=2.3.0
    pip install flash-attn==2.8.0.post2 --no-build-isolation
    pip install evo2
  2. Instalar evo2-mcp:
    pip install evo2-mcp
  3. Activar el servidor MCP: Añade lo siguiente a tu configuración de mcp.json:
    {
    "mcpServers": {
    "evo2-mcp": {
    "command": "python",
    "args": ["-m", "evo2_mcp.main"]
    }
    }
    }

Para instrucciones de instalación detalladas, consulte la Guía de instalación.

Uso#

Una vez instalado, el servidor puede ser accedido por cualquier cliente compatible con MCP. Para las herramientas disponibles y ejemplos de uso, consulte la Documentación de herramientas.

Herramientas disponibles#

  • score_sequence - Evaluar la probabilidad de secuencias de ADN
  • embed_sequence - Extraer representaciones de características
  • generate_sequence - Generar nuevas secuencias de ADN
  • score_snp - Predecir efectos de variantes
  • get_embedding_layers - Listar capas de incrustación disponibles
  • list_available_checkpoints - Mostrar puntos de control de modelo compatibles

Consulte la Documentación de herramientas para la referencia detallada de la API y ejemplos.

Documentación#

También puedes encontrar este proyecto en BioContextAI, el centro comunitario para servidores MCP biomédicos.

Cita#

Si usas evo2-mcp en tu investigación, por favor cita:

@software{evo2_mcp, author = {Kreuer, Jules}, title = {evo2-mcp: MCP server for Evo 2 genomic sequence operations}, year = {2025}, url = {https://github.com/not-a-feature/evo2-mcp}, version = {0.2.3} }

Para el modelo Evo 2 subyacente, por favor cite también la publicación original de Evo 2.

Licencia y atribución#

La imagen de banner en este repositorio es una versión modificada del banner de Evo 2 original del proyecto Evo 2, que se publica bajo la Licencia Apache 2.0. Fue modificada usando Google Gemini “Nanobana” y GIMP.

Primeros Pasos

Herramientas y uso

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