Nextflow Developer Tools

Nextflow Developer Tools MCP

Un servidor de Model Context Protocol (MCP) diseñado para el desarrollo y pruebas de Nextflow, construido con FastMCP.

[!WARNING] Este MCP está diseñado para desarrollar Nextflow en sí mismo, no para escribir pipelines de Nextflow.

Descripción general

Este MCP proporciona un conjunto de herramientas para el desarrollo de Nextflow, incluyendo:

• Compilar Nextflow desde el código fuente
• Ejecutar pruebas (pruebas de integración, pruebas específicas, pruebas de plugins)
• Ejecutar la versión de desarrollo de Nextflow
• Gestionar el directorio de desarrollo de Nextflow
• Acceder a la documentación de Nextflow

Instalación

Requisitos previos

• Claude Desktop App
• Python 3.8+ con pip
• Repositorio Git de Nextflow (clonado localmente)

Instalación con FastMCP para usar en Claude Desktop

1. Instale la herramienta CLI de FastMCP:

pip install fastmcp

2. Clone este repositorio:

git clone https://github.com/yourusername/nextflow-dev-mcp.git
cd nextflow-dev-mcp

3. Instale el MCP en Claude Desktop:

fastmcp install mcp-nextflow.py

Esto hará que el MCP esté disponible en la aplicación Claude Desktop.

Instalación con FastMCP para usar en Cursor

1. Obtenga la ruta del entorno virtual que incluye la herramienta CLI de FastMCP. Si está usando uv, esta se encontrará en el directorio .venv.
2. Obtenga el directorio de su repositorio clonado de Nextflow.
3. Agregue el siguiente JSON a los servidores MCP de Cursor:

{
    "mcpServers": {
        "server-name": {
            "command": "/path/to/your/.venv/bin/python",
            "args": [
                "/path/to/your/mcp-nextflow/mcp-nextflow.py"
            ],
            "env": {
                "NEXTFLOW_DIR": "/path/to/your/nextflow"
            }
        }
    }
}

Luego, debería poder usar el MCP en Cursor. En modo Agente, pida al agente que "pruebe el plugin nf-amazon" y debería ejecutar make test module=plugins:nf-amazon.

Configuración de variables de entorno

Puede especificar el directorio de Nextflow durante la instalación:

NEXTFLOW_DIR=/path/to/your/nextflow fastmcp install mcp-nextflow.py

Uso con Claude

Una vez instalado, puede acceder al MCP en la aplicación Claude Desktop:

1. Abra Claude Desktop
2. Haga clic en el botón del menú Tools en la interfaz de Claude
3. Seleccione Nextflow Developer Tools de la lista de MCP instalados

Uso con Cursor

Cursor es un editor de código impulsado por IA que funciona con Claude. Para usar el MCP con Cursor:

1. Asegúrese de haber instalado el MCP como se describió anteriormente
2. Abra su proyecto de Nextflow en Cursor
3. En un chat con Claude en Cursor, puede hacer referencia al MCP:

   Using the Nextflow Developer Tools, run the integration tests for the nf-amazon plugin