BioMCP

Mejora los modelos de lenguaje grandes con capacidades de análisis de estructura de proteínas, incluyendo análisis de sitios activos y búsquedas de proteínas relacionadas con enfermedades, mediante la conexión al RCSB Protein Data Bank.

GitHub
19

Documentación

BioMCP: Habilitando I+D biomédico basado en agentes

smithery badge BioMCP

Resumen

BioMCP es un servidor de Protocolo de Contexto de Modelo (MCP) diseñado para mejorar los modelos de lenguaje grandes con capacidades de análisis de estructura de proteínas. Proporciona herramientas para analizar sitios activos de proteínas y buscar proteínas relacionadas con enfermedades mediante la interacción con bases de datos de proteínas establecidas.

El trabajo futuro se centrará en permitir que los agentes utilicen BioMCP.

Características

  • Análisis de Sitios Activos: Examina los sitios de unión y residuos funcionales de proteínas utilizando IDs de PDB
  • Búsqueda de Proteínas por Enfermedad: Encuentra estructuras de proteínas asociadas con enfermedades o condiciones médicas específicas
  • Acceso Integrado a Datos: Conéctate sin problemas con el Banco de Datos de Proteínas RCSB (PDB)

Detalles Técnicos

BioMCP implementa el Protocolo de Contexto de Modelo, permitiendo que los modelos de lenguaje accedan a conocimiento especializado sobre estructuras de proteínas sin requerir que esta información sea parte de sus datos de entrenamiento. El servidor maneja conexiones API, formato de datos y manejo de errores para proporcionar información confiable sobre estructuras de proteínas.

Endpoints de API

BioMCP expone dos herramientas principales:

  1. analyze-active-site: Proporciona información detallada sobre sitios de unión de proteínas utilizando un ID de PDB
  2. search-disease-proteins: Devuelve proteínas relacionadas con enfermedades o condiciones médicas especificadas

Primeros Pasos

Instalación mediante Smithery

Para instalar BioMCP para Claude Desktop automáticamente mediante Smithery:

npx -y @smithery/cli install @acashmoney/bio-mcp --client claude

Instalación Manual

# Clone the repository
git clone https://github.com/acashmoney/bio-mcp.git

# Install dependencies
npm install

# Start the server
npm start

Instrucciones de Configuración

Ejecutando el Inspector MCP

  1. Inicia el servidor BioMCP:

    npm start

  2. En una terminal separada, instala el Inspector MCP globalmente (si aún no está instalado):

    npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector

  3. Lanza el Inspector MCP y conéctate a tu servidor BioMCP local:

    npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js

  4. Usa la interfaz del inspector para probar herramientas y ver respuestas.

Uso con Claude Desktop

  1. Compila el servidor BioMCP:

    npm run build

  2. Configura Claude Desktop para lanzar el servidor MCP:

    a. Localiza tu archivo config.json de Claude Desktop (típicamente en tu directorio de usuario)

    b. Edita el config.json para incluir la ruta de compilación del servidor BioMCP. Ejemplo de configuración:

    {
  "globalShortcut": "",
  "mcpServers": {
    "bio-mcp": {
      "command": "node",
      "args": [
        "/path/to/your/build/index.js"
      ]
    }
  }
}

    c. Reemplaza /path/to/your/build con tu ruta real al directorio del proyecto.

  3. Reinicia Claude Desktop para que los cambios surtan efecto.

  4. Ahora puedes hacer preguntas a Claude que utilicen las herramientas de BioMCP:

    • "¿Cuáles son los residuos clave en el sitio activo de la estructura PDB 6LU7?"
    • "Encuentra proteínas relacionadas con la enfermedad de Alzheimer"

Ejemplo de Uso

Cuando se integra con un modelo de lenguaje compatible, Bio-MCP permite consultas como:

  • "¿Cuáles son los residuos clave en el sitio activo de la estructura PDB 6LU7?"
  • "Encuentra proteínas relacionadas con la enfermedad de Alzheimer"

Requisitos

  • Node.js 20.0.0 o superior
  • TypeScript 5.0+
  • Implementación de cliente MCP compatible

Pruebas

BioMCP incluye un conjunto completo de pruebas con pruebas unitarias, de integración y de extremo a extremo.

Ejecutando Pruebas

Ejecuta todas las pruebas:

npm test

Ejecuta conjuntos de pruebas específicos:

# Unit tests only
npm run test:unit

# Integration tests only (API interactions)
npm run test:integration

# End-to-end tests only
npm run test:e2e

Linting

Verifica la calidad del código:

npm run lint

Corrige problemas de linting automáticamente:

npm run lint:fix

Hoja de Ruta

  • Expandir el nivel de detalle para descripciones de sitios activos
  • Aprovechar coordenadas 3-D
  • Herramientas para interactuar con literatura
  • Herramientas para interactuar con modelos de biología computacional:
    • RFdiffusion
    • ProteinMPNN
    • ColabFold
    • Herramientas adicionales de diseño de proteínas y predicción de estructuras
  • Pipelines de investigación basados en agentes
  • Introducir cliente con herramientas de visualización de proteínas