bioRxiv

Servidor MCP de bioRxiv

🔍 Permite a los asistentes de IA buscar y acceder a artículos de bioRxiv a través de una interfaz MCP simple.

El servidor MCP de bioRxiv proporciona un puente entre los asistentes de IA y el repositorio de preprints de bioRxiv a través del Protocolo de Contexto de Modelo (MCP). Permite a los modelos de IA buscar preprints de biología y acceder a sus metadatos de forma programática.

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✨ Características principales

• 🔎 Búsqueda de artículos: Consulta artículos de bioRxiv con palabras clave o búsqueda avanzada ✅
• 🚀 Recuperación eficiente: Acceso rápido a los metadatos de los artículos ✅
• 📊 Acceso a metadatos: Recupera metadatos detallados para artículos específicos ✅
• 📊 Soporte de investigación: Facilita la investigación y el análisis en ciencias biológicas ✅
• 📄 Acceso a artículos: Descarga y lee el contenido de los artículos 📝
• 📋 Listado de artículos: Ver todos los artículos descargados 📝
• 🗃️ Almacenamiento local: Los artículos se guardan localmente para un acceso más rápido 📝
• 📝 Indicaciones de investigación: Un conjunto de indicaciones especializadas para el análisis de artículos 📝

🚀 Inicio rápido

Requisitos previos

• Python 3.10+
• Biblioteca FastMCP

Instalación

1. Clona el repositorio:

   git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git
   cd bioRxiv-MCP-Server
   

2. Instala las dependencias requeridas:

   pip install -r requirements.txt
   

Instalación mediante Smithery

Para instalar el Servidor bioRxiv para Claude Desktop automáticamente mediante Smithery:

claude

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"

Cursor

Pega lo siguiente en Configuración → Configuración de Cursor → MCP → Agregar nuevo servidor:

• Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}" 

Windsurf

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"

CLine

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"

Uso con Claude Desktop

Agrega esta configuración a tu claude_desktop_config.json:

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"]
      }
  }
}

(Versión de Windows):

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "biorxiv-mcp-server"
      ]
    }
  }
}

Uso con Cline

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/biorxiv_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

📊 Uso

Inicia el servidor MCP:

python biorxiv_server.py

🛠 Herramientas MCP

El servidor MCP de bioRxiv proporciona las siguientes herramientas:

1. search_biorxiv_key_words: Busca artículos en bioRxiv usando palabras clave.
2. search_biorxiv_advanced: Realiza una búsqueda avanzada de artículos en bioRxiv con múltiples parámetros.
3. get_biorxiv_metadata: Obtén metadatos de un artículo de bioRxiv usando su DOI.

Búsqueda de artículos

Puedes pedirle al asistente de IA que busque artículos usando consultas como:

Can you search bioRxiv for recent papers about genomics?

Obtención de detalles del artículo

Una vez que tengas un DOI, puedes pedir más detalles:

Can you show me the metadata for the paper with DOI 10.1101/123456?

📁 Estructura del proyecto

• biorxiv_server.py: La implementación principal del servidor MCP usando FastMCP
• biorxiv_web_search.py: Contiene la lógica de web scraping para buscar en bioRxiv

🔧 Dependencias

• Python 3.10+
• FastMCP
• asyncio
• logging

🤝 Contribuciones

¡Las contribuciones son bienvenidas! No dudes en enviar un Pull Request.

📄 Licencia

Este proyecto está licenciado bajo la Licencia MIT.

⚠️ Aviso legal

Esta herramienta es solo para fines de investigación. Respeta los términos de servicio de bioRxiv y usa esta herramienta de manera responsable.