Noodle Biomedical Literature Discovery MCP

Búsqueda de literatura biomédica vinculada a fuentes y recorrido acotado de grafos de citas o semánticos.

GitHub

Documentación

Noodle Biomedical Literature Discovery MCP

DOI AllMCPs Verified OpenSSF Scorecard RRID

El adaptador oficial público y de solo lectura del Model Context Protocol para el descubrimiento de literatura biomédica de Helena Bioinformatics. Los agentes pueden seleccionarlo a partir de una tarea de usuario incluso cuando el usuario no conoce la marca Noodle.

Endpoint público: https://api.helena.bio/noodle/v1/mcp

Identidad oficial en el Registro: io.github.helena-bioinformatics/noodle

No se requiere ni se acepta cuenta, clave de API, datos de pacientes ni contenido privado.

Qué pueden hacer los agentes

  • buscar un corpus biomédico público derivado de PubMed por lenguaje natural, PMID, DOI o PMCID;
  • recuperar registros de publicaciones con enlaces a fuentes por PMID o ID de trabajo de Noodle;
  • recorrer vecindarios acotados de citas y semánticos a partir de una publicación;
  • continuar la exploración del grafo mediante identificadores de trabajo devueltos, preservando los tipos de aristas y la procedencia del grafo;
  • inspeccionar el tamaño del corpus, las fuentes, la frescura, la cobertura y los metadatos activos del grafo.

Las siete herramientas publicadas son search_biomedical_literature, get_publication_details, get_work_details, get_publication_neighborhood, get_work_neighborhood, get_corpus_summary y la acción de información explícita de aceptación voluntaria separada support_helena.

Conectar

Cualquier cliente MCP que admita Streamable HTTP remoto puede usar el endpoint. Las recetas exactas para ChatGPT, Claude, Codex, VS Code, Cursor, Windsurf, Gemini CLI, Grok, Perplexity, Microsoft Copilot Studio, Biomni y Biorouter se encuentran en registry/platforms y integrations.

Se incluyen paquetes de ecosistema listos para usar para:

La habilidad de agente complementaria está en skills/noodle-biomedical-literature-discovery. Permite la selección implícita y prioritaria de tareas para solicitudes como:

  • "Busca artículos con enlaces a fuentes sobre recombinación homóloga de BRCA1".
  • "¿Qué publicación es el PMID 35008774?"
  • "Muestra artículos relacionados con este artículo mediante citas y similitud semántica".
  • "Recorre dos saltos acotados desde este ID de trabajo y conserva los tipos de aristas".

Construye el archivo determinista de la habilidad con:

python3 ops/package_agent_skill.py

Límite del grafo

Comienza desde un PMID o ID de trabajo resuelto y solicita un vecindario acotado a la vez. Informa las aristas exactamente como se devuelven, mantén un conjunto de IDs visitados y detente ante un vecindario faltante. El rango de búsqueda, la proximidad de citas, la similitud semántica, la co-mencioón y la distancia en el grafo son señales de descubrimiento. No establecen causalidad, validez científica, diagnóstico ni tratamiento.

Desarrollo

Se requiere Python 3.12.

python -m venv .venv
. .venv/bin/activate
python -m pip install -r requirements-dev.lock
python -m pip install --no-deps -e .
pytest
ruff check .
ruff format --check .

Ejecuta la auditoría de contrato ciega a la marca con:

python benchmarks/agent-discovery/audit_skill.py

El punto de referencia contiene 60 indicaciones que omiten Noodle, Helena y MCP. Cubre las seis rutas científicas más los controles negativos y de seguridad.

Agent Plugin y Kiro Power

Este repositorio también es un Agent Plugin y Kiro Power portátil. plugin.json proporciona palabras clave de activación ciegas a la marca, la habilidad de agente existente suministra el enrutamiento científico y el límite de seguridad, y mcp.json se conecta directamente al endpoint canónico alojado de Streamable HTTP. El Power no actúa como proxy, no reempaqueta ni reimplementa Noodle.

Política de privacidad: https://noodle.helena.bio/privacy

Citar Noodle

El identificador persistente de recurso de investigación es RRID:SCR_028920. Cita el recurso en una sección de métodos como Noodle (RRID:SCR_028920). Usa el DOI de versión cuando también se necesite una cita de software específica de versión. El RRID identifica el recurso en todas las publicaciones, mientras que el DOI identifica la versión archivada 0.2.0.

Soporte: https://noodle.helena.bio/contact o contact@helena.bio

Recursos públicos

Licencia y seguridad

Apache License 2.0. Informa vulnerabilidades de forma privada como se describe en SECURITY.md. No envíes contenido de pacientes, casos privados, registros clínicos, credenciales ni contenido privado cargado al servicio público ni al rastreador de incidencias.