PubMed MCP Server

PubMed MCP Server

🔍 Habilite a los asistentes de IA para buscar, acceder y analizar artículos de PubMed a través de una interfaz MCP simple.

El servidor MCP de PubMed proporciona un puente entre los asistentes de IA y el vasto repositorio de literatura biomédica de PubMed a través del Protocolo de Contexto de Modelo (MCP). Permite a los modelos de IA buscar artículos científicos, acceder a sus metadatos y realizar análisis profundos de manera programática.

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✨ Características principales

• 🔎 Búsqueda de artículos: Consulta artículos de PubMed con palabras clave o búsqueda avanzada ✅
• 🚀 Recuperación eficiente: Acceso rápido a los metadatos de los artículos ✅
• 📊 Acceso a metadatos: Recupera metadatos detallados de artículos específicos ✅
• 📊 Soporte de investigación: Facilita la investigación y el análisis en ciencias biomédicas ✅
• 📄 Acceso a artículos: Intenta descargar el contenido PDF de texto completo ✅
• 🧠 Análisis profundo: Realiza un análisis exhaustivo de los artículos ✅
• 📝 Prompts de investigación: Un conjunto de prompts especializados para el análisis de artículos ✅

🚀 Inicio rápido

Requisitos previos

• Python 3.10+
• Biblioteca FastMCP

Instalación

Instalación mediante Smithery

Para instalar pubmed-mcp-server para Claude Desktop automáticamente mediante Smithery:

claude

npx -y @smithery/cli install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client claude

Cursor

Pegue lo siguiente en Configuración → Configuración de Cursor → MCP → Agregar nuevo servidor:

• Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cursor --config "{}" 

Windsurf

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client windsurf --config "{}"

CLine

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cline --config "{}"

1. Clona el repositorio:

   git clone https://github.com/JackKuo666/PubMed-MCP-Server.git
   cd PubMed-MCP-Server
   

2. Instala las dependencias requeridas:

   pip install -r requirements.txt
   

📊 Uso

Inicia el servidor MCP:

python pubmed_server.py

Uso con Claude Desktop

Agrega esta configuración a tu claude_desktop_config.json:

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubmed-mcp-server"]
      }
  }
}

(Versión de Windows):

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
      "args": [
        "D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubMed-MCP-Server\\pubmed_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

Uso con Cline

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubmed/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubmed-mcp-server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

🛠 Herramientas MCP

El servidor MCP de PubMed proporciona las siguientes herramientas:

1. search_pubmed_key_words: Busca artículos en PubMed usando palabras clave.
2. search_pubmed_advanced: Realiza una búsqueda avanzada de artículos en PubMed con múltiples parámetros.
3. get_pubmed_article_metadata: Obtiene metadatos de un artículo de PubMed usando su PMID.
4. download_pubmed_pdf: Intenta descargar el PDF de texto completo de un artículo de PubMed.
5. deep_paper_analysis: Realiza un análisis exhaustivo de un artículo de PubMed.

Búsqueda de artículos

Puedes pedirle al asistente de IA que busque artículos usando consultas como:

Can you search PubMed for recent papers about CRISPR?

Obtención de detalles del artículo

Una vez que tengas un PMID, puedes solicitar más detalles:

Can you show me the metadata for the paper with PMID 12345678?

Análisis de artículos

Puedes solicitar un análisis profundo de un artículo:

Can you perform a deep analysis of the paper with PMID 12345678?

📁 Estructura del proyecto

• pubmed_server.py: La implementación principal del servidor MCP usando FastMCP
• pubmed_web_search.py: Contiene la lógica para buscar en PubMed y recuperar información de artículos

🔧 Dependencias

• Python 3.10+
• FastMCP
• asyncio
• logging
• requests
• beautifulsoup4

🤝 Contribuciones

¡Las contribuciones son bienvenidas! No dudes en enviar una solicitud de extracción (Pull Request).

📄 Licencia

Este proyecto está licenciado bajo la Licencia MIT.

⚠️ Aviso legal

Esta herramienta es solo para fines de investigación. Respeta los términos de servicio de PubMed y úsala de manera responsable.