gtex-eqtl-skill

Lấy các liên kết eQTL từ một mô của GTEx từ một đầu vào biến thể bằng cách chấp nhận đầu vào rsID, GRCh37 hoặc GRCh38 và phân giải thành truy vấn GRCh38 cần thiết cho…

Operating rules

Use Python requests for all network calls.
Accept exactly one of rsid, grch37, grch38, or variant, and resolve to a GRCh38 chrom-pos-ref-alt query.
Convert to GTEx variantId format: chr{chrom}_{pos}_{ref}_{alt}_b38.
Always return one JSON object (no markdown) as final output.

Input

Accept JSON on stdin as either:

A string: "10-112998590-C-T" (treated as GRCh38)
An object:

{
  "grch38": "10-112998590-C-T",
  "max_results": 200
}

Other accepted object forms include:

{
  "grch37": "10-114758349-C-T"
}

{
  "rsid": "rs7903146",
  "max_results": 50
}

Allowed variant separators include -, :, _, /, or whitespace, for example:

10-112998590-C-T
10:112998590-C-T
10:112998590:C:T
chr10 112998590 C T

max_results is optional and truncates returned eQTL rows when provided.

Output

Success shape:

{
  "ok": true,
  "source": "gtex-v2",
  "input": {"type": "grch38", "value": "10-112998590-C-T"},
  "query_variant": {
    "chr": "10",
    "pos": 112998590,
    "ref": "C",
    "alt": "T",
    "canonical": "10:112998590-C-T",
    "variant_id": "chr10_112998590_C_T_b38"
  },
  "eqtl_count": 2,
  "eqtl_count_total": 2,
  "truncated": false,
  "eqtls": [],
  "paging_info": {},
  "warnings": []
}

Failure shape:

{
  "ok": false,
  "error": {"code": "...", "message": "..."},
  "warnings": []
}

Execution

Use:

scripts/gtex_eqtl.py

The script reads JSON from stdin and prints JSON to stdout.

Example:

echo '{"grch38":"10-112998590-C-T","max_results":5}' | python scripts/gtex_eqtl.py

Operating rules

Input

Output

Execution

Thêm skills từ openai