PubCrawl

npx add-mcp 'https://pubcrawl-production-feb9.up.railway.app/mcp'

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✨ O que é o PubCrawl?

O PubCrawl conecta seu assistente de IA (Claude Desktop, Cursor ou qualquer cliente compatível com MCP) diretamente às fontes primárias que clínicos e pesquisadores realmente usam — para que você possa fazer uma pergunta em linguagem simples e obter uma resposta fundamentada em PubMed, Europe PMC, bulas da FDA/Reino Unido e ClinicalTrials.gov, com PMIDs, IDs NCT e DOIs reais que você pode verificar.

Cada ferramenta é um wrapper fino e determinístico sobre uma API oficial. Nada é inventado; cada resultado cita sua fonte.

O que nenhum outro servidor MCP faz

Pergunte "compare as bulas dos EUA e do Reino Unido para semaglutida" e o PubCrawl puxa ambas as bulas ao vivo e mapeia seções equivalentes — Indicações e Uso dos EUA ↔ 4.1 Indicações terapêuticas do Reino Unido, e assim por diante — para que as diferenças fiquem visíveis em vez de presumidas:

	Informações de Prescrição dos EUA	SmPC do Reino Unido
Indicações	controle glicêmico · reduzir o risco de MACE em DM2 com DCV estabelecida · reduzir o risco de declínio sustentado da TFGe, DRT e morte CV em DM2 com DRC	apenas controle glicêmico — desfechos CV e renais aparecem como referências cruzadas às seções §4.4/4.5/5.1, não como indicações
Contraindicações	histórico pessoal ou familiar de CMT ou NEM 2 · hipersensibilidade	apenas hipersensibilidade

Uma alegação cardiovascular que é aprovada nos EUA promove uma indicação não licenciada no Reino Unido. Se você escreve, revisa ou verifica textos médicos para ambos os mercados, essa lacuna é o trabalho inteiro — e compare_labels é a única ferramenta MCP que a expõe.

Todo o resto

• 🔬 14 ferramentas em literatura, bulas de medicamentos e ensaios clínicos
• 🧾 Verificável por design — resultados vinculam de volta ao DailyMed, eMC, PubMed e ClinicalTrials.gov
• 📰 Pré-prints via Europe PMC — traga trabalhos à tona antes da publicação formal
• 🆓 Sem necessidade de chaves de API (uma chave NCBI gratuita e opcional aumenta os limites de taxa do PubMed)
• 🧪 Totalmente tipado, testado e verificado por CI — recuperação de literatura controlada pelo OpenGATE, e bulas e ensaios pelo benchmark de fidelidade no repositório, a cada lançamento

Construído pela PharmaTools.AI.

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🚀 Início rápido (60 segundos)

1. Adicione o PubCrawl à configuração do seu cliente — sem etapa de instalação, npx o busca na primeira execução.

Para Claude Desktop, edite claude_desktop_config.json:

• macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "pubcrawl": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pharmatools/pubcrawl"]
    }
  }
}

2. Reinicie seu cliente. O PubCrawl aparece em + → Conectores.

3. Pergunte:

"Compare as bulas dos EUA e do Reino Unido para atorvastatina e encontre ensaios de Fase 3 recentes para ela."

É isso. → Mais exemplos · Chave de API e outras opções

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🧰 Ferramentas

📚 Literatura

Ferramenta	O que faz
search_pubmed	Pesquise no PubMed com filtros de intervalo de datas, tipo de artigo e ordem de classificação. Retorna PMIDs, títulos, autores, periódicos e DOIs.
search_europepmc	Pesquise no Europe PMC — um corpus mais amplo que o PubMed, que também indexa pré-prints (bioRxiv, medRxiv) e patentes. Cada resultado inclui um trecho do resumo, contagem de citações, status de acesso aberto e um sinalizador de pré-print. Filtre para apenas pré-prints ou acesso aberto.
get_abstract	Obtenha o resumo estruturado completo de um artigo — dividido em seções rotuladas (contexto, métodos, resultados, conclusões) com palavras-chave e termos MeSH.
get_full_text	Recupere o texto completo de artigos de acesso aberto do PubMed Central, com seções analisadas, legendas de figuras/tabelas e contagens de referências.
find_related	Encontre artigos semelhantes usando o algoritmo de vizinhança do PubMed, classificados por pontuação de relevância.
format_citation	Gere uma citação formatada nos estilos APA, Vancouver, Harvard ou BibTeX.
trending_papers	Encontre artigos recentes sobre um tópico, com filtragem opcional para periódicos de alto impacto (Nature, Science, Cell, NEJM, Lancet, JAMA, etc.).

💊 Bulas de medicamentos

Ferramenta	O que faz
resolve_drug_name	Converta um nome de marca de medicamento para seu genérico (ou um genérico para seus nomes de marca nos EUA), com classe do medicamento e indicações comuns. Determinístico, via RxNorm/openFDA — sem IA.
get_uspi	Puxe seções das Informações de Prescrição dos EUA via openFDA (citadas ao DailyMed) — indicações, dosagem, advertências, contraindicações e mais.
get_smpc	Recupere o Resumo das Características do Medicamento do Reino Unido do eMC — o equivalente britânico das informações de prescrição dos EUA, com seções SmPC numeradas.
compare_labels	Comparação lado a lado das bulas dos EUA (USPI) e do Reino Unido (SmPC) para o mesmo medicamento, pareando seções equivalentes (Indicações dos EUA ↔ 4.1 do Reino Unido). Um lado ausente é sempre explicado, seções cortadas são sinalizadas truncated, e us_drug / uk_drug fixam um nome diferente por mercado (Farxiga / Forxiga).
search_by_indication	Encontre medicamentos aprovados para uma condição médica. Pesquisa bulas da FDA via openFDA e depois cruza a disponibilidade no Reino Unido no eMC.

🧫 Ensaios clínicos

Ferramenta	O que faz
search_trials	Pesquise ensaios clínicos no ClinicalTrials.gov. Filtre por condição, intervenção, status de recrutamento e fase. Retorna IDs NCT, patrocinadores, inscrições e links.
get_trial	Obtenha detalhes completos de um ensaio clínico pelo ID NCT — critérios de elegibilidade, desenho do estudo, braços, desfechos primários/secundários, locais e IDs PubMed associados.

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💬 Exemplos

Depois de conectado, basta perguntar naturalmente:

Literatura

• "Pesquise no PubMed ensaios clínicos recentes sobre semaglutida."
• "Pesquise no Europe PMC pré-prints sobre agonistas do receptor GLP-1, mais citados primeiro."
• "Obtenha o resumo do PMID 38127654, depois encontre artigos relacionados e cite todos no estilo Vancouver."
• "Quais são os artigos em alta sobre terapia genética CRISPR neste mês, apenas periódicos de alto impacto?"
• "Puxe o texto completo daquele artigo do PMC e resuma a seção de métodos."

Bulas de medicamentos

• "Obtenha as informações de prescrição da FDA para metformina — apenas as indicações e advertências."
• "Puxe o SmPC do Reino Unido para atorvastatina."
• "Compare as bulas dos EUA e do Reino Unido para lisinopril e destaque as diferenças."
• "Qual é o nome genérico e a classe do medicamento para Ozempic?"
• "Quais medicamentos são aprovados para diabetes tipo 2 tanto nos EUA quanto no Reino Unido?"

Ensaios clínicos

• "Encontre ensaios de Fase 3 em recrutamento para pembrolizumabe em câncer de mama."
• "Obtenha os critérios de elegibilidade e desfechos primários para NCT03086486."

Fontes cruzadas (onde o PubCrawl brilha)

• "Para semaglutida: resuma a indicação cardiovascular da bula dos EUA, depois encontre o ensaio pivotal e sua publicação no NEJM."

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🏗 Arquitetura

Três camadas — ferramentas registram a interface MCP, clientes lib conversam com cada API externa, e cache + analisadores compartilhados mantêm tudo rápido e consistente.

Cada arquivo de ferramenta exporta uma função register*Tool(server) com um esquema zod e um manipulador assíncrono. Todas as chamadas de rede são limitadas por taxa, armazenadas em cache e com limite de tempo. Veja CLAUDE.md para uma explicação completa da arquitetura e CONTRIBUTING.md para adicionar uma ferramenta.

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🔧 Configuração

Opções de instalação

# Zero-install (recommended): npx fetches it on demand — see Quick start above.

# Or install globally:
npm install -g @pharmatools/pubcrawl

# Config for a global install:
#   { "mcpServers": { "pubcrawl": { "command": "pubcrawl" } } }

Chave de API NCBI (opcional)

Sem uma chave, as solicitações ao PubMed são limitadas a 3/segundo. Uma chave gratuita eleva isso para 10/segundo.

1. Crie uma conta NCBI gratuita em https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/
2. Configurações da conta → Gerenciamento de chaves de API → crie uma chave
3. Adicione-a à sua configuração:

{
  "mcpServers": {
    "pubcrawl": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pharmatools/pubcrawl"],
      "env": { "NCBI_API_KEY": "your_key_here" }
    }
  }
}

Transporte HTTP

O PubCrawl também oferece um transporte HTTP Streamable sem estado para clientes baseados em navegador e hospedados:

npm run start:http   # serves POST /mcp and GET /health on PORT (default 3000)

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🗺 Roteiro

Destaques do que está planejado — veja ROADMAP.md para a lista completa.

• get_europepmc_fulltext — leia pré-prints e artigos de acesso aberto encontrados por search_europepmc
• get_adverse_events — consultas de eventos adversos FAERS do openFDA
• Bulas EMA / EPAR para complementar as compare_labels dos EUA + Reino Unido
• Auxiliar de consulta MeSH para pesquisas PubMed mais precisas
• Recursos e prompts MCP para fluxos de trabalho comuns de revisão

Ideias são bem-vindas — abra uma issue.

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🛠 Desenvolvimento

git clone https://github.com/nickjlamb/pubcrawl.git
cd pubcrawl
npm install

npm run dev      # TypeScript watch mode
npm run build    # compile to dist/
npm start        # run the stdio server
npm test         # Vitest unit suite
npm run lint     # ESLint

Os testes unitários ficam em tests/ e cobrem a lógica de análise, cache, citação, formatação e pareamento de bulas com cargas de teste (sem chamadas de rede). A CI executa lint → teste → build a cada push e pull request. Novo no código? Comece com CONTRIBUTING.md.

Medindo a fidelidade

npm run bench            # labelling + trials fidelity benchmark against the live sources
npm run bench -- --ci    # what the release gate runs: exit 1 if a verified case fails

Duas portarias rodam a cada lançamento e semanalmente. O avaliador de recuperação do OpenGATE verifica registros do PubMed e Europe PMC contra âncoras verificadas manualmente. O benchmark de fidelidade no repositório faz o mesmo para bulas de medicamentos e ensaios: compare_labels é mantido em um conjunto dourado de âncoras dos EUA/Reino Unido (uma frase deve aparecer em um lado e não no outro, para que divergências reais sejam expostas em vez de suavizadas), além de uma verificação literal que busca novamente o registro bruto do openFDA e a página do eMC e confirma que cada frase retornada é uma substring da fonte. Nenhum juiz de LLM em nenhuma das portarias.

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📦 Lançamentos e changelog

As versões seguem Versionamento Semântico. Veja o CHANGELOG para um histórico completo e Lançamentos para notas e artefatos.

🤝 Contribuindo

Contribuições são bem-vindas e apreciadas — relatórios de bugs, novas fontes de dados, novas ferramentas. Leia o guia de contribuição para começar e depois abra uma issue ou um pull request.

📚 Citação

Se o PubCrawl apoiar um trabalho que você publica, cite-o — veja CITATION.cff, ou:

@software{lamb_pubcrawl,
  author    = {Lamb, Nick},
  title     = {PubCrawl: verifiable biomedical literature, drug labelling and clinical trials for AI assistants},
  year      = {2026},
  publisher = {Zenodo},
  doi       = {10.5281/zenodo.22101559},
  url       = {https://doi.org/10.5281/zenodo.22101559}
}

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📄 Licença

MIT © PharmaTools.AI