ChatSpatial
Servidor MCP para análise de transcriptômica espacial com mais de 60 métodos integrados
Documentação
ChatSpatial
Servidor MCP para análise de transcriptômica espacial via linguagem natural
O ChatSpatial substitui a geração ad hoc de código por LLM com orquestração imposta por esquema. Em vez de gerar scripts arbitrários, o LLM seleciona ferramentas e parâmetros de um registro curado, tornando os fluxos de trabalho de transcriptômica espacial mais reproduzíveis entre sessões e clientes.
O ChatSpatial expõe 20 ferramentas MCP validadas por esquema que orquestram 65 métodos de transcriptômica espacial em 13 categorias analíticas. As ferramentas são a interface estável em linguagem natural; os métodos são os backends de análise selecionados por meio dos parâmetros das ferramentas.
O servidor implementa MCP 2026-07-28 por meio do SDK oficial do Python v2 e
continua atendendo clientes 2025-11-25 por meio da negociação de protocolo gerenciada pelo SDK.
O STDIO permanece como o padrão local seguro; o Streamable HTTP está disponível para
implantações HTTP explicitamente configuradas.
Comece Aqui
Instale o uv uma vez e, em seguida,
registre o ChatSpatial sem criar ou gerenciar um ambiente Python:
Codex:
codex mcp add chatspatial -- uvx --from chatspatial chatspatial server
Claude Code:
claude mcp add --scope user chatspatial -- \
uvx --from chatspatial chatspatial server
O uvx cria um ambiente isolado no primeiro lançamento e reutiliza seu cache em
lançamentos posteriores. Reinicie o cliente MCP após adicionar o servidor.
O comando acima instala o runtime padrão. Para disponibilizar todas as 15 famílias componíveis de métodos Python no mesmo ambiente MCP isolado, use:
uvx --from 'chatspatial[full]' chatspatial server
O full inclui CellRank, FastCCC, os backends mantidos de domínio espacial e
registro, anotação, enriquecimento e as outras famílias Python portáveis. As pontes R, AESTETIK e rctd-py permanecem separadas porque possuem requisitos de sistema, plataforma ou runtime grande. Consulte o guia de instalação
antes de habilitar essas famílias.
Em seguida:
- Execute sua primeira análise — Início Rápido
- Escolha famílias de métodos opcionais ou um ambiente persistente — Guia de Instalação
- Configure outro cliente MCP — Guia de Configuração
- Reproduza os principais resultados do manuscrito sem um LLM — Imagem de reprodução
Início rápido com Docker:
docker pull cafferyyang777/chatspatial:latest
Exemplo mínimo de prompt:
Load /absolute/path/to/spatial_data.h5ad and plot gene expression at the spatial coordinates
O Início Rápido fornece uma amostra para download e um
fluxo de trabalho Leiden que roda com a instalação padrão. Sua amostra possui coordenadas
espaciais, mas nenhuma imagem H&E. O SpaGCN requer o extra opcional spatial-domains.
Se você usar Docker, monte os dados do host em /data e use o caminho do contêiner no prompt, por exemplo /data/spatial_data.h5ad.
O ChatSpatial funciona com qualquer cliente compatível com MCP — Claude Code, Claude Desktop, Codex, OpenCode e outras ferramentas compatíveis com MCP.
Capacidades
A cobertura atual inclui 65 métodos em 13 categorias analíticas, expostos por meio de 20 ferramentas MCP. Suporta 10x Visium, Xenium, Slide-seq v2, MERFISH, seqFISH.
| Categoria | Exemplos de métodos |
|---|---|
| Carregamento e Pré-processamento de Dados | Scanpy I/O, QC, Normalização, HVG, PCA, Neighbors |
| Visualização | Gráficos espaciais, Gráficos de embedding, Sobreposições de expressão gênica |
| Identificação de Domínio Espacial | SpaGCN, STAGATE, GraphST, BANKSY, AESTETIK, Leiden, Louvain |
| Deconvolução | FlashDeconv, Cell2location, RCTD (spacexr ou rctd-py), DestVI, Stereoscope, SPOTlight, Tangram, CARD |
| Comunicação Célula-Célula | LIANA+, CellPhoneDB, CellChat (cellchat_r), FastCCC |
| Anotação de Tipo Celular | Tangram, scANVI, CellAssign, mLLMCelltype, scType, SingleR |
| Expressão Diferencial | Wilcoxon, t-test, Regressão Logística, pyDESeq2 |
| Inferência de Trajetória | CellRank, Palantir, DPT |
| Velocidade de RNA | scVelo, VeloVI |
| Estatística Espacial | Moran's I, Local Moran, Geary's C, Getis-Ord Gi*, Ripley's K, Co-ocorrência, Enriquecimento de Vizinhança, Pontuações de Centralidade, Contagem de Junções Locais, Propriedades de Rede |
| Análise de Enriquecimento | GSEA, ORA, Enrichr, ssGSEA, Spatial EnrichMap |
| Genes Espacialmente Variáveis | SpatialDE, SPARK-X, FlashS |
| Integração Multi-amostra | Harmony, BBKNN, Scanorama, scVI |
| Análise de CNV | InferCNVPy, Numbat |
| Registro Espacial | PASTE, STalign |
Documentação
| Guia | Use quando... |
|---|---|
| Instalação | Você precisa de métodos opcionais ou de um ambiente Python persistente |
| Docker | Você quer um runtime de contêiner reproduzível ou a resolução de dependências local falha |
| Configuração | Você precisa da sintaxe exata do cliente MCP ou do modelo de caminho de runtime |
| Início Rápido | O ChatSpatial está instalado e você quer a primeira análise bem-sucedida |
| Conceitos | Você precisa escolher uma estratégia de análise a partir de uma questão biológica |
| Exemplos | Você quer prompts de fluxo de trabalho em linguagem natural prontos para copiar e colar |
| Referência de Métodos | Você precisa de nomes canônicos de ferramentas, nomes de métodos, parâmetros e padrões |
| Solução de Problemas | A configuração, o carregamento de dados ou o comportamento da análise não estão funcionando |
| Documentação Completa | Você quer o site completo da documentação |
Reproducibilidade
Cada versão publica uma imagem de reprodução sob a tag -repro. Ela
re-executa as chamadas de ferramentas de deconvolução CARD do domínio espacial DLPFC e OSCC
registradas durante os experimentos do manuscrito, sem chamar nenhum LLM, e
compara os resultados com os valores relatados:
docker run --rm -v "$PWD/out:/outputs" \
cafferyyang777/chatspatial@sha256:ac3ba1ed8235c3d53ca72005d8ad2556cac007f5ddb932ae3e1d1241fa2cf9d8 \
chatspatial-reproduce
reproducibility/ contém a definição da imagem
e descreve o que ela verifica. Os scripts de experimento e análise do
manuscrito estão em
ChatSpatial-Reproducibility.
Citação
Se você usar o ChatSpatial em sua pesquisa, cite:
@article{Yang2026.02.26.708361,
author = {Yang, Chen and Zhang, Xianyang and Chen, Jun},
title = {ChatSpatial: Schema-Enforced Agentic Orchestration for Reproducible and Cross-Platform Spatial Transcriptomics},
elocation-id = {2026.02.26.708361},
year = {2026},
doi = {10.64898/2026.02.26.708361},
publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory},
URL = {https://www.biorxiv.org/content/early/2026/03/01/2026.02.26.708361},
journal = {bioRxiv}
}
O ChatSpatial orquestra muitos métodos excelentes de terceiros. Por favor, cite também as ferramentas originais usadas em sua análise.
Contribuição
Melhorias na documentação, relatórios de bugs e novos métodos de análise são todos bem-vindos. Consulte CONTRIBUTING.md.