Nextflow Developer Tools

Nextflow Developer Tools MCP

Um servidor Model Context Protocol (MCP) projetado para o desenvolvimento e teste de Nextflow, construído com FastMCP.

[!WARNING] Este MCP foi projetado para o desenvolvimento do próprio Nextflow, não para escrever pipelines Nextflow.

Visão Geral

Este MCP oferece um conjunto de ferramentas para o desenvolvimento de Nextflow, incluindo:

• Compilar o Nextflow a partir do código-fonte
• Executar testes (testes de integração, testes específicos, testes de plugins)
• Executar a versão de desenvolvimento do Nextflow
• Gerenciar o diretório de desenvolvimento do Nextflow
• Acessar a documentação do Nextflow

Instalação

Pré-requisitos

• Claude Desktop App
• Python 3.8+ com pip
• Repositório Git do Nextflow (clonado localmente)

Instalando com FastMCP para usar no Claude Desktop

1. Instale a ferramenta CLI do FastMCP:

pip install fastmcp

2. Clone este repositório:

git clone https://github.com/yourusername/nextflow-dev-mcp.git
cd nextflow-dev-mcp

3. Instale o MCP no Claude Desktop:

fastmcp install mcp-nextflow.py

Isso tornará o MCP disponível no aplicativo Claude Desktop.

Instalando com FastMCP para usar no Cursor

1. Obtenha o caminho do ambiente virtual que inclui a ferramenta CLI do FastMCP. Se você estiver usando uv, ele estará no diretório .venv.
2. Obtenha o diretório do seu repositório clonado do Nextflow.
3. Adicione o seguinte JSON aos servidores MCP do Cursor:

{
    "mcpServers": {
        "server-name": {
            "command": "/path/to/your/.venv/bin/python",
            "args": [
                "/path/to/your/mcp-nextflow/mcp-nextflow.py"
            ],
            "env": {
                "NEXTFLOW_DIR": "/path/to/your/nextflow"
            }
        }
    }
}

Então, você deve conseguir usar o MCP no Cursor. No modo Agente, peça ao agente para "testar o plugin nf-amazon" e ele deve executar make test module=plugins:nf-amazon.

Configurando Variáveis de Ambiente

Você pode especificar o diretório do Nextflow durante a instalação:

NEXTFLOW_DIR=/path/to/your/nextflow fastmcp install mcp-nextflow.py

Usando com Claude

Após a instalação, você pode acessar o MCP no aplicativo Claude Desktop:

1. Abra o Claude Desktop
2. Clique no botão do menu Tools na interface do Claude
3. Selecione Nextflow Developer Tools na lista de MCPs instalados

Usando com Cursor

Cursor é um editor de código com tecnologia de IA que funciona com Claude. Para usar o MCP com o Cursor:

1. Certifique-se de ter instalado o MCP conforme descrito acima

2. Abra seu projeto Nextflow no Cursor

3. Em uma conversa com o Claude no Cursor, você pode referenciar o MCP:

   Using the Nextflow Developer Tools, run the integration tests for the nf-amazon plugin