PubChem-MCP

PubChem-MCP

Um servidor MCP (Model Context Protocol) para acessar dados do PubChem. Este servidor fornece ferramentas para consultar o banco de dados PubChem para compostos, substâncias, bioensaios e informações relacionadas.

Recursos

• Pesquisar compostos por nome, estrutura ou identificador
• Recuperar informações detalhadas sobre compostos e substâncias
• Acessar dados de bioensaios e propriedades moleculares
• Consultar classificações químicas e referências cruzadas
• Compatível com qualquer cliente MCP, incluindo Claude for Desktop

Instalação

Opção 1: Do GitHub

# Clone the repository
git clone https://github.com/BioContext/PubChem-MCP.git
cd PubChem-MCP

# Create a virtual environment
uv venv
source .venv/bin/activate  # On Windows: .venv\Scripts\activate

# Install dependencies
pip install -r requirements.txt

Opção 2: Usando pip (quando publicado)

pip install pubchem-mcp

Uso

Executando como servidor autônomo

# From source
python -m mcp_server

# If installed via pip
pubchem-mcp

Usando com Claude for Desktop

1. Instale o Claude for Desktop
2. Configure o Claude for Desktop para usar este servidor editando ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json (macOS/Linux) ou %AppData%\Claude\claude_desktop_config.json (Windows):

{
    "mcpServers": {
        "pubchem": {
            "command": "python",
            "args": [
                "-m",
                "mcp_server"
            ]
        }
    }
}

3. Reinicie o Claude for Desktop
4. Agora você pode usar as ferramentas do PubChem no Claude

Exemplos de consultas para o Claude

• "Encontre informações sobre aspirina no PubChem"
• "Quais são as propriedades do composto CID 2244?"
• "Mostre-me a estrutura do paracetamol"

Ferramentas Disponíveis

• search_compound: Pesquisar compostos por nome ou identificador
• get_compound_details: Obter informações detalhadas sobre um composto
• get_compound_properties: Obter propriedades físicas e químicas de um composto
• search_bioassay: Pesquisar bioensaios
• get_substance_details: Obter informações detalhadas sobre uma substância
• E mais...

Desenvolvimento

# Clone the repository
git clone https://github.com/BioContext/PubChem-MCP.git
cd PubChem-MCP

# Create a virtual environment
uv venv
source .venv/bin/activate  # On Windows: .venv\Scripts\activate

# Install development dependencies
pip install -e ".[dev]"

# Run tests
pytest

Licença

Licença MIT