PubCrawl

npx add-mcp 'https://pubcrawl-production-feb9.up.railway.app/mcp'

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✨ ¿Qué es PubCrawl?

PubCrawl conecta tu asistente de IA (Claude Desktop, Cursor o cualquier cliente compatible con MCP) directamente con las fuentes primarias que clínicos e investigadores realmente usan — para que puedas hacer una pregunta en lenguaje natural y obtener una respuesta fundamentada en PubMed, Europe PMC, etiquetado de medicamentos de la FDA/Reino Unido y ClinicalTrials.gov, con PMIDs, NCT IDs y DOIs reales que puedes verificar.

Cada herramienta es un envoltorio delgado y determinista sobre una API oficial. Nada se inventa; cada resultado cita su fuente.

Lo que ningún otro servidor MCP hace

Pregunta "compara el etiquetado de EE. UU. y Reino Unido para semaglutida" y PubCrawl extrae ambas etiquetas en vivo y mapea secciones equivalentes — Indicaciones y uso de EE. UU. ↔ 4.1 Indicaciones terapéuticas del Reino Unido, y así sucesivamente — para que las diferencias sean visibles en lugar de asumidas:

	Información de prescripción de EE. UU.	SmPC del Reino Unido
Indicaciones	control glucémico · reducir el riesgo de MACE en T2D con ECV establecida · reducir el riesgo de disminución sostenida de la TFGe, ESKD y muerte CV en T2D con ERC	solo control glucémico — los resultados CV y renales aparecen como referencias cruzadas a §4.4/4.5/5.1, no como indicaciones
Contraindicaciones	antecedentes personales o familiares de MTC o MEN 2 · hipersensibilidad	solo hipersensibilidad

Una afirmación cardiovascular que está en la etiqueta en EE. UU. promueve una indicación no autorizada en el Reino Unido. Si escribes, revisas o verificas copia médica para ambos mercados, esa brecha es todo el trabajo — y compare_labels es la única herramienta MCP que la saca a la luz.

Todo lo demás

• 🔬 14 herramientas en literatura, etiquetado de medicamentos y ensayos clínicos
• 🧾 Verificable por diseño — los resultados enlazan a DailyMed, eMC, PubMed y ClinicalTrials.gov
• 📰 Preprints vía Europe PMC — saca a la luz trabajo antes de la publicación formal
• 🆓 Sin necesidad de claves API (una clave NCBI gratuita opcional aumenta los límites de tasa de PubMed)
• 🧪 Completamente tipado, probado y verificado por CI — la recuperación de literatura está controlada por OpenGATE, y el etiquetado y los ensayos por el benchmark de fidelidad del repositorio, en cada versión

Construido por PharmaTools.AI.

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🚀 Inicio rápido (60 segundos)

1. Agrega PubCrawl a la configuración de tu cliente — sin necesidad de instalación, npx lo obtiene en la primera ejecución.

Para Claude Desktop, edita claude_desktop_config.json:

• macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "pubcrawl": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pharmatools/pubcrawl"]
    }
  }
}

2. Reinicia tu cliente. PubCrawl aparece bajo + → Conectores.

3. Pregunta:

"Compara el etiquetado de EE. UU. y Reino Unido para atorvastatina y encuentra ensayos de Fase 3 recientes para ella."

Eso es todo. → Más ejemplos · Clave API y otras opciones

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🧰 Herramientas

📚 Literatura

Herramienta	Qué hace
search_pubmed	Busca en PubMed con filtros de rango de fechas, tipo de artículo y orden de clasificación. Devuelve PMIDs, títulos, autores, revistas y DOIs.
search_europepmc	Busca en Europe PMC — un corpus más amplio que PubMed que también indexa preprints (bioRxiv, medRxiv) y patentes. Cada resultado incluye un fragmento de resumen, recuento de citas, estado de acceso abierto y un indicador de preprint. Filtra solo preprints o acceso abierto.
get_abstract	Obtén el resumen estructurado completo de un artículo — dividido en secciones etiquetadas (antecedentes, métodos, resultados, conclusiones) con palabras clave y términos MeSH.
get_full_text	Recupera el texto completo de artículos de acceso abierto de PubMed Central, con secciones analizadas, pies de figura/tabla y recuentos de referencias.
find_related	Encuentra artículos similares usando el algoritmo de vecinos de PubMed, clasificados por puntuación de relevancia.
format_citation	Genera una cita formateada en estilo APA, Vancouver, Harvard o BibTeX.
trending_papers	Encuentra artículos recientes sobre un tema, con filtrado opcional a revistas de alto impacto (Nature, Science, Cell, NEJM, Lancet, JAMA, etc.).

💊 Etiquetado de medicamentos

Herramienta	Qué hace
resolve_drug_name	Convierte un nombre de marca de medicamento a su genérico (o un genérico a sus nombres de marca en EE. UU.), con clase de fármaco e indicaciones comunes. Determinista, vía RxNorm/openFDA — sin IA.
get_uspi	Extrae secciones de Información de Prescripción de EE. UU. vía openFDA (citado a DailyMed) — indicaciones, dosis, advertencias, contraindicaciones y más.
get_smpc	Recupera el Resumen de Características del Producto del Reino Unido del eMC — el equivalente británico de la información de prescripción de EE. UU., con secciones SmPC numeradas.
compare_labels	Comparación lado a lado del etiquetado de EE. UU. (USPI) y Reino Unido (SmPC) para el mismo medicamento, emparejando secciones equivalentes (Indicaciones de EE. UU. ↔ 4.1 del Reino Unido). Un lado faltante siempre se explica, las secciones eliminadas se marcan truncated, y us_drug / uk_drug fijan un nombre diferente por mercado (Farxiga / Forxiga).
search_by_indication	Encuentra medicamentos aprobados para una condición médica. Busca en el etiquetado de la FDA vía openFDA y luego cruza referencias con la disponibilidad en el Reino Unido en el eMC.

🧫 Ensayos clínicos

Herramienta	Qué hace
search_trials	Busca en ClinicalTrials.gov ensayos clínicos. Filtra por condición, intervención, estado de reclutamiento y fase. Devuelve NCT IDs, patrocinadores, inscripción y enlaces.
get_trial	Obtén detalles completos de un ensayo clínico por NCT ID — criterios de elegibilidad, diseño del estudio, brazos, resultados primarios/secundarios, ubicaciones y PMIDs asociados.

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💬 Ejemplos

Una vez conectado, solo pregunta de forma natural:

Literatura

• "Busca en PubMed ensayos clínicos recientes sobre semaglutida."
• "Busca en Europe PMC preprints sobre agonistas del receptor GLP-1, los más citados primero."
• "Obtén el resumen del PMID 38127654, luego encuentra artículos relacionados y cítalos todos en estilo Vancouver."
• "¿Cuáles son los artículos de tendencia sobre terapia génica CRISPR este mes, solo revistas de alto impacto?"
• "Extrae el texto completo de ese artículo de PMC y resume la sección de métodos."

Etiquetado de medicamentos

• "Obtén la información de prescripción de la FDA para metformina — solo las indicaciones y advertencias."
• "Extrae el SmPC del Reino Unido para atorvastatina."
• "Compara el etiquetado de EE. UU. y Reino Unido para lisinopril y resalta las diferencias."
• "¿Cuál es el nombre genérico y la clase de fármaco para Ozempic?"
• "¿Qué medicamentos están aprobados para diabetes tipo 2 tanto en EE. UU. como en el Reino Unido?"

Ensayos clínicos

• "Encuentra ensayos de Fase 3 en reclutamiento para pembrolizumab en cáncer de mama."
• "Obtén los criterios de elegibilidad y los resultados primarios para NCT03086486."

Fuentes cruzadas (donde PubCrawl brilla)

• "Para semaglutida: resume la indicación cardiovascular de la etiqueta de EE. UU., luego encuentra el ensayo fundamental y su publicación en NEJM."

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🏗 Arquitectura

Tres capas — herramientas registran la interfaz MCP, clientes lib hablan con cada API externa, y caché + analizadores compartidos lo mantienen rápido y consistente.

Cada archivo de herramienta exporta una función register*Tool(server) con un esquema zod y un manejador asíncrono. Todas las llamadas de red tienen límite de tasa, caché y límite de tiempo. Consulta CLAUDE.md para un recorrido completo de la arquitectura y CONTRIBUTING.md para agregar una herramienta.

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🔧 Configuración

Opciones de instalación

# Zero-install (recommended): npx fetches it on demand — see Quick start above.

# Or install globally:
npm install -g @pharmatools/pubcrawl

# Config for a global install:
#   { "mcpServers": { "pubcrawl": { "command": "pubcrawl" } } }

Clave API de NCBI (opcional)

Sin una clave, las solicitudes de PubMed están limitadas a 3/segundo. Una clave gratuita las eleva a 10/segundo.

1. Crea una cuenta gratuita de NCBI en https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/
2. Configuración de cuenta → Gestión de claves API → crea una clave
3. Agrégala a tu configuración:

{
  "mcpServers": {
    "pubcrawl": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pharmatools/pubcrawl"],
      "env": { "NCBI_API_KEY": "your_key_here" }
    }
  }
}

Transporte HTTP

PubCrawl también incluye un transporte HTTP Streamable sin estado para clientes basados en navegador y alojados:

npm run start:http   # serves POST /mcp and GET /health on PORT (default 3000)

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🗺 Hoja de ruta

Aspectos destacados de lo planificado — consulta ROADMAP.md para la lista completa.

• get_europepmc_fulltext — lee preprints y artículos de acceso abierto que search_europepmc saca a la luz
• get_adverse_events — consultas de eventos adversos FAERS de openFDA
• Etiquetado EMA / EPAR para complementar el compare_labels de EE. UU. + Reino Unido
• Asistente de consulta MeSH para búsquedas más precisas en PubMed
• Recursos y prompts de MCP para flujos de trabajo de revisión comunes

Las ideas son bienvenidas — abre un problema.

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🛠 Desarrollo

git clone https://github.com/nickjlamb/pubcrawl.git
cd pubcrawl
npm install

npm run dev      # TypeScript watch mode
npm run build    # compile to dist/
npm start        # run the stdio server
npm test         # Vitest unit suite
npm run lint     # ESLint

Las pruebas unitarias viven en tests/ y cubren la lógica de análisis, caché, citas, formato y emparejamiento de etiquetas con cargas útiles de fixture (sin llamadas de red). CI ejecuta lint → test → build en cada push y pull request. ¿Nuevo en el código base? Comienza con CONTRIBUTING.md.

Medición de fidelidad

npm run bench            # labelling + trials fidelity benchmark against the live sources
npm run bench -- --ci    # what the release gate runs: exit 1 if a verified case fails

Dos puertas se ejecutan en cada versión y semanalmente. El puntuador de recuperación de OpenGATE verifica los registros de PubMed y Europe PMC contra anclas verificadas manualmente. El benchmark de fidelidad del repositorio hace lo mismo para el etiquetado de medicamentos y los ensayos: compare_labels se mantiene contra un conjunto dorado de anclas de EE. UU./Reino Unido (una frase debe aparecer en un lado y no en el otro, para que las divergencias reales salgan a la luz en lugar de suavizarse) más una verificación textual que vuelve a obtener el registro bruto de openFDA y la página del eMC y confirma que cada oración devuelta es una subcadena de la fuente. Sin juez LLM en ninguna de las dos puertas.

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📦 Versiones y registro de cambios

Las versiones siguen Versionado Semántico. Consulta el CHANGELOG para un historial completo y Versiones para notas y recursos.

🤝 Contribuciones

Las contribuciones son bienvenidas y apreciadas — informes de errores, nuevas fuentes de datos, nuevas herramientas. Lee la guía de contribución para comenzar, luego abre un problema o una solicitud de extracción.

📚 Cita

Si PubCrawl respalda el trabajo que publicas, por favor cítalo — consulta CITATION.cff, o:

@software{lamb_pubcrawl,
  author    = {Lamb, Nick},
  title     = {PubCrawl: verifiable biomedical literature, drug labelling and clinical trials for AI assistants},
  year      = {2026},
  publisher = {Zenodo},
  doi       = {10.5281/zenodo.22101559},
  url       = {https://doi.org/10.5281/zenodo.22101559}
}

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📄 Licencia

MIT © PharmaTools.AI