PubChem-MCP

Accede a la base de datos de PubChem para compuestos químicos, sustancias y bioensayos.

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Documentación

PubChem-MCP

Un servidor MCP (Model Context Protocol) para acceder a datos de PubChem. Este servidor proporciona herramientas para consultar la base de datos de PubChem en busca de compuestos, sustancias, bioensayos e información relacionada.

Características

  • Buscar compuestos por nombre, estructura o identificador
  • Recuperar información detallada sobre compuestos y sustancias
  • Acceder a datos de bioensayos y propiedades moleculares
  • Consultar clasificaciones químicas y referencias cruzadas
  • Compatible con cualquier cliente MCP, incluido Claude para Desktop

Instalación

Opción 1: Desde GitHub

# Clone the repository
git clone https://github.com/BioContext/PubChem-MCP.git
cd PubChem-MCP

# Create a virtual environment
uv venv
source .venv/bin/activate  # On Windows: .venv\Scripts\activate

# Install dependencies
pip install -r requirements.txt

Opción 2: Usando pip (una vez publicado)

pip install pubchem-mcp

Uso

Ejecutar como servidor independiente

# From source
python -m mcp_server

# If installed via pip
pubchem-mcp

Usar con Claude para Desktop

  1. Instalar Claude para Desktop
  2. Configurar Claude para Desktop para usar este servidor editando ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json (macOS/Linux) o %AppData%\Claude\claude_desktop_config.json (Windows):
{
    "mcpServers": {
        "pubchem": {
            "command": "python",
            "args": [
                "-m",
                "mcp_server"
            ]
        }
    }
}
  1. Reiniciar Claude para Desktop
  2. Ahora puede usar las herramientas de PubChem en Claude

Ejemplos de consultas para Claude

  • "Busca información sobre aspirina en PubChem"
  • "¿Cuáles son las propiedades del compuesto CID 2244?"
  • "Muéstrame la estructura del paracetamol"

Herramientas disponibles

  • search_compound: Buscar compuestos por nombre o identificador
  • get_compound_details: Obtener información detallada sobre un compuesto
  • get_compound_properties: Obtener propiedades físicas y químicas de un compuesto
  • search_bioassay: Buscar bioensayos
  • get_substance_details: Obtener información detallada sobre una sustancia
  • Y más...

Desarrollo

# Clone the repository
git clone https://github.com/BioContext/PubChem-MCP.git
cd PubChem-MCP

# Create a virtual environment
uv venv
source .venv/bin/activate  # On Windows: .venv\Scripts\activate

# Install development dependencies
pip install -e ".[dev]"

# Run tests
pytest

Licencia

Licencia MIT